Top

Middle

Bottom

Inhalt

PGA 1: Männlich, etwa 50 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Auf ausdrücklichen Wunsch von PGA 1, veröffentlichen wir hier den Namen des ersten freiwilligen Teilnehmers von Genom Austria: Giulio Superti-Furga

Genomvisualisierung PGA1: Normale Variabilität

Download Bild
Download Legende

Die obige Darstellung zeigt alle Positionen, in denen sich das jeweilige persönliche Genom vom menschlichen Referenzgenom unterscheidet, und sie zoomt anschließend beispielhaft auf eine dieser genetischen Variationen.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report)

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.


Potenziell medizinisch nützliche Informationen
(Achtung: Verwendung für medizinischen Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

Erhöhte Wirkung von Coumadin/Warfarin-Medikamenten zur Blutverdünnung (daher niedriger zu dosieren):

rs9934438(A;A) -> Coumadin (warfarin) resistance. Patients with the AA genotype who are treated with warfarin may require a lower dose as compared to patients with the AG or GG genotype. Other genetic and clinical factors may also influence a patient's required dose of warfarin.
www.snpedia.com/index.php/Rs9934438
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/37344/
https://www.pharmgkb.org/rsid/rs9934438

Reduzierte Verstoffwechslung von bestimmten Medikamenten (Mephenytoin, Plavix, etc., daher weniger Wirkung und mehr Nebenwirkungen):

rs4244285(G;A) -> rs4244285 is a SNP in the CYP2C19 gene, potentially encoding the CYP2C19*2 variant. This variant is the most common reason for poor metabolism of compounds like mephenytoin (an anti-convulsant), some antidepressants, the anti-platelet drug Plavix, and some drugs used for ulcer conditions of various types.
www.snpedia.com/index.php/Rs4244285
https://www.pharmgkb.org/rsid/rs4244285

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden)

Erhöhtes Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen:

rs1333049(C;C) & rs10757278(G;G) & rs2383206(G;G) -> Increased risk for CAD. rs1333049 has been reported in a large study to be associated with heart disease, in particular, coronary artery disease. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is most likely (C); the odds ratio associated with heterozygotes is 1.47 (CI 1.27-1.70), and for homozygotes, 1.9 (CI 1.61-2.24). This SNP has also been reported to have the highest association of any SNP studied in a subsequent experiment conducted with the resources of the German MI [Myocardial Infarction] Family Study. It has been shown that regularly eating raw vegetables and fruit can reduce the risk to the same level as people without any copies of this SNP.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs1333049
http://www.snpedia.com/index.php/rs10757278
http://www.snpedia.com/index.php/Rs2383206

rs2200733(T;T) -> 1.5x increased risk of Atrial Fibrillation and ischemic stroke. Two defective copies. This affects the formation of the heart and gives a higher risk of Atrial Fibrillation (quivering of the top part of the heart), and Cardioembolic and Ischemic strokes (blocked blood flow to the brain). Based on several quality studies, and confirmed for Europeans and Asians.
www.snpedia.com/index.php/Rs2200733

rs2943634(C;C) -> higher risk of ischemic stroke. rs2943634 is a SNP found to be reproducibly associated with heart disease
www.snpedia.com/index.php/Rs2943634

rs6318(C;C) -> 1.4x increased risk for cardiac events in patients; apparently stress (cortisol) related. Likely stronger emotional response to stress, and apparently (slightly?) higher risk for affective disorders (major depressive and bipolar disorders). Poorer lipid profiles have also been reported.
www.snpedia.com/index.php/Rs6318

Erhöhtes Risiko für Bluthochdruck:

rs891512(A;G) -> rs891512 is an intronic variant in the NOS3 gene significantly associated with blood pressure. GG homozygotes had significantly lower levels of diastolic blood pressure (DBP) (-2.8 mm Hg; P = 0.016) and systolic blood pressure (SBP) (-1.9 mm Hg; P = 0.018) than A-allele carriers.
www.snpedia.com/index.php/Rs891512

Erhöhten Risiko für Fettleibigkeit und Diabetes:

rs10830963(G;G) -> www.snpedia.com/index.php/rs10830963
rs13266634(C;T) -> www.snpedia.com/index.php/rs13266634
rs1801282(C;G) -> www.snpedia.com/index.php/Rs1801282
rs17817449(T;G) -> www.snpedia.com/index.php/Rs17817449

Leicht erhöhtes Risiko für verschiedene Krebsarten:

Schilddrüsenkrebs: rs944289(T;T) -> slightly increased risk for thyroid cancer. Each T at rs944289 increased the odds of thyroid cancer by 1.37 times.
www.snpedia.com/index.php/Rs944289
blog.23andme.com/23andme-research/snpwatch/snpwatch-two-gene-variations-linked-to-thyroid-cancer/

Prostatakrebs & Darmkrebs:
1.3x risk of prostate cancer; aspirin reduces risk of colorectal cancer www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa075819
www.snpedia.com/index.php/Rs6983267

Melanom & Plattenepithelkarzinom
rs910873(A;G) increased risk of melanoma; increased risk of squamous cell carcinoma
www.snpedia.com/index.php/Rs910873

Erhöhtes Risiko für myeloproliferative Neoplasien (chronischen Bluterkrankungen):

rs10974944(C;G) & rs12340895(C;G) -> Increased odds of developing V617F-positive MPN; www.snpedia.com/index.php/rs12340895

Erhöhtes Risiko für Altersblindheit:

rs5888(C;T) -> rs5888 is a SNP in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two Caucasian populations totaling 2,498 patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration;

http://www.snpedia.com/index.php/Rs5888

Genetische Varianten, die oft bei Leistungssportler (insbesondere Sprintern) angetroffen werden:

rs2070744(T;T) -> Cardiovascular differences. This is found in high frequency male athletes from power sports such as jumpers, throwers, and sprinters. There may be negative health consequences with increased risk of cardiovascular disorders https://www.snpedia.com/index.php/Rs2070744

Reduziertes Risiko für männliche Glatzenbildung:

rs6152(A;A) -> www.snpedia.com/index.php/Gs122 www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.255.html

Möglicherweise erhöhtes Risiko für Alkohol/Heroin-Abhängigkeit:

rs1799971(A;G) -> www.snpedia.com/index.php/Rs1799971

Charaktereigenschaften:

rs4680(A;A) -> Worrier rather than warrior. More exploratory, lower COMT enzymatic activity, therefore higher dopamine levels; lower pain threshold, enhanced vulnerability to stress, yet also more efficient at processing information under most conditions
http://www.snpedia.com/index.php/Rs4680   

rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well
http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

Genetisch bedingt höhere Gedächtnisleistung:

rs17070145(C;T) -> Increased memory performance
www.snpedia.com/index.php/Rs17070145
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/1213/


Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist)

Überträger-Status für Beta-Thalassämie (es können zusätzlich schwache Symptome auftreten: Anämie/Blutarmut, leicht vergrößerte Milz):

HBB:uc001mae.1:exon2:c.118C>T:p.(Gln40*), rs11549407 -> Beta Thalassemia carrier
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/15402/
www.snpedia.com/index.php/Rs11549407

(Hintergrund: Hämoglobin und Malaria. Der Teilnehmer hat eine Mutation im Hämoglobin-Gen HBB, welches für den Sauerstofftransport in roten Blutkörperchen wichtig ist. Zum Glück ist nur eine der beiden Kopien dieses Gens betroffen, so dass dieser Gendefekt außer gewissen Einschränkungen beim Ausdauersport keine negativen Auswirkungen hat. Außerdem schützt diese Mutation teilweise gegen Malaria, weswegen sie bei Personen aus heutigen oder historischen Malariagebieten (in diesem Fall: die Po-Ebene in Norditalien) weit verbreitet ist.)

Möglicher Überträger-Status für einen schweren Immundefekt:

DCLRE1C:uc001inl.3:exon7:c.97G>A:p.(Gly33Arg), rs41297018 -> Omenn syndrome & Severe combined immunodeficiency, Athabascan type
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/35998/
www.omim.org/entry/605988


Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Möglicherweise erhöhtes Risiko für verschiedene Krebsarten:

CDKN2A:uc003zpl.3:exon2:c.382G>A:p.(Ala128Thr), rs575031539 -> Hereditary cancer-predisposing syndrome (uncertain significance)
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/142725/
www.omim.org/entry/600160

Möglicherweise erhöhtes Risiko für Nierenschäden:

FN1:uc002vfa.3:exon29:c.4631A>T:p.(Asp1544Val) -> Glomerulopathy with fibronectin deposits
www.omim.org/entry/135600

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA1_sequences.bam  Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA1_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA1_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA1_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für genetische Varianten

PGPC1_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

logo preload hidden logo preload hidden logo preload hidden logo preload hidden