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PGA4: Männlich, etwa 60 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten.

Link zum Report

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

GS191 assoziiert mit möglichen Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten durch schlechten Metabolismus.

Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

Der Genotyp umfasst

  • CYP2C8*3 (rs11572080 and rs10509681)
  • CYP2C9*2 (rs1799853)
  • CYP2C9*3 (rs1057910)

Als Risikoallele wurden rs1799853(T), rs1057910(C), (rs11572080(A), und rs10509681(C) identifiziert. Mindestens ein Risikoallel ist bei dem Probanden nachweisbar.

www.snpedia.com/index.php/Gs191

  •  rs1799853(C;T) rs1799853 is a SNP in the CYP2C9 gene and is linked to poor warfarin metabolism and risk of GI bleeding with some NSAID drugs. The common nomenclature for this polymorphism is CYP2C9*2 (the amino acid is Cys, the SNP is also known as C430T or Cys144Arg). The rs1799853(T) allele encodes the variant amino acid cysteine, which has been linked to poor metabolism of warfarin. Heterozygous rs1799853(C>T) carriers have a ~20% reduction in warfarin metabolism.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs1799853

  •  Gs151 This genoset of SNPs has been linked to the phenotype CYP2C19 Intermediate Metabolizer. Your body breaks down some medicines at a slightly slower than normal rate:
    *anti-epileptics (such as diazepam, phenytoin, and phenobarbitone)  
    *anti-depressants (such as amitriptyline and clomipramine)
    *anti-platelet drug clopidogrel (Plavix)
    *anti-ulcer proton pump inhibitors like omeprazole (trade names Losec and Prilosec), esomeprazole (trade name Nexium), and lansoprazole (Prevacid)
    *hormones (estrogen, progesterone).

http://www.snpedia.com/index.php/Gs151

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und sind meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

  • rs6983267(G;T)  Prostatakrebs & Darmkrebs
    rs6983267(G>T) is a SNP on chromosome 8q24, associated with increased risk for several cancers, particularly prostate cancer and colon cancer. This SNP has also been reported to influence the cancer- decreasing-risk effect of aspirin in patients with colon cancer. Heterozygous individuals have a 1.3x increased risk of prostate cancer. In a study of over 3,600 Caucasians with prostate cancer, rs6983267 was one of five SNPs which in combination with the others allowed to predict overall risk.
    www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa075819
    www.snpedia.com/index.php/Rs6983267.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17618284
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18056436
    You have 4 of 5 SNPs which were associated with a 50% increased risk of dying of prostate cancer if you have the disease. http://cebp.aacrjournals.org/content/20/9/1928
    http://www.snpedia.com/index.php/Gs243
     
  • rs6625163(A;A)  rs1160312(A;G)  Erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung
    rs6625163(A>G) und rs1160312(A>G)
    gs122  7x increased risk of baldness among men.
    Baldness is genetically associated with the haplotype gs122 consisting of rs201571(T) - rs6036025(G) and rs1160312(A), at least in the Caucasian population. For rs1160312 the risk allele is assumed to be (A). The ability of gs122 to rule out going bald is reportedly high (in other words, if you are not positive for gs122, odds are good you will not go bald), but it is lacking in specificity (negative predictive value = 96.5%, positive predictive value = 12.2%, sensitivity = 98.2%, specificity = 6.6%).
    https://www.nature.com/articles/ng.255
    https://www.snpedia.com/index.php/Gs122

  • rs16969968(A;A) Erhöhtes Risiko für Nikotin-Abhängigkeit
    rs16969968(G>A) was associated with smoking phenotype (p=0.007) based on an association study in more than 2,000 individuals. Functional studies demonstrated that the risk allele decreased response level to a nicotine agonist, therefore the rs16969968(A) allele is likely to be involved in nicotine dependence.
    A study of 200 individuals replicated the association between this SNP and nicotine dependence, and also concluded that the rs16969968(A) allele was significantly associated with "enhanced pleasurable responses" to a person's first cigarette.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs16969968
     
  • rs5888(C;T), rs10490924(G;T), rs1061170(C;T) Erhöhtes Risiko für Altersblindheit (altersbedingte Makuladegeneration)
    rs5888 is a SNP in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two 2,498 Caucasian patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration (ARMD) based on a pooled analysis.
  • rs10490924, also known as c.205G>T, p.Ala69Ser and A69S, was identified as a risk factor from chromosome 10 related to age related macular degeneration. The risk allele is (T). Odds ratios for heterozygotes are 2.69.
  • rs1061170 is a SNP in the complement factor H CFH gene; it is also known as Tyr402His or p.Y402H. The rs1061170(T) allele encodes the more common Tyr (Y), while the rarer rs1061170(C) encodes the His (H).
    The heterozygous genotype has been associated with a 2.5-fold risk for AMD (age related macular degeneration)
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs5888
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs10490924 
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs1061170
    http://science.sciencemag.org/content/308/5720/421

  • rs10974944(C;G) Erhöhtes Risiko für eine Vorform von Leukämie (V617F-assoziierte myeloproliferative Neoplasie)
    rs10974944(C>G) is a germline SNP in JAK2 which is associated with predisposition to the development of JAK2(V617F)-positive myeloproliferative neoplasms..The rare G allele of the JAK2 rs10974944 SNP has been associated with JAK2 V617F-positive myeloproliferative neoplasms.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs10974944

  • rs601338(A;A) Resistenz gegen Norovirus-Infektionen
    rs601338(G>A) is located on chromosome 19 in the alpha(1,2)-fucosyltransferase FUT2 gene. The wild-type rs601338(G) encodes the "secretor" allele, while rs601338(A) encodes the "non-secretor" allele. A study of 115 Swedish adults concluded that rs601338(A;A) homozygotes have genetic immunity to infection by the Norwalk norovirus, a major (and contagious) cause of acute gastroenteritis among adults worldwide.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs601338
     
  • rs10246939(T;C), rs1726866(T;C), rs713598(G;C) Wahrnehmung von bitterem Geschmack
    The 3 SNPs are located in the gene TAS2R38. You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good. In 2010, a study showed that the change of bitter sensitivity over the lifespan (from bitter sensitive to less so) is more common in people with this genoset. 
    www.snpedia.com/index.php/Gs227
    https://www.snpedia.com/index.php/Gs227

Charaktereigenschaften

  • rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well                           rs53576(A>G). Studies have demonstrated that individuals with the G allele are more empathetic, feel less lonely, employ more sensitive parenting techniques, and have lower rates of autism
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

Laktose-Toleranz:

You are a carrier of a genoset of SNPs (rs4988235(C;T), rs4988235(T;T), rs182549(C;T),rs182549(T;T)) which has been associated with lactose tolerance.
77% of Europeans with this genoset are able to digest lactose and dairy products. People without this are more likely to experience lactose intolerance.
http://www.snpedia.com/index.php/gs101
 

Überträger-Status für genetische Erkrankungen: diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist:

Hämochromatose (HH, erhöhte Aufnahme von Eisen, eine der häufigsten genetischen Erkrankungen):

  • rs1799945(C;G) -> One copy of H63D, carrier of hemochromatosis,
    rs1799945, also known as H63D or His63Asp, represents a SNP that accounts for a mild form of hereditary hemochromatosis (HH), an iron overload condition in which mutations of certain genes involved in iron metabolism disrupt the body’s ability to regulate uptake of iron, causing increased intestinal iron absorption. The most common form is caused by mutations in the HFE gene, which are inherited recessively. In 1996, HFE, a gene for HH, was found to have two missense mutations. A mutation at amino acid 282 (C282Y) was found to be homozygous in 83 percent of patients with HH. This is a point mutation from guanine to adenine, resulting in a missense mutation from cysteine to tyrosine. Such mutations are commonly found in people with European ancestry. Among individuals of northern European descent, hereditary hemochromatosis is the most common inherited genetic disorder. Importantly, penetrance differs between different populations. Carriers are likely unaffected unless they are also C282Y carriers.

Roughly one in 200 individuals with European ancestry has two copies of C282Y and roughly one in 10 carries one copy of this mutation. Although more than 70% of people with two copies of C282Y will exhibit evidence of iron overload in blood tests, only a small percentage of people with this genotype will actually develop clinical symptoms such as liver disease and arthritis.

A Historical Perspective on Hemochromatosis

The relatively high frequency of the C282Y mutation in people with European ancestry has prompted scientists to speculate that despite the dangers of high iron levels, there was at some point in the evolutionary past an advantage to having this genetic change. Several theories have been proposed. One is that variation in the HFE gene arose as people began farming and increased their consumption of cereal grains, which are lower in iron content than the red meat that predominated in stone age diets. Another theory is that increased iron levels were advantageous because they protected women against iron deficiency by menstruation and childbirth. Another theory takes into account the fact that HH actually leads to a reduction of iron levels in macrophages, which may have given people an advantage in the past by making them resistant to certain infections. None of these theories has been proven.

Angeborene Erkrankungen der Glykosylierung (seltene Stoffwechselerkrankung):

  • rs397515328(A>T) -> is loated on chromosome 11 in the dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase 1 gene DPAGT1:uc001pvi.3:exon1:c.85A>T:p.(Ile29Phe)
  • The gene is involved in N-linked glycosylation in all eukaryotic cells with the synthesis of lipid-linked oligosaccharides in a cyclic pathway, the dolichol cycle. DPAGT1 (EC 2.7.8.15) catalyzes the first step in the dolichol cycle, the synthesis of N-acetylglucosaminyl-pyrophosphoryldolichol (GlcNAc-PP-dolichol) from dolichol phosphate and UDP-GlcNAc, and can be inhibited by the antibiotic tunicamycin.
  • rs397515328(A>T) has been reported to be responsible for a recessive congenital disorder of glycosylation type 1J
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/65470/
    http://www.omim.org/entry/191350?search=DPAGT1

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA4_sequences.bam  Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA4_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA4_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA4_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für genetische Varianten

PGA4_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

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