Top

Middle

Bottom

Inhalt

PGA6: Weiblich, etwa 30 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

  • Nachweis von Genoset Gs191
    GS191 ist assoziiert mit möglichen Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten durch schlechten Metabolismus.
    Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

    Der Genotyp umfasst
    CYP2C8*3 (rs11572080 and rs10509681)
    CYP2C9*2 (rs1799853)
    CYP2C9*3 (rs1057910)

    Als Risikoallele wurden rs1799853(T),  rs1057910(C), (rs11572080(A), und rs10509681(C) identifiziert. Mindestens ein Risikoallel ist bei der Probandin nachweisbar. 
    www.snpedia.com/index.php/Gs191
    https://www.snpedia.com/index.php/Gs191

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten
(diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

  • rs9272346(A;A) Moderat erhöhtes Risiko für Typ-1-Diabetes
    In 2007 rs9272346 has been reported to be associated with type-1 diabetes in a "Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls" The risk allele is (A); the risk associated with the homozygous (AA) genotype was 18.5 fold higher than in controls. The P value was extremely significant at 5.47 × 10-134, considering the threshold for genome-wide significance.

    -> The homozygous (AA) genotype is found in approximately 1/3rd of all people, nevertheless this variation appears to significantly increase risk of Type-1 diabetes. The genotype changes your lifetime risk for Typ-1-Diabetes from very small (0.04%) to still very small 0.75%.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs9272346 

  • rs3732379(C;T)  Eventuell leicht verringertes Risiko für Herzinfarkt
    rs3732379(C>T), rs3732378(G>A) represent variants in the CX3CR1 gene on chromosome 3. Both variants are typically co-inherited as a haplotype. The protein receptor with both variant amino acids is known as CX3CR1-M280.The minor alleles of the SNP pair are associated with:
    - slightly reduced risk of acute coronary events
    - increased risk of age related macular degeneration
    - reduced anti-fungal immune response in Crohn's disease patients, at least for minor allele homozygotes
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs3732378
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/8152/ 

  • rs2981582(C;T)  Leicht erhöhtes Risiko für Brustkrebs
    rs2981582(C>T) located in the FGFR2 gene was one of the four strongest associations found in a genome-wide association study (GWAS) of over 4,000 breast cancer samples. The T allele was more strongly related to ER-positive than ER-negative disease (p for heterogeneity = 10(-13)). While on its own still of fairly small effect, this SNP was the most significant of 7 SNPs to help estimate risk of breast cancer. The results are disputed and could not be confirmed in all studies. While a study of 1,225 Caucasian breast cancer patients found a significant association with rs2981582 but only in women with estrogen receptor positive (ER+), progesterone receptor positive (PR+) and HER2/Neu negative (HER2-) tumors, another study of 1,173 Caucasian ovarian cancer patients did not find strong support for an association. Clearly, family history and/or BRCA1 or BRCA2 testing status are more significant factors. 
    http://www.snpedia.com/index.php/Rs2981582  
  • rs3764261(T;T) Höhere Werte für HDL ("gutes Cholesterin")
    Rs3764261(G>T) is a genetic variation in cholesterol ester transfer protein. The T allele is associated with 3.47mg/dl increase in HDL cholesterol (good cholesterol). In a GWAS, this SNP was significantly associated with plasma concentrations of HDL-C and apolipoprotein A1. Study size: 6382. Study population/ethnicity: Caucasian women.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs3764261 

  • rs2494732(C;C) Erhöhtes Risiko psychologischer Nebenwirkungen bei Konsum von Cannabis
    rs2494732(C>T) is a SNP in the AKT1 gene, encoding one of three serine/threonine-protein kinases regulating numerous processes such as cell survival, growth and angiogenesis. Medical conditions that may be linked to the rarer (minor) rs2494732(C) allele include drug response, schizophrenia, and drug-related psychoses, in particular, cannabis-related psychosis.
    A study of 442 healthy, once-a-month cannabis users between the ages of 16-23 evaluated if AKT1 variants influenced acute psychosis response. They concluded that the rs2494732(C) allele predicted (p = 0.015) acute (i.e. temporary) psychotic response to cannabis. Homozygotes were more likely to have mind-altering symptoms while stoned. This side-effect (psychosis or paranoia) was infrequent in an absolute sense regardless of genotype. A case-control study of 489 first-episode psychosis patients concluded that rs2494732 was not associated with an increased risk of a psychotic disorder. However, with lifetime cannabis use, or with frequent use, there was a significant association between psychosis and cannabis use. rs2494732(C;C) individuals with a history of cannabis use had an increased likelihood of a psychotic disorder (odds ratio 2.18, CI: 1.1 - 4.3) when compared with users who were (T;T) carriers.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs2494732
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22831980 

  • rs10246939(T;C), rs1726866(T;C), rs713598(G;C)
    Gs227  Wahrnehmung von bitterem Geschmack: The 3 SNPs are located in the gene TAS2R38. You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good. In 2010, a study showed that the change of bitter sensitivity over the lifespan (from bitter sensitive to less so) is more common in people with this genoset.
    http://www.snpedia.com/index.php/Gs227 

Charaktereigenschaften 

  • rs4680(A;A)
    rs4680(G>A) is a well studied SNP in the COMT gene. The COMT gene codes for the COMT enzyme, which breaks down dopamine in the brain's prefrontal cortex. The wild-type allele is a (G), coding for a valine amino acid; the (A) substitution polymorphism changes the amino acid to a methionine. This alters the structure of the resultant enzyme such that its activity is only 25% of the wild type. As a result, A allele carriers have more dopamine in their prefrontal cortex, which may be responsible for many of the neuropsychological associations listed below.

  • rs4680(A) = Worrier. Lower COMT enzymatic activity, therefore higher dopamine levels; lower pain threshold, enhanced vulnerability to stress, yet also more efficient at processing information under most conditions.

  • rs4680(G) = Warrior. higher COMT enzymatic activity, therefore lower dopamine levels; higher pain threshold, better stress resiliency, albeit with a modest reduction in executive cognition performance under most conditions. 
    http://www.snpedia.com/index.php/Rs4680
  • rs53576(G;G) Optimistic and empathetic; handle stress well
    rs53576(A>G). Studies have demonstrated that individuals with the G allele are more empathetic, feel less lonely, employ more sensitive parenting techniques, and have lower rates of autism
    http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

  • rs7221412(G;G) -> Late riser. Wakes up 1 hour later than those with AA genotype. rs7221412(A>G) is a common polymorphism near PER1 and the timing of human behavioral rhythms. Studies showed that the SNP influences wake-up times. GG homozygotes wake up 1 hour later than those with AA genotype. 
    rs7221412 appears to sit in a haplotype block and is flanked by rs9914077 and rs2585408
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs7221412 

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist)

Träger von zwei relativ häufigen genetischen Ursachen von Taubheit

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Träger einer schwer interpretierbaren genetischen Variante im Zusammenhang mit Blut-Erkrankungen und Krebs.
Ein substantiell erhöhtes Krebsrisiko durch diese Variante erscheint unwahrscheinlich

  • rs61754966 is a variant in the NBN gene (NBN:uc003yei.1:exon6:c.265A>G:p.(Ile89Val)) which has been found associated with Hereditary cancer-predisposing syndrome (uncertain significance). In a recent publication germline whole exomes from 139 aggressive (metastatic, age of diagnosis < 60) and 141 non-aggressive (low clinical grade, age of diagnosis ≥60) prostate cancer cases have been sequenced. It was found that protein truncating variants (PTVs) in specific DNA repair genes were significantly overrepresented among patients with the aggressive phenotype. BRCA2, ATM and NBN were the most frequently mutated genes (Br J Cancer. 2018 Jun 19. Epub ahead of print). In another publication MRE11A, RAD50, and NBN have been shown to represent intermediate-risk breast cancer susceptibility genes (Breast Cancer Res. 2014 Jun 3;16(3):R58).

    Acute lymphoblastic leukemia (potential risk factor?) An investigation of seven SNPs in NBN and XRCC3 in 460 paediatric ALL cases and 552 healthy controls did not find association of the tagged SNPs with the ALL risk and did not confirm the hypothesis that analysed DNA recombination repair variants account for increased susceptibility to ALL (Cancer Epidemiol. 2014 Oct;38(5):563-8).
    Aplastic anemia (pathogenic?) 
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/6946/ 

  • rs45487699(C;T)  Variante führt möglicherweise zu einer genetisch bedingten Veränderung des Herzmuskels
    rs45487699, also known as c.566C>T and p.Ser189Leu, is a rare mutation in the LDB3 gene on chromosome 10. It is inherited in an autosomal dominant form, and may lead to left ventricular noncompaction, Familial hypertrophic cardiomyopathy, and Dilated cardiomyopathy 1C (conflicting interpretations of pathogenicity).
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/4731/ 
    http://www.omim.org/entry/605906#0005

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA6_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA6_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA6_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA6_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA6_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

 

 

logo preload hidden logo preload hidden logo preload hidden logo preload hidden