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Sequenz 04

Buch des Lebens

Unser Genom: Ein Buch des Lebens

Die Menschen sind verschieden. Braune Haare, blaue Augen, wie groß wir sind und wie viel Schlaf wir brauchen – vieles wird von unseren Genen beeinflusst. Das Genom des Menschen – auch Erbgut genannt – besteht aus vielen tausend Genen und drei Milliarden einzelnen „Buchstaben“, die zusammen einmalig wie ein Fingerabdruck sind. Vieles wird von unserem Genom vorbestimmt, aber bei weitem nicht alles. Äußere Einflussfaktoren wie z.B. Ernährung oder Bewegung spielen eine wichtige Rolle. Was wir aus unseren Anlagen machen, bleibt uns selbst überlassen. Ein großgewachsener Mensch ist nicht automatisch auch ein guter Basketball-Spieler. Dazu braucht es Motivation, Training, Förderung und auch ein bisschen Glück.

Genome verstehen

Das menschliche Genom ist auf DNA-Molekülen als eine Reihe von etwa drei Milliarden biochemischen „Buchstaben“ geschrieben. Dieser Bauplan wird gelesen und steuert damit die Funktion und das Zusammenspiel von Billionen Zellen im menschlichen Körper. In den Jahren 1990 bis 2003 wurde ein großes internationales Forschungsprojekt durchgeführt, bei dem die Reihenfolge dieser Buchstaben mit technischen Mitteln ausgelesen (sequenziert) und in Computern gespeichert wurde. Diese Sequenzierung des menschlichen Genoms im Rahmen des "Human Genome Projects" hat dazu geführt, dass wir mittlerweile den genetischen Aufbau aller menschlichen Gene kennen, auch wenn wir die genaue Funktion vieler Gene noch nicht verstehen. 

Es gibt allerdings nicht nur ein menschliches Genom, sondern viele unterschiedliche Genome der Menschen. Die Genome von zwei Individuen unterscheiden sich an etwa 3 Millionen Stellen. Das entspricht 0,1% des gesamten Genoms. WissenschaftlerInnen und auch Privatpersonen interessieren sich für diese Unterschiede und ihre Bedeutung. Das Genom ist nämlich nicht nur für die biologische und medizinische Forschung wichtig, sondern es bietet auch interessante Einblicke in die eigene Familiengeschichte, die geographische Herkunft der Urahnen und generell einen Impuls, sich mit der persönlichen Geschichte, Gesundheit und Lebensweise zu beschäftigen.

Wir haben einige interessante Webseiten und Videos zusammengetragen, in denen Sie mehr über die Rolle des Genoms für uns Menschen erfahren können:

Genomsequenzierung

Die Genome der TeilnehmerInnen werden von der gemeinsamen Biomedical Sequencing Facility des CeMM und der MedUni Wien (http://biomedical-sequencing.at) auf modernen Sequenzierungsgeräten (z.B. Illumina HiSeq) analysiert. Dabei wird das Verfahren des Whole Genome Sequencing mit einer Sequenzierungstiefe von ca. 40x verwendet. Die Rohdaten werden bioinformatisch mit einer spezialisierten Software-Pipeline am CeMM prozessiert, die unter anderem die Tools Picard und GATK verwendet. Bei der Interpretation der Daten werden unter anderem die folgenden Bioinformatik-Tools und Datenbanken verwendet: Exomiser, OMIM, HGMD, ClinVar, IGV, UCSC Genome Browser, Ensembl, Interpretome & SNPedia.

Nur zu Forschungszwecken

Alle Ergebnisse von Genom Austria dienen ausschließlich zu Forschungs-, Kultur- und Bildungszwecken und sollten technologiebedingt als vorläufig, unvollständig und potentiell fehlerbehaftet betrachtet werden. Unter keinen Umständen dürfen Daten von Genom Austria ohne Validierung durch einen behandelnden Arzt für die Diagnose von Krankheiten oder für andere medizinische Zwecke eingesetzt werden. Sollte sich aus den Daten oder aus der Kommunikation rund um Genom Austria das Bedürfnis oder die Notwendigkeit einer medizinischen Entscheidung, Behandlung oder Betreuung ergeben, dann muss dies über einen behandelnden Arzt geschehen. Genom Austria kann hier gern entsprechende Kontakte vermitteln, nimmt aber selbst keine ärztlichen oder diagnostischen Aufgaben wahr.

 

Genome der PionierInnen

Abbildung: plot of two principal components. Genetische Herkunft: Die Darstellung ordnet allen TeilnehmerInnen eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

 

Die persönlichen Genome der PionierInnen sind ein zentraler Bestandteil von Genom Austria, denn sie machen unser Genom greifbar und für alle Interessierten einsehbar. Auf dieser Seite werden die Genome der freiwilligen TeilnehmerInnen veröffentlicht, nachdem sie sequenziert, analysiert und von der Teilnehmerin bzw. dem Teilnehmer für die Veröffentlichung freigegeben wurden. Alle Daten sind frei verfügbar und können zum Beispiel für wissenschaftliche und künstlerische Projekte ohne Einschränkungen verwendet werden. Die PionierInnen von Genom Austria wurden darüber aufgeklärt, dass Genomdaten nie komplett anonym sind. Trotzdem fordern wir Sie als Leser und potentieller Nutzer der hier bereitgestellten Daten auf, sie verantwortungsvoll und nicht missbräuchlich zu verwenden.

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden. Unter "Genomdaten" der einzelnen Pioniere finden Sie Links zum Download des jeweiligen Genoms. Einiges kann man recht leicht herauslesen, aber vieles ist kompliziert und auch für die Wissenschaft noch unverständlich.

Gewisse genetische Marker geben zum Beispiel Aufschluss über die Herkunft, was in der Abbildung für alle Pioniere dargestellt wird.

Weiters finden Sie einen Link um das Genom in einem sogenannten Genomebrowser anzusehen (was das genau ist, wird im Anschluss im Rahmen der Genomdaten von PGA1 erklärt). Außerdem können alle detektierten genetischen Varianten (seltene und häufige) angesehen werden.

PGA 1: Männlich, etwa 50 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Auf ausdrücklichen Wunsch von PGA 1, veröffentlichen wir hier den Namen des ersten freiwilligen Teilnehmers von Genom Austria: Giulio Superti-Furga

Genomvisualisierung PGA1: Normale Variabilität

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Die obige Darstellung zeigt alle Positionen, in denen sich das jeweilige persönliche Genom vom menschlichen Referenzgenom unterscheidet, und sie zoomt anschließend beispielhaft auf eine dieser genetischen Variationen.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report)

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse dieses persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich.

Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen 
(Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

Erhöhte Wirkung von Coumadin/Warfarin-Medikamenten zur Blutverdünnung (daher niedriger zu dosieren):

rs9934438(T:T) -> Coumadin (warfarin) resistance.
rs9934438(C>T) 1173C>T polymorphism in the VKORC1 gene. The T allele frequency was 38.8%. Individuals with the TT genotype who are treated with warfarin may require a lower coumadin/warfarin dose compared to patients with the TC or CC genotype. Other genetic and clinical factors may also influence a patient's required dose of warfarin. Persons with at least one T-allele had a statistically significant 19% (95% CI 2 to 40%) risk increase of calcification of the aortic wall compared to CC homozygous persons.
www.snpedia.com/index.php/Rs9934438
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/37344/

Reduzierte Verstoffwechslung von bestimmten Medikamenten (Mephenytoin, Plavix, etc., daher weniger Wirkung und mehr Nebenwirkungen):

rs4244285(G;A)
rs4244285(G>A) is a SNP in the CYP2C19 gene, potentially encoding the CYP2C19*2 variant. This variant is the most common reason for poor metabolism of compounds like mephenytoin (an anti-convulsant), some antidepressants, the anti-platelet drug Plavix, and some drugs used for ulcer conditions of various types. In Caucasians, SNPs in CYP2C19 are relatively rare. A study of 1,477 subjects with acute coronary syndromes who were treated with clopidogrel as part of the Trial to Assess Improvement in Therapeutic Outcomes by Optimizing Platelet Inhibition with Prasugrel-Thrombolysis in Myocardial Infarction (TRITON-TIMI) 38 study concluded that rs4244285(A) allele carriers had a 1.53x increased risk for death from cardiovascular causes, myocardial infarction, or stroke, as compared with noncarriers.
www.snpedia.com/index.php/Rs4244285
https://www.pharmgkb.org/rsid/rs4244285

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden)

Erhöhtes Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen:

rs1333049(C;C) & rs10757278(G;G) & rs2383206(G;G)
rs1333049(G>C) has been reported in a large study to be associated with heart disease, in particular, coronary artery disease. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is most likely (C); the odds ratio associated with heterozygotes is 1.47 (CI 1.27-1.70), and for homozygotes, 1.9 (CI 1.61-2.24). This SNP has also been reported to have the highest association of any SNP studied in a subsequent experiment conducted with the resources of the German MI [Myocardial Infarction] Family Study. It has been shown that regularly eating raw vegetables and fruit can reduce the risk to the same level as people without any copies of this SNP. rs10757278(A>G) is one of several clustered together in a region of chromosome 9 that has been linked to increased risk for heart disease and potentially diabetes. The overall estimate of heart disease cases that may involve this SNP is 20-30%. The risk allele, rs10757278(G), shows an increased association for myocardial infarctions ("MI"; heart attacks) both in general and more specifically in so-called early onset MI. The odds ratio for rs10757278(G;G) individuals relative to rs10757278(A:A) "noncarrier" individuals is 1.64 (CI: 1.47-1.82), and for carriers of one risk allele, i.e. rs10757278(A;G) individuals, 1.26. rs2383206(A>G) can significantly increase the risk of heart disease. About one in every four Caucasians are thought to carry the variants, and their risk of coronary heart disease is increased by 30 to 40%. The chromosomal region where these SNPs are located is 9p21, and has no known genes.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs1333049
http://www.snpedia.com/index.php/rs10757278
http://www.snpedia.com/index.php/Rs2383206

rs2200733(T;T)
rs2200733(C>T) was found to be associated with atrial fibrillation in a study of European and Asian populations. The odds ratio associated with one or more copies of the risk allele was ~1.5x increased risk of Atrial Fibrillation and ischemic stroke. The risk allele affects the formation of the heart and gives a higher risk of Atrial Fibrillation (quivering of the top part of the heart), and Cardioembolic and Ischemic strokes (blocked blood flow to the brain). Based on several quality studies.
www.snpedia.com/index.php/Rs2200733

rs2943634(C;C)
rs2943634(C>A) is a SNP found to be reproducibly associated with heart disease-> higher risk of ischemic stroke. It is associated with high density lipoprotein (HDL) cholesterol.
www.snpedia.com/index.php/Rs2943634

rs6318(C;-)
rs6318 is a SNP within the serotonin 2C receptor gene located on the X chromosome. Since it is located on the X chromosome, males will be hemizygous and either (C;-) or (G;-), whereas females will either homozygous (C;C) or (G;G) or heterozygous (C;G). In most of the studies heterozyous (C;G) females were roughly statistically equivalent to females carrying the common non-risk (G;G) genotype. (C;-) males or (C;C) females have an 1.4x increased risk for cardiac events; apparently stress (cortisol) related. Possibly, stronger emotional response to stress, and slightly (?) higher risk for affective disorders (major depressive and bipolar disorders). Poorer lipid profiles have also been reported.
www.snpedia.com/index.php/Rs6318

Erhöhtes Risiko für Bluthochdruck:

rs891512(A;G)
rs891512(G>A) is an intronic variant in the NOS3 gene significantly associated with blood pressure. GG homozygotes had significantly lower levels of diastolic blood pressure (DBP) (-2.8 mm Hg; P = 0.016) and systolic blood pressure (SBP) (-1.9 mm Hg; P = 0.018) than A-allele carriers.
www.snpedia.com/index.php/Rs891512

rs10830963(G;G), rs3781638(C;T), rs1801282(C;G)rs17817449(T;G) - Erhöhtes Risiko für Übergewicht, Fettleibigkeit und Diabetes                                    rs10830963(C>G) was significantly associated with higher fasting plasma glucose concentrations and reduced insulin release.                                    

rs3781638(C>T) displayed significant association with lower fasting plasma glucose levels and increased OGTT-induced insulin release. A study totaling 19,000+ Europeans concluded that rs10830963 had the most influence of any gene SNP on the risk for type-2 diabetes.

rs1801282(C>G) is a common SNP in the peroxisome proliferator-activated receptor PPARG gene. The more common (C) allele (in dbSNP orientation) encodes the 'Pro' amino acid at this SNP position. The SNP.has been reported to be associated with metabolic syndrome, but other studies have not been able to replicate any strong or significant effect. Reportedly, the (G) allele increased the risk of isolated impaired fasting glycemia (OR=1.64) but not isolated impaired glucose tolerance.

rs17817449(T>G) is located within the FTO gene and has been associated with body weight. The G-allele confers a ~1.3x increased obesity risk. However, the SNP showing the strongest association with body weight (i.e. body mass index, BMI) is not rs17817449, although this SNP is one of co-inherited SNPs in the FTO gene region. 
rs10830963(G;G) -> www.snpedia.com/index.php/rs10830963
rs13266634(C;T) -> www.snpedia.com/index.php/rs13266634
rs1801282(C;G) -> www.snpedia.com/index.php/Rs1801282
rs17817449(T;G) -> www.snpedia.com/index.php/Rs17817449

Leicht erhöhtes Risiko für verschiedene Krebsarten:

rs944289(T;T) Schilddrüsenkrebs
Each T at rs944289 increased the odds of thyroid cancer by 1.37 times. -> slightly increased risk for thyroid cancer.
www.snpedia.com/index.php/Rs944289
blog.23andme.com/23andme-research/snpwatch/snpwatch-two-gene-variations-linked-to-thyroid-cancer/

rs6983267(G;T) Prostatakrebs & Darmkrebs
rs6983267(G>T) is a SNP on chromosome 8q24, associated with increased risk for several cancers, particularly prostate cancer. This SNP has also been reported to influence the cancer- decreasing-risk effect of aspirin in patients with colon cancer. www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa075819
www.snpedia.com/index.php/Rs6983267

rs910873(A;G) Melanom & Plattenepithelkarzinom
rs910873(G>A) has been associated with an 1.7x increased risk of melanoma and an increased risk of squamous cell carcinoma in dominant models (G;A or A;A; dominant) 
www.snpedia.com/index.php/Rs910873

rs10974944(C;G) & rs12340895(C;G) Erhöhtes Risiko für myeloproliferative Neoplasien (chronischen Bluterkrankungen):
rs10974944 is located in the JAK2 gene which appears to predispose to V617F-positive neoplasms; The SNP was associated with a 4-fold increased odds of V617F-associated MPNs.   rs12340895(C>G). People with a G at rs12340895 have about two times the odds of developing V617F-positive MPN compared to people without the disease. have about three times higher odds of developing V617F-positive MPN compared to individuals without the A version."
www.snpedia.com/index.php/rs12340895

rs5888(C;T) Erhöhtes Risiko für Altersblindheit
rs5888 is a SNP in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two Caucasian populations totaling 2,498 patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration. http://www.snpedia.com/index.php/Rs5888

rs2070744(T;T)
rs2070744(T>C). This SNP is located in the in the promoter region of the NOS3 gene which encodes nitric oxide synthase 3. The SNP has been associated with higher levels of the corresponding mRNA (and possibly protein). The risk allele (C) of this SNP was found associated with: Rheumatoid Arthritis and cardiovascular mortality in high-risk patients. Progression (but not occurrence) of prostate cancer in high frequency in male athletes from power sports such as jumpers, throwers, and sprinters. 
https://www.snpedia.com/index.php/Rs2070744                                                   

rs6152(A;A) Reduziertes Risiko für männliche Glatzenbildung 
rs6152(G>A), located in the first exon of the androgen receptor AR gene on the X chromosome, is highly indicative of the ability to develop male pattern baldness. The risk allele is (G). However, although it appears to be necessary for baldness to develop, other (as yet unknown) variations must also be present for baldness to actually occur. Since this SNP is on the X chromosome, and affects a trait primarily seen only in males, a single allele is shown as representing the individual's genotype. However, baldness may also occur in females, presumably only in females homozygous for rs6152(G;G) and also harboring the (as yet unknown) additional variations required for baldness.
www.snpedia.com/index.php/Rs6152 
www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.255.html

rs1799971(A;G) Möglicherweise erhöhtes Risiko für Alkohol/Heroin-Abhängigkeit 
The rs1799971(G) allele in exon 1 of the mu opioid receptor OPRM1 gene causes the amino acid asparagine (Asn) at residue 40, to be replaced by aspartic acid (Asp). Carriers of at least one rs1799971(G) allele appear to have stronger cravings for alcohol than carriers of two rs1799971(A) alleles, and are thus possibly at higher risk for alcoholism. However, research results are mixed, and there are studies both agreeing or disagreeing with this finding. 
www.snpedia.com/index.php/Rs1799971

Charaktereigenschaften:

rs4680(A;A)
rs4680(G>A) is a well studied SNP in the COMT gene. The COMT gene codes for the COMT enzyme, which breaks down dopamine in the brain's prefrontal cortex. The wild-type allele is a (G), coding for a valine amino acid; the (A) substitution polymorphism changes the amino acid to a methionine. This alters the structure of the resultant enzyme such that its activity is only 25% of the wild type. As a result, A allele carriers have more dopamine in their prefrontal cortex, which may be responsible for many of the neuropsychological associations listed below. rs4680(A) = Worrier. Lower COMT enzymatic activity, therefore higher dopamine levels; lower pain threshold, enhanced vulnerability to stress, yet also more efficient at processing information under most conditions. rs4680(G) = Warrior. higher COMT enzymatic activity, therefore lower dopamine levels; higher pain threshold, better stress resiliency, albeit with a modest reduction in executive cognition performance under most conditions. 
http://www.snpedia.com/index.php/Rs4680

rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well
rs53576(A>G). Studies have demonstrated that individuals with the G allele are more empathetic, feel less lonely, employ more sensitive parenting techniques, and have lower rates of autism
http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

rs17070145(C;T) -> Increased memory performance
Carriers of an rs17070145 T allele had 24% better free recall performance 5 min after word presentation (P = 0.000004) and 19% better free recall performance 24 hours after word presentation (P = 0.0008) than did noncarriers
www.snpedia.com/index.php/Rs17070145
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/1213/

Überträger-Status für genetische Erkrankungen
(diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist)

rs11549407(C;T) Beta Thalassemia carrier
Hemoglobin beta-zero mutation; anemia possible (es können zusätzlich schwache Symptome auftreten: Anämie/Blutarmut, leicht vergrößerte Milz). HBB:uc001mae.1:exon2:c.118C>T:p.(Gln40*), rs11549407. Der Teilnehmer hat eine Mutation im Hämoglobin-Gen HBB, welches für den Sauerstofftransport in roten Blutkörperchen wichtig ist. Zum Glück ist nur eine der beiden Kopien dieses Gens betroffen, so dass dieser Gendefekt außer gewissen Einschränkungen beim Ausdauersport keine negativen Auswirkungen hat. Außerdem schützt diese Mutation teilweise gegen Malaria, weswegen sie bei Personen aus heutigen oder historischen Malariagebieten (in diesem Fall: die Po-Ebene in Norditalien) weit verbreitet ist.
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/15402/
www.snpedia.com/index.php/Rs11549407

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Möglicherweise erhöhtes Risiko für verschiedene Krebsarten

CDKN2A:uc003zpl.3:exon2:c.382G>A:p.(Ala128Thr), rs575031539 -> Hereditary cancer-predisposing syndrome (uncertain significance).

The CDKN2A gene encodes proteins that regulate 2 critical cell cycle regulatory pathways, the p53 (TP53; 191170) pathway and the RB1 (614041) pathway. Through the use of shared coding regions and alternative reading frames, the CDKN2A gene produces 2 major proteins: p16(INK4), which is a cyclin-dependent kinase inhibitor, and p14(ARF), which binds the p53-stabilizing protein MDM2.
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/142725/
www.omim.org/entry/600160

Möglicherweise erhöhtes Risiko für Nierenschäden
FN1:uc002vfa.3:exon29:c.4631A>T:p.(Asp1544Val) -> Glomerulopathy with fibronectin deposits. Fibronectin-1 belongs to a family of high molecular weight glycoproteins that are present on cell surfaces, in extracellular fluids, connective tissues, and basement membranes. Fibronectins interact with other extracellular matrix proteins and cellular ligands, such as collagen, fibrin, and integrins. Fibronectins are involved in adhesive and migratory processes of cells. Two major forms of fibronectin exist: a plasma soluble form and a cellular form. Alternatively spliced FN1 EDA and EDB are prominently expressed during wound healing, lung, liver and kidney fibrosis, vascular intimal proliferation, and cardiac transplantation. Glomerulopathy with Fibronectin Deposits 2. In patients with glomerulopathy with fibronectin deposits 3 heterozygous mutations in the FN1 gene were identified.
www.omim.org/entry/135600

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA1_sequences.bam  Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA1_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA1_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA1_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für genetische Varianten

PGPC1_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA2: Weiblich, etwa 70 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten.

Link zum Report

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse dieses persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen
(Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

Mögliche Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten durch eine genetisch bedingt langsame Verstoffwechselung.
Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib. Der Genotyp umfasst CYP2C8*3 (rs11572080 and rs10509681) CYP2C9*2 (rs1799853) CYP2C9*3 (rs1057910) Als Risikoallele wurden rs1799853(T), rs1057910(C), (rs11572080(A), und rs10509681(C) identifiziert. Mindestens ein Risikoallel ist bei der Probandin nachweisbar. www.snpedia.com/index.php/Gs191

Möglicherweise Nebenwirkungen bei Medikamenten, die die Immunabwehr unterdrücken rs1800460(A;G). rs1800460 is a SNP in the TPMT gene, potentially encoding a variant incapable of detoxifying byproducts of certain antineoplastic and immunosuppressant drugs. In general, individuals must have two nonfunctioning TPMT alleles for the toxicity to be pronounced. The risk allele for this SNP is rs1800460(A), and when it is the only variation in the TPMT gene, it encodes the TPMT*3B allele. This SNP is more common in Caucasians (4.5% of all alleles) than in African-Americans (0.8%). rs1800462(C;G) rs1800462, also known as A80P, is a rare SNP in the TPMT gene, potentially encoding a variant incapable of detoxifying byproducts of certain antineoplastic and immunosuppressant drugs. In general, individuals must have two nonfunctioning TPMT alleles for the toxicity to be pronounced. The risk allele for this SNP (in orientation to the dbSNP entry) is rs1800462(C), and it encodes the TPMT*2 allele. It may occur at a frequency of 1 in 200 alleles among Caucasians. Thiopurine drugs metabolized by TPMT include azathioprine, mercaptopurine, and thioguanine Individual differences in TPMT activity associated with this SNP are now used to determine appropriate dosage range and interval for treatment.
www.snpedia.com/index.php/Rs1800460
www.snpedia.com/index.php/Rs1800462
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/37126/
www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK100661/

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden)

Genetisch verringerte Werte für LDL-Cholesterin und geringeres Risiko von Herz-Kreislauf-Erkrankungen:

rs11591147(G;T)
rs11591147 is a SNP in the PCSK9 gene. The T-allele is associated with lower LDL cholesterol levels & two to three fold lower risk for both early- and late-onset cardiovascular disease. In a study on over 300,000 individuals rs11591147 was the SNP with the greatest effect on LDL-C and cardiovascular risk reduction. www.snpedia.com/index.php/Rs11591147
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/2878/

rs3732379(T;T)
rs3732379(C>T) is a polymorphisms in the chemokine receptor gene CX3CR1. This gene polymorphisms in combination with clinical and demographic factors predicts late survival in diffuse large B-cell lymphoma patients in the pre-rituximab era. The polymorphism has also been reported as one of several polygenic host components that regulates the progression to clinical AIDS in HIV-1-infected individuals. www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/8152/
science.sciencemag.org/content/287/5461/2274.long

rs1801133(T;T)
rs1801133(C>T) is a SNP that is relatively common and has been studied extensively. It encodes a variant in the MTHFR gene also known as C677T, Ala222Val, and A222V, which encodes an enzyme involved in folate metabolism. Homozygous rs1801133(T;T) individuals have ~30% of the expected MTHFR enzyme activity, resulting in high homocysteine, low B12 and folate levels. Moderately increased odds of having a child with a neural tube defect. Slightly increased risk for several other diseases. Research on MTHFR-influenced health conditions have been inconclusive or conflicting. Based on the existing data, people should not interpret their genotypes at the common MTHFR variants as having an effect on their health.
www.snpedia.com/index.php/Rs1801133(T;T)
www.snpedia.com/index.php/Rs1801133
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/3520/

rs1799930(A;A) Leicht erhöhtes Risiko für Schwerhörigkeit im Alter
rs1799930(G>A) is a SNP in the NAT2 gene, potentially encoding a variant detoxifying protein known as an N-acetyltransferase. Other NAT2 SNPs are known which are also inherited. The risk allele for this SNP is rs1799930(A). For homozygous A-allele carriers a 2.8-fold increased risk of Age Related Hearing Impairment (ARHI) has been reported.
www.snpedia.com/index.php/Rs1799930
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17513527
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16369173

Leicht erhöhtes Risiko für Altersblindheit
·         rs5888 is a SNP in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two Caucasian populations totaling 2,498 patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration.
·         rs1061170 is a SNP in the complement factor H CFH gene. The rs1061170(T) allele encodes the more common Tyr (Y), while the generally rarer rs1061170(C) encodes the His (H). This SNP has been associated with a 2.5-fold increased risk for age related macular degeneration.
·         rs3775291 is a SNP in the TLR3 gene associated with an amino acid change in the corresponding protein. rs3775291(G>A) has been associated with a 0.7-fold reduced risk of "dry" age related macular degeneration (ARMD).
www.snpedia.com/index.php/Rs5888 (increased risk)
www.snpedia.com/index.php/Rs1061170 (increased risk)
www.snpedia.com/index.php/Rs3775291 (decreased risk)

rs17070145(T;T) Genetisch bedingte deutlich höhere Gedächtnisleistung
Carriers of an rs17070145 T allele had 24% better free recall performance 5 min after word presentation (P = 0.000004) and 19% better free recall performance 24 hours after word presentation (P = 0.0008) than did noncarriers. T allele carriers performed significantly better than noncarriers.
www.snpedia.com/index.php/Rs17070145
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/1213/

rs1815739(C;C) Better performing muscles
the rs1815739(C>T) SNP is located in the ACTN3 gene and encodes a premature stop codon in a muscle protein called alpha-actinin-3. The homozygous T;T genotype is under-represented in elite strength athletes, consistent with previous reports indicating that alpha-actinin-3 deficiency appears to impair muscle performance. This genotype indicates better performing muscles, particularly for sprinting and power sports. However, some studies failed to replicate the data.
www.snpedia.com/index.php/Rs1815739

rs2070744(T;T)
rs2070744(T>C) is located in the promoter region of the NOS3 gene which encodes nitric oxide synthase 3. The C-allele, which is rare in the Caucasian population, is associated with higher levels of the corresponding mRNA and associations with: rheumatoid Arthritis, cardiovascular mortality in high-risk patients, and progression (but not occurence) of prostate cancer. Men who carry the C allele responded more favorably to the antihypertensive effects of aerobic exercise.
www.snpedia.com/index.php/Rs2070744(T;T)

Genetische Variante, die mit trockenem Ohrenschmalz und reduziertem Körpergeruch einhergeht (besonders verbreitet bei Personen aus Ostasien):

rs17822931(T;T) Dry earwax
rs17822931(C>T) is a SNP in the ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 11 ABCC11 gene. The ABCC11 protein helps to transport small molecules across apical membranes such as those in apocrine secretory cells. This SNP determines wet vs dry earwax as well as sweat production. The majority of Europeans are homozygous CC while Asians are homozygous TT. rs17822931(T;T) individuals were at least 5-fold less likely to use deodorant.
www.snpedia.com/index.php/Rs17822931

(Background: Human earwax consists of wet and dry types. Dry earwax is frequent in East Asians, whereas wet earwax is common in other populations. The ABCC11 gene is responsible for determination of earwax type. Geographical data suggest that the T-allele arose in northeast Asia and thereafter spread through the world. Migration of humans can be traced using the ABCC11 gene alleles. A simulation experiment using a pseudo-sampling variable revealed that the mutation of rs17822931-T occurred 2006 generations (ca. 40.000 years) ago in an ancient northern Mongoloid tribe. Assuming a recessive selection model, a coalescent-based simulation approach suggested that the selection coefficient of rs17822931-T had been approximately 0.01 in the East Asian population. The selective advantage of rs17822931-T was apparently related to an adaptation to cold climate. The results provide a striking example of how local adaptation has played a significant role in the diversification of human traits, that followed a spread of the dry ear wax allele to other regions of Asia via migration of the ancient tribe.)
https://en.wikipedia.org/wiki/ABCC11#Demographics) Ohashi J et al. Mol Biol Evol. 2011;28:849-5

rs10246939(T;C), rs1726866(T;C), rs713598(G;C) Wahrnehmung von bitterem Geschmack
The 3 SNPs are located in the gene TAS2R38. You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good. In 2010, a study showed that the change of bitter sensitivity over the lifespan (from bitter sensitive to less so) is more common in people with this genoset. www.snpedia.com/index.php/Gs227

Überträger-Status für genetische Erkrankungen
(diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Trägerin einer genetischen Veränderung, die mit Mikrophthalmie zusammenhängt (einer Störung der Augenentwicklung) PRSS56:uc021vyh.1:exon8:c.904G>T:p.(Val302Phe), rs74703359 -> Carrier status for autosomal recessive microphthalmia (Microphthalmia, isolated 6).
Microphthalmia is an eye abnormality that arises before birth. The inheritance is autosomal recessive. In microphthalmia, one or both eyeballs are abnormally small. In individuals affected with severe disease the eyeball may be completely missing; however, even in these cases some remaining eye tissue is generally present. Microphthalmia may or may not result in significant vision loss..People with microphthalmia may also have a condition called coloboma. Colobomas are missing pieces of tissue in structures that form the eye. They may appear as notches or gaps in the colored part of the eye called the iris; the retina, which is the specialized light-sensitive tissue that lines the back of the eye. Colobomas may be present in one or both eyes and, depending on their size and location, can affect a person's vision. People with microphthalmia may also have other eye abnormalities, including clouding of the lens of the eye (cataract) and a narrowed opening of the eye (narrowed palpebral fissure). https://ghr.nlm.nih.gov/condition/microphthalmia www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/183171/
www.omim.org/entry/613858
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21850159

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Malignant hyperthermia susceptibility (MHS) rs147136339(A;G) Die genetische Variante führt möglicherweise zu einem erhöhten Risiko für eine schwere Narkose-bedingte Komplikation (allerdings ist die Variante in der Bevölkerung häufiger als die Erkrankung, daher ist eine Kausalität eher unwahrscheinlich).

One form of malignant hyperthermia (MHS1) is caused by heterozygous mutation in the ryanodine receptor gene (RYR1; 180901) on chromosome 19q13. RYR1:uc002oit.3:exon86:c.11798A>G:p.(Tyr3933Cys), rs147136339 Malignant hyperthermia susceptibility (MHS), a skeletal muscle disorder most often inherited as an autosomal dominant trait, is one of the main causes of death due to anesthesia. In susceptible people, a malignant hyperthermia episode is triggered by exposure to commonly used volatile anesthetic agents such as halothane or depolarizing muscle relaxants such as succinyl choline. A fulminant MH crisis is characterized by any combination of hyperthermia, skeletal muscle rigidity, tachycardia or arrhythmia, respiratory and metabolic acidosis, and rhabdomyolysis. Except for this susceptibility to triggering agents, MHS patients are not clinically distinguishable from the general population. Anaesthesia for known MH susceptible patients requires avoidance of triggering agents (all volatile anaesthetic agents and succinylcholine). All other drugs are safe (including nitrous oxide), as are regional anaesthetic techniques.
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/133021/
www.omim.org/entry/145600

CDH1:uc002ewg.1:exon15:c.2336G>A:p.(Arg779Gln), rs587781311
Die genetische Variante führt möglicherweise zu einem erhöhten Risiko für Magenkrebs (unklare Datenlage, eher unwahrscheinlich) CDH1 cadherin gene. The CDH1 gene encodes E-cadherin, a calcium ion-dependent cell adhesion molecule that functions in the establishment and maintenance of epithelial cell morphology during embryogenesis and adulthood. Development of malignant tumors is in part characterized by the ability of a tumor cell to overcome cell-cell adhesion and to invade surrounding tissue. E-cadherin, the main adhesion molecule of epithelia, has been implicated in carcinogenesis because it is frequently lost in human epithelial cancers. Heterozygous CDH1 mutation carriers have a 70 to 80% lifetime risk of developing diffuse gastric cancer. In addition to gastric cancer, up to 60% of female mutation carriers develop lobular carcinoma of the breast, and some carriers may develop colorectal cancer. Identification of mutation carriers is important, because the characteristic microscopic foci of signet ring cell adenocarcinoma in HDGC usually involves the submucosa and is often not readily detectable by routine upper endoscopy screening (summary by Fitzgerald et al., 2010). Hereditary diffuse gastric cancer is an autosomal dominant cancer predisposition syndrome.
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/140840/
www.omim.org/entry/192090

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA2_sequences.bam  Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA2_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA2_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA2_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für genetische Varianten

PGA2_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA3: Männlich, etwa 40 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten.

Link zum Report

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Erhöhtes Risiko für arzneimittelinduzierte Myopathie (Muskelerkrankung) in Folge einer Behandlung mit Statinen 

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Deutlich erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung:

  • rs6625163(A;A)

  • rs1160312(A;G)

  • gs122   
    7x risk of baldness among men. Baldness is genetically associated with the haplotype gs122 consisting of rs201571(T) - rs6036025(G) and rs1160312(A), at least in the Caucasian population. For rs1160312 the risk allele is assumed to be (A). The ability of gs122 to rule out going bald is reportedly high (in other words, if you are not positive for gs122, odds are good you will not go bald), but it is lacking in specificity (negative predictive value = 96.5%, positive predictive value = 12.2%, sensitivity = 98.2%, specificity = 6.6%).
    https://www.nature.com/articles/ng.255

Deutlich erhöhtes Risiko für Übergewicht/Fettleibigkeit und assoziierte Erkrankungen (z.B. Typ-2 Diabetes):

  • rs1421085(C;C)
    rs1421085(T>C) is a SNP located in the first intron of the FTO (fat mass and obesity associated) gene on chromosome 16 and that has been associated with body weight. The homozygous CC genotype confers a ~1.7x increased obesity risk. However, the SNP showing the strongest association with body weight (i.e. body mass index, BMI) is not this SNP.
    http://www.nejm.org/doi/abs/10.1056/NEJMoa1502214
    https://www.nature.com/articles/ng.301

Leicht erhöhtes Risiko für Alkoholismus, stärkere Nebenwirkungen von bestimmten Psychopharmaka, geringere Erfolgsrate bei der Raucherentwöhnung mit Hilfe des Medikaments Bupropion

  • rs1800497(C>T), a SNP in the dopamine D2 receptor DRD2 gene. The minor allele (rs1800497(T)) is associated with a reduced number of dopamine binding sites in the brain, and has been postulated to play a role in alcoholism, smoking, and certain neuropsychiatric disorders. A wide variety ofMany controversial  reports have been published over more than ten years either linking rs1800497 to aspects of nicotine use and smoking cessation success, or finding no such association. A meta-analysis of 41 such studies published in 2004 concluded that overall the association of rs1800497 with such phenomena was statistically weak.
    More recently, a relatively large study investigated the success of the drug bupropion. It showed that smokers homozygous for the TT genotype were more successful than TC or CC individuals. Bupropion only helped TT genotype carriers to stop smoking.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs1800497
    https://www.pharmgkb.org/variant/PA166154339/clinicalAnnotation

Hohe Wahrscheinlichkeit von blauen Augen (diese genetische Variante erklärt etwa die Hälfte der Unterschiede zwischen blauen und braunen Augen bei Europäern)

Erhöhtes Risiko für Altersblindheit (altersbedingte Makuladegeneration):

Gefunden wurde aber auch eine genetische Variante, die mit einem geringeren Risiko assoziiert ist:

  • rs2511989(A;G) 
    rs2511989(A;G). The SNP is located in the Complement 1 Inhibitor (C1INH/SERPING1).  The heterozygous genotype has been associated with a 0.63x decreased age-related macular degeneration risk
    http://www.snpedia.com/index.php/rs2511989   

Sonstiges:

  • rs17070145(C;T) -> Increased memory performance
    Carriers of an rs17070145 T allele had 24% better free recall performance 5 min after word presentation (P = 0.000004) and 19% better free recall performance 24 hours after word presentation (P = 0.0008) than did noncarriers
    www.snpedia.com/index.php/Rs17070145
    www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/1213

  • rs7221412(G;G) -> Late riser.
    rs7221412(A>G) is a common polymorphism near PER1 influencing the timing of human behavioral rhythms. A study showed that the SNP had influence on wake-up times. It suggests that common (but unidentified) polymorphisms may be associated with a preference for daytime or nighttime activity.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs7221412

  • gs159 comprises rs762551
    rs762551(C>A) is a SNP in the CYP1A2 gene. The rs762551(C) allele is considered the wild-type, even though it is the rarer allele in most populations. The rs762551(A) allele is the "fast metabolizer" allele known as CYP1A2*1F; the (C) allele is by comparison a slower metabolizer of certain substrates (including caffeine).
    Ciprofloxacin is also metabolized by CYP1A2, but is unclear if the genotype has an influence on its effect.
    https://www.snpedia.com/index.php/gs159
    https://www.snpedia.com/index.php/gs159

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

<keine>

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

<keine> 

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA3_sequences.bam  Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA3_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA3_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA3_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für genetische Varianten

PGA3_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA4: Männlich, etwa 60 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten.

Link zum Report

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

GS191 assoziiert mit möglichen Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten durch schlechten Metabolismus.

Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

Der Genotyp umfasst

  • CYP2C8*3 (rs11572080 and rs10509681)
  • CYP2C9*2 (rs1799853)
  • CYP2C9*3 (rs1057910)

Als Risikoallele wurden rs1799853(T), rs1057910(C), (rs11572080(A), und rs10509681(C) identifiziert. Mindestens ein Risikoallel ist bei dem Probanden nachweisbar.

www.snpedia.com/index.php/Gs191

  •  rs1799853(C;T) rs1799853 is a SNP in the CYP2C9 gene and is linked to poor warfarin metabolism and risk of GI bleeding with some NSAID drugs. The common nomenclature for this polymorphism is CYP2C9*2 (the amino acid is Cys, the SNP is also known as C430T or Cys144Arg). The rs1799853(T) allele encodes the variant amino acid cysteine, which has been linked to poor metabolism of warfarin. Heterozygous rs1799853(C>T) carriers have a ~20% reduction in warfarin metabolism.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs1799853

  •  Gs151 This genoset of SNPs has been linked to the phenotype CYP2C19 Intermediate Metabolizer. Your body breaks down some medicines at a slightly slower than normal rate:
    *anti-epileptics (such as diazepam, phenytoin, and phenobarbitone)  
    *anti-depressants (such as amitriptyline and clomipramine)
    *anti-platelet drug clopidogrel (Plavix)
    *anti-ulcer proton pump inhibitors like omeprazole (trade names Losec and Prilosec), esomeprazole (trade name Nexium), and lansoprazole (Prevacid)
    *hormones (estrogen, progesterone).

http://www.snpedia.com/index.php/Gs151

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und sind meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

  • rs6983267(G;T)  Prostatakrebs & Darmkrebs
    rs6983267(G>T) is a SNP on chromosome 8q24, associated with increased risk for several cancers, particularly prostate cancer and colon cancer. This SNP has also been reported to influence the cancer- decreasing-risk effect of aspirin in patients with colon cancer. Heterozygous individuals have a 1.3x increased risk of prostate cancer. In a study of over 3,600 Caucasians with prostate cancer, rs6983267 was one of five SNPs which in combination with the others allowed to predict overall risk.
    www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa075819
    www.snpedia.com/index.php/Rs6983267.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17618284
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18056436
    You have 4 of 5 SNPs which were associated with a 50% increased risk of dying of prostate cancer if you have the disease. http://cebp.aacrjournals.org/content/20/9/1928
    http://www.snpedia.com/index.php/Gs243
     
  • rs6625163(A;A)  rs1160312(A;G)  Erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung
    rs6625163(A>G) und rs1160312(A>G)
    gs122  7x increased risk of baldness among men.
    Baldness is genetically associated with the haplotype gs122 consisting of rs201571(T) - rs6036025(G) and rs1160312(A), at least in the Caucasian population. For rs1160312 the risk allele is assumed to be (A). The ability of gs122 to rule out going bald is reportedly high (in other words, if you are not positive for gs122, odds are good you will not go bald), but it is lacking in specificity (negative predictive value = 96.5%, positive predictive value = 12.2%, sensitivity = 98.2%, specificity = 6.6%).
    https://www.nature.com/articles/ng.255
    https://www.snpedia.com/index.php/Gs122

  • rs16969968(A;A) Erhöhtes Risiko für Nikotin-Abhängigkeit
    rs16969968(G>A) was associated with smoking phenotype (p=0.007) based on an association study in more than 2,000 individuals. Functional studies demonstrated that the risk allele decreased response level to a nicotine agonist, therefore the rs16969968(A) allele is likely to be involved in nicotine dependence.
    A study of 200 individuals replicated the association between this SNP and nicotine dependence, and also concluded that the rs16969968(A) allele was significantly associated with "enhanced pleasurable responses" to a person's first cigarette.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs16969968
     
  • rs5888(C;T), rs10490924(G;T), rs1061170(C;T) Erhöhtes Risiko für Altersblindheit (altersbedingte Makuladegeneration)
    rs5888 is a SNP in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two 2,498 Caucasian patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration (ARMD) based on a pooled analysis.
  • rs10490924, also known as c.205G>T, p.Ala69Ser and A69S, was identified as a risk factor from chromosome 10 related to age related macular degeneration. The risk allele is (T). Odds ratios for heterozygotes are 2.69.
  • rs1061170 is a SNP in the complement factor H CFH gene; it is also known as Tyr402His or p.Y402H. The rs1061170(T) allele encodes the more common Tyr (Y), while the rarer rs1061170(C) encodes the His (H).
    The heterozygous genotype has been associated with a 2.5-fold risk for AMD (age related macular degeneration)
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs5888
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs10490924 
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs1061170
    http://science.sciencemag.org/content/308/5720/421

  • rs10974944(C;G) Erhöhtes Risiko für eine Vorform von Leukämie (V617F-assoziierte myeloproliferative Neoplasie)
    rs10974944(C>G) is a germline SNP in JAK2 which is associated with predisposition to the development of JAK2(V617F)-positive myeloproliferative neoplasms..The rare G allele of the JAK2 rs10974944 SNP has been associated with JAK2 V617F-positive myeloproliferative neoplasms.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs10974944

  • rs601338(A;A) Resistenz gegen Norovirus-Infektionen
    rs601338(G>A) is located on chromosome 19 in the alpha(1,2)-fucosyltransferase FUT2 gene. The wild-type rs601338(G) encodes the "secretor" allele, while rs601338(A) encodes the "non-secretor" allele. A study of 115 Swedish adults concluded that rs601338(A;A) homozygotes have genetic immunity to infection by the Norwalk norovirus, a major (and contagious) cause of acute gastroenteritis among adults worldwide.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs601338
     
  • rs10246939(T;C), rs1726866(T;C), rs713598(G;C) Wahrnehmung von bitterem Geschmack
    The 3 SNPs are located in the gene TAS2R38. You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good. In 2010, a study showed that the change of bitter sensitivity over the lifespan (from bitter sensitive to less so) is more common in people with this genoset. 
    www.snpedia.com/index.php/Gs227
    https://www.snpedia.com/index.php/Gs227

Charaktereigenschaften

  • rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well                           rs53576(A>G). Studies have demonstrated that individuals with the G allele are more empathetic, feel less lonely, employ more sensitive parenting techniques, and have lower rates of autism
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

Laktose-Toleranz:

You are a carrier of a genoset of SNPs (rs4988235(C;T), rs4988235(T;T), rs182549(C;T),rs182549(T;T)) which has been associated with lactose tolerance.
77% of Europeans with this genoset are able to digest lactose and dairy products. People without this are more likely to experience lactose intolerance.
http://www.snpedia.com/index.php/gs101
 

Überträger-Status für genetische Erkrankungen: diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist:

Hämochromatose (HH, erhöhte Aufnahme von Eisen, eine der häufigsten genetischen Erkrankungen):

  • rs1799945(C;G) -> One copy of H63D, carrier of hemochromatosis,
    rs1799945, also known as H63D or His63Asp, represents a SNP that accounts for a mild form of hereditary hemochromatosis (HH), an iron overload condition in which mutations of certain genes involved in iron metabolism disrupt the body’s ability to regulate uptake of iron, causing increased intestinal iron absorption. The most common form is caused by mutations in the HFE gene, which are inherited recessively. In 1996, HFE, a gene for HH, was found to have two missense mutations. A mutation at amino acid 282 (C282Y) was found to be homozygous in 83 percent of patients with HH. This is a point mutation from guanine to adenine, resulting in a missense mutation from cysteine to tyrosine. Such mutations are commonly found in people with European ancestry. Among individuals of northern European descent, hereditary hemochromatosis is the most common inherited genetic disorder. Importantly, penetrance differs between different populations. Carriers are likely unaffected unless they are also C282Y carriers.

Roughly one in 200 individuals with European ancestry has two copies of C282Y and roughly one in 10 carries one copy of this mutation. Although more than 70% of people with two copies of C282Y will exhibit evidence of iron overload in blood tests, only a small percentage of people with this genotype will actually develop clinical symptoms such as liver disease and arthritis.

A Historical Perspective on Hemochromatosis

The relatively high frequency of the C282Y mutation in people with European ancestry has prompted scientists to speculate that despite the dangers of high iron levels, there was at some point in the evolutionary past an advantage to having this genetic change. Several theories have been proposed. One is that variation in the HFE gene arose as people began farming and increased their consumption of cereal grains, which are lower in iron content than the red meat that predominated in stone age diets. Another theory is that increased iron levels were advantageous because they protected women against iron deficiency by menstruation and childbirth. Another theory takes into account the fact that HH actually leads to a reduction of iron levels in macrophages, which may have given people an advantage in the past by making them resistant to certain infections. None of these theories has been proven.

Angeborene Erkrankungen der Glykosylierung (seltene Stoffwechselerkrankung):

  • rs397515328(A>T) -> is loated on chromosome 11 in the dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase 1 gene DPAGT1:uc001pvi.3:exon1:c.85A>T:p.(Ile29Phe)
  • The gene is involved in N-linked glycosylation in all eukaryotic cells with the synthesis of lipid-linked oligosaccharides in a cyclic pathway, the dolichol cycle. DPAGT1 (EC 2.7.8.15) catalyzes the first step in the dolichol cycle, the synthesis of N-acetylglucosaminyl-pyrophosphoryldolichol (GlcNAc-PP-dolichol) from dolichol phosphate and UDP-GlcNAc, and can be inhibited by the antibiotic tunicamycin.
  • rs397515328(A>T) has been reported to be responsible for a recessive congenital disorder of glycosylation type 1J
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/65470/
    http://www.omim.org/entry/191350?search=DPAGT1

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA4_sequences.bam  Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA4_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA4_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA4_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für genetische Varianten

PGA4_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA5: Männlich, kein Alter angegeben

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten.

Link zum Report

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

XLSX-Datei bitte herunterladen

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

Reduziertes Ansprechen und mögliche Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten:

  • rs4244285(A;A)
    -> Patients prescribed Plavix get less benefit, and have higher risk for adverse cardiovascular events. This has now (2010) been acknowledged by the FDA, who have added a boxed warning to Plavix, alerting patients and health care professionals that the drug can be less effective in people who have CYP2C19 variants and cannot convert the drug as effectively to its active form.
    http://www.snpedia.com/index.php/Rs4244285

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und sind meist mit geringen phänotypischen Abweichungen verbunden)

Erhöhten Risiko für Fettleibigkeit und Diabetes:

  • rs10830963(G;G)
     -> rs10830963 was significantly associated with higher fasting plasma glucose concentrations and reduced OGTT- and IVGTT-induced insulin release       www.snpedia.com/index.php/rs10830963&nbsp;
  • rs1421085(C;C)
    -> rs1421085 (T>C) is a SNP located in the first intron of the FTO (fat mass and obesity associated) gene on chromosome 16. This SNP showed association with obesity in the original work by Dina et al. The risk allele is C.
    http://www.snpedia.com/index.php/rs1421085
  • rs1121980(T;T)
    -> rs1121980 is a SNP in the FTO gene, which showed strong association of several SNPs in the region with early onset obesity in a study of ~1,000 Caucasians. The T-allele was associated with a moderate increase (2.76x) in risk for obesity http://www.snpedia.com/index.php/rs1121980

  • rs9939609(A;A)
    -> rs9939609(T>A) is a SNP in the fat mass and obesity associated FTO gene. The increases in body mass index associated with rs9939609(A) appears to begin at a young age and are maintained throughout adulthood, according to a study of 5,600+ Utah families.
    http://www.snpedia.com/index.php/rs9939609

  • rs1801282(C;G) -> rs1801282(C>G) is a common SNP in the peroxisome proliferator-activated receptor PPARG gene. The more common (C) allele (in dbSNP orientation) encodes the 'Pro' amino acid at this SNP position. rs1801282 has been reported to be associated with metabolic syndrome, but other studies have not been able to replicate any strong or significant effect.
    http://www.snpedia.com/index.php/rs1801282
  • rs13266634(C;T) -> rs13266634(C>T) is a SNP in the zinc transporter protein member 8 SLC30A8 gene that has primarily been associated with type-2 diabetes in several studies. 46% of European non-diabetic offspring of type-2 diabetes patients are rs13266634(C;C) homozygotes; they are diabetes-prone and characterised by a 19% decrease in first-phase insulin release following an intravenous glucose load. http://www.snpedia.com/index.php/rs13266634

Reduziertes Risiko für männliche Glatzenbildung

rs6152(A;A)
rs6152(G>A), located in the first exon of the androgen receptor AR gene on the X chromosome, is highly indicative of the ability to develop male pattern baldness. The risk allele is (G). However, although it appears to be necessary for baldness to develop, other (as yet unknown) variations must also be present for baldness to actually occur. Since this SNP is on the X chromosome, and affects a trait primarily seen only in males, a single allele is shown as representing the individual's genotype. However, baldness may also occur in females, presumably only in females homozygous for rs6152(G;G) and also harboring the (as yet unknown) additional variations required for baldness. 
www.snpedia.com/index.php/Rs6152
www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.255.html

Leicht erhöhtes Verlangen nach Alkohol/Heroin im Falle von Alkoholismus:

rs1799971(A;G) -> The rs1799971(G) allele in exon 1 of the mu opioid receptor OPRM1 gene causes the normal amino acid at residue 40, asparagine (Asn), to be replaced by aspartic acid (Asp). Carriers of at least one rs1799971(G) allele appear to have stronger cravings for alcohol than carriers of two rs1799971(A) alleles, and are thus hypothesized to be more at higher risk for alcoholism.  www.snpedia.com/index.php/Rs1799971&nbsp;

Überträger-Status für genetische Erkrankungen 
(diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Hämochromatose (erhöhte Aufnahme von Eisen, eine der häufigsten genetischen Erkrankungen):

  • rs1799945(C;G)
    -> Hämochromatose (HH, erhöhte Aufnahme von Eisen, eine der häufigsten genetischen Erkrankungen:

  • rs1799945(C;G) -> One copy of H63D, carrier of hemochromatosis, is likely unaffected unless also C282Y carrier

  • rs1799945, also known as H63D or His63Asp, represents a SNP that accounts for a mild form of hereditary hemochromatosis (HH), an iron overload condition in which mutations of certain genes involved in iron metabolism disrupt the body’s ability to regulate uptake of iron, causing increased intestinal iron absorption. The most common form is caused by mutations in the HFE gene, which are inherited recessively. In 1996, HFE, a gene for HH, was found to have two missense mutations. A mutation at amino acid 282 (C282Y) was found to be homozygous in 83 percent of patients with HH. This is a point mutation from guanine to adenine, resulting in a missense mutation from cysteine to tyrosine. Such mutations are commonly found in people with European ancestry. Among individuals of northern European descent, hereditary hemochromatosis is the most common inherited genetic disorder. Importantly, penetrance differs between different populations. Carriers are likely unaffected unless they are also C282Y carriers.
    Roughly one in 200 individuals with European ancestry has two copies of C282Y and roughly one in 10 carries one copy of this mutation. Although more than 70% of people with two copies of C282Y will exhibit evidence of iron overload in blood tests, only a small percentage of people with this genotype will actually develop clinical symptoms such as liver disease and arthritis.

A Historical Perspective on Hemochromatosis

The relatively high frequency of the C282Y mutation in people with European ancestry has prompted scientists to speculate that despite the dangers of high iron levels, there was at some point in the evolutionary past an advantage to having this genetic change. Several theories have been proposed. One is that variation in the HFE gene arose as people began farming and increased their consumption of cereal grains, which are lower in iron content than the red meat that predominated in stone age diets. Another theory is that increased iron levels were advantageous because they protected women against iron deficiency brought on by menstruation and childbirth. Another theory takes into account the fact that HH actually leads to a reduction of iron levels in macrophages, which may have given people an advantage in the past by making them resistant to certain infections. None of these theories has been proven. Carriers of one copy of H63D are likely unaffected unless they are also C282Y carrier.

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Keine

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA5_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA5_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA5_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA5_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA5_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA6: Weiblich, etwa 30 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

  • Nachweis von Genoset Gs191
    GS191 ist assoziiert mit möglichen Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten durch schlechten Metabolismus.
    Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

    Der Genotyp umfasst
    CYP2C8*3 (rs11572080 and rs10509681)
    CYP2C9*2 (rs1799853)
    CYP2C9*3 (rs1057910)

    Als Risikoallele wurden rs1799853(T),  rs1057910(C), (rs11572080(A), und rs10509681(C) identifiziert. Mindestens ein Risikoallel ist bei der Probandin nachweisbar. 
    www.snpedia.com/index.php/Gs191
    https://www.snpedia.com/index.php/Gs191

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten
(diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

  • rs9272346(A;A) Moderat erhöhtes Risiko für Typ-1-Diabetes
    In 2007 rs9272346 has been reported to be associated with type-1 diabetes in a "Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls" The risk allele is (A); the risk associated with the homozygous (AA) genotype was 18.5 fold higher than in controls. The P value was extremely significant at 5.47 × 10-134, considering the threshold for genome-wide significance.

    -> The homozygous (AA) genotype is found in approximately 1/3rd of all people, nevertheless this variation appears to significantly increase risk of Type-1 diabetes. The genotype changes your lifetime risk for Typ-1-Diabetes from very small (0.04%) to still very small 0.75%.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs9272346 

  • rs3732379(C;T)  Eventuell leicht verringertes Risiko für Herzinfarkt
    rs3732379(C>T), rs3732378(G>A) represent variants in the CX3CR1 gene on chromosome 3. Both variants are typically co-inherited as a haplotype. The protein receptor with both variant amino acids is known as CX3CR1-M280.The minor alleles of the SNP pair are associated with:
    - slightly reduced risk of acute coronary events
    - increased risk of age related macular degeneration
    - reduced anti-fungal immune response in Crohn's disease patients, at least for minor allele homozygotes
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs3732378
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/8152/ 

  • rs2981582(C;T)  Leicht erhöhtes Risiko für Brustkrebs
    rs2981582(C>T) located in the FGFR2 gene was one of the four strongest associations found in a genome-wide association study (GWAS) of over 4,000 breast cancer samples. The T allele was more strongly related to ER-positive than ER-negative disease (p for heterogeneity = 10(-13)). While on its own still of fairly small effect, this SNP was the most significant of 7 SNPs to help estimate risk of breast cancer. The results are disputed and could not be confirmed in all studies. While a study of 1,225 Caucasian breast cancer patients found a significant association with rs2981582 but only in women with estrogen receptor positive (ER+), progesterone receptor positive (PR+) and HER2/Neu negative (HER2-) tumors, another study of 1,173 Caucasian ovarian cancer patients did not find strong support for an association. Clearly, family history and/or BRCA1 or BRCA2 testing status are more significant factors. 
    http://www.snpedia.com/index.php/Rs2981582  
  • rs3764261(T;T) Höhere Werte für HDL ("gutes Cholesterin")
    Rs3764261(G>T) is a genetic variation in cholesterol ester transfer protein. The T allele is associated with 3.47mg/dl increase in HDL cholesterol (good cholesterol). In a GWAS, this SNP was significantly associated with plasma concentrations of HDL-C and apolipoprotein A1. Study size: 6382. Study population/ethnicity: Caucasian women.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs3764261 

  • rs2494732(C;C) Erhöhtes Risiko psychologischer Nebenwirkungen bei Konsum von Cannabis
    rs2494732(C>T) is a SNP in the AKT1 gene, encoding one of three serine/threonine-protein kinases regulating numerous processes such as cell survival, growth and angiogenesis. Medical conditions that may be linked to the rarer (minor) rs2494732(C) allele include drug response, schizophrenia, and drug-related psychoses, in particular, cannabis-related psychosis.
    A study of 442 healthy, once-a-month cannabis users between the ages of 16-23 evaluated if AKT1 variants influenced acute psychosis response. They concluded that the rs2494732(C) allele predicted (p = 0.015) acute (i.e. temporary) psychotic response to cannabis. Homozygotes were more likely to have mind-altering symptoms while stoned. This side-effect (psychosis or paranoia) was infrequent in an absolute sense regardless of genotype. A case-control study of 489 first-episode psychosis patients concluded that rs2494732 was not associated with an increased risk of a psychotic disorder. However, with lifetime cannabis use, or with frequent use, there was a significant association between psychosis and cannabis use. rs2494732(C;C) individuals with a history of cannabis use had an increased likelihood of a psychotic disorder (odds ratio 2.18, CI: 1.1 - 4.3) when compared with users who were (T;T) carriers.
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs2494732
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22831980 

  • rs10246939(T;C), rs1726866(T;C), rs713598(G;C)
    Gs227  Wahrnehmung von bitterem Geschmack: The 3 SNPs are located in the gene TAS2R38. You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good. In 2010, a study showed that the change of bitter sensitivity over the lifespan (from bitter sensitive to less so) is more common in people with this genoset.
    http://www.snpedia.com/index.php/Gs227 

Charaktereigenschaften 

  • rs4680(A;A)
    rs4680(G>A) is a well studied SNP in the COMT gene. The COMT gene codes for the COMT enzyme, which breaks down dopamine in the brain's prefrontal cortex. The wild-type allele is a (G), coding for a valine amino acid; the (A) substitution polymorphism changes the amino acid to a methionine. This alters the structure of the resultant enzyme such that its activity is only 25% of the wild type. As a result, A allele carriers have more dopamine in their prefrontal cortex, which may be responsible for many of the neuropsychological associations listed below.

  • rs4680(A) = Worrier. Lower COMT enzymatic activity, therefore higher dopamine levels; lower pain threshold, enhanced vulnerability to stress, yet also more efficient at processing information under most conditions.

  • rs4680(G) = Warrior. higher COMT enzymatic activity, therefore lower dopamine levels; higher pain threshold, better stress resiliency, albeit with a modest reduction in executive cognition performance under most conditions. 
    http://www.snpedia.com/index.php/Rs4680
  • rs53576(G;G) Optimistic and empathetic; handle stress well
    rs53576(A>G). Studies have demonstrated that individuals with the G allele are more empathetic, feel less lonely, employ more sensitive parenting techniques, and have lower rates of autism
    http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

  • rs7221412(G;G) -> Late riser. Wakes up 1 hour later than those with AA genotype. rs7221412(A>G) is a common polymorphism near PER1 and the timing of human behavioral rhythms. Studies showed that the SNP influences wake-up times. GG homozygotes wake up 1 hour later than those with AA genotype. 
    rs7221412 appears to sit in a haplotype block and is flanked by rs9914077 and rs2585408
    https://www.snpedia.com/index.php/Rs7221412 

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist)

Träger von zwei relativ häufigen genetischen Ursachen von Taubheit

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Träger einer schwer interpretierbaren genetischen Variante im Zusammenhang mit Blut-Erkrankungen und Krebs.
Ein substantiell erhöhtes Krebsrisiko durch diese Variante erscheint unwahrscheinlich

  • rs61754966 is a variant in the NBN gene (NBN:uc003yei.1:exon6:c.265A>G:p.(Ile89Val)) which has been found associated with Hereditary cancer-predisposing syndrome (uncertain significance). In a recent publication germline whole exomes from 139 aggressive (metastatic, age of diagnosis < 60) and 141 non-aggressive (low clinical grade, age of diagnosis ≥60) prostate cancer cases have been sequenced. It was found that protein truncating variants (PTVs) in specific DNA repair genes were significantly overrepresented among patients with the aggressive phenotype. BRCA2, ATM and NBN were the most frequently mutated genes (Br J Cancer. 2018 Jun 19. Epub ahead of print). In another publication MRE11A, RAD50, and NBN have been shown to represent intermediate-risk breast cancer susceptibility genes (Breast Cancer Res. 2014 Jun 3;16(3):R58).

    Acute lymphoblastic leukemia (potential risk factor?) An investigation of seven SNPs in NBN and XRCC3 in 460 paediatric ALL cases and 552 healthy controls did not find association of the tagged SNPs with the ALL risk and did not confirm the hypothesis that analysed DNA recombination repair variants account for increased susceptibility to ALL (Cancer Epidemiol. 2014 Oct;38(5):563-8).
    Aplastic anemia (pathogenic?) 
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/6946/ 

  • rs45487699(C;T)  Variante führt möglicherweise zu einer genetisch bedingten Veränderung des Herzmuskels
    rs45487699, also known as c.566C>T and p.Ser189Leu, is a rare mutation in the LDB3 gene on chromosome 10. It is inherited in an autosomal dominant form, and may lead to left ventricular noncompaction, Familial hypertrophic cardiomyopathy, and Dilated cardiomyopathy 1C (conflicting interpretations of pathogenicity).
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/4731/ 
    http://www.omim.org/entry/605906#0005

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA6_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA6_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA6_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA6_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA6_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

 

 

PGA7: Männlich, etwa 50 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report)

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

 

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

Mögliche Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten:

Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs191 

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten
(diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Erhöhtes Risiko für Bluthochdruck: 

• rs5186(C;C) -> The rs5186(C) allele is associated with increased risk for essential hypertension in Caucasian populations. However, rs5186 does not appear to modify risk for developing coronary heart disease (CHD).
http://www.snpedia.com/index.php/rs5186 

• rs891512(A;G) -> GG homozygotes had significantly lower levels of diastolic blood pressure (DBP) (-2.8 mm Hg; P = 0.016) and systolic blood pressure (SBP) (-1.9 mm Hg; P = 0.018) than A-allele carriers.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs891512 

Stark erhöhtes Risiko für Nebenwirkungen bei einem Epilepsie-Medikament (https://en.wikipedia.org/wiki/Carbamazepine):  

rs1061235(A;T) -> The HLA-A*3101 allele, found in about 2 - 5% of Northern Europeans, is significantly associated with carbamazepine hypersensitivity syndrome, with odds ratios above 10. The presence of this HLA allele increases the risk from 5% to 26%
http://www.snpedia.com/index.php/rs1061235 

Erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung:
rs2180439(T;T) -> 2x increased risk of Male Pattern Baldness
http://www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.228.html 

Verringertes Risiko für Herzinfarkt:
Gs296 -> You are in the ~30 % of people (depending on the population studied) who carry two minor alleles at two SNPs, rs1108580 and rs1611115. This genoset is reported as having 0.59x the risk of a heart attack or cardiovascular incident compared to people who carry zero of the minor alleles for these two SNPs, based on a study of 3,000 African-Americans enrolled in the Jackson Heart Study.
http://www.snpedia.com/index.php/Gs296 

Erhöhtes Risiko für Altersblindheit:

• rs1061170(C;T) -> rs1061170 is a SNP in the complement factor H CFH gene. This SNP has been associated primarily with age related macular degeneration, and to a lesser extent, with longevity.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs1061170 

• rs5888(C;T) -> rs5888 is a SNP in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two Caucasian populations totaling 2,498 patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration
http://www.snpedia.com/index.php/Rs5888 

• rs34882957 -> MACULAR DEGENERATION, AGE-RELATED, 15
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/92120/ 

Leicht verringertes Risiko für Herzinfarkt, aber leicht erhöhtes Risiko für Altersblindheit:
rs3732379(C;T) -> Coronary artery disease (resistance), age-related macular degeneration (susceptibility)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/8152/ 

Resistenz gegen Norovirus-Infektionen:
rs601338(A;A) -> Resistance to Norovirus infection This genotype confers genetic immunity to infection by the Norwalk norovirus, a major (and contagious) cause of acute gastroenteritis worldwide.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs601338 

Erhöhtes Risiko für Typ-1 und/oder Typ-2 Diabetes:

• rs7754840(C;C) -> 1.3x increased risk for type-2 diabetes
http://www.snpedia.com/index.php/rs7754840 

• rs9272346(A;A) -> rs9272346 has been reported in a large study to be associated with type-1 diabetes.
http://snpedia.com/index.php/Rs9272346

• rs560887(G;G) -> Avg. fasting Plasma Glucose 5.18 mmol/L (93 mg/dl). Slightly higher blood glucose.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs560887

• rs7903146(C;T) -> Higher risk for Type 2 Diabetes and Gestational Diabetes. Reduced insulin secretion in the pancreas.
http://snpedia.com/index.php/Rs7903146 

 

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist)

Hämochromatose (erhöhte Aufnahme von Eisen, eine der häufigsten genetischen Erkrankungen):

rs1799945(C;G) -> One copy of H63D, carrier of hemochromatosis, likely unaffected unless also C282Y carrier. Roughly one in 200 individuals with European ancestry has two copies of C282Y and roughly one in 10 carries one copy of this mutation. Although more than 70% of people with two copies of C282Y will exhibit evidence of iron overload in blood tests, only a small percentage of people with this genotype will actually develop clinical symptoms such as liver disease and arthritis.

A Historical Perspective on Hemochromatosis

The relatively high frequency of the C282Y mutation in people with European ancestry has prompted scientists to speculate that despite the dangers of high iron levels, there was at some point in the evolutionary past an advantage to having this genetic change. Several theories have been proposed. One is that variation in the HFE gene arose as people began farming and increased their consumption of cereal grains, which are lower in iron content than the red meat that predominated in stone age diets. Another theory is that increased iron levels were advantageous because they protect women against iron deficiency brought on by menstruation and childbirth. Another theory takes into account the fact that HH actually leads to a reduction of iron levels in macrophages, which may have given people an advantage in the past by making them resistant to certain infections. None of these theories has been proven.

Smith-Lemli-Opitz Syndrom (eine seltene Stoffwechselstörung der Cholesterin-Biosynthese):

DHCR7:uc001oqk.3:intron8:c.964-1G>C: Carrier status for Smith-Lemli-Opitz syndrome. Smith–Lemli–Opitz syndrome is an inborn error of cholesterol synthesis. It is an autosomal recessive, multiple malformation syndrome caused by a mutation in the enzyme 7-Dehydrocholesterol reductase, or DHCR7. It causes a broad spectrum of effects, ranging from mild intellectual disability and behavioural problems to lethal malformations.
http://www.omim.org/entry/270400 

Immundefekt als Folge einer Ficolin 3 Defizienz (eine sehr seltene Erkrankung des Immunsystems):

FCN3:uc001boa.3:exon5:c.349del:p.(Leu117Serfs*65) -> Carrier status for a rare immune defect. In a man with immunodeficiency and recurrent infections associated with ficolin-3 deficiency, Munthe-Fog et al. (2009) identified homozygosity for a 1-bp deletion (1637delC; 604973.0001) in exon 5 of the FCN3 gene. The patient was born of Macedonian and Albanian parents, each of whom was unaffected and heterozygous for the variant. The allele frequency of the variant was 0.01 among a total of 1,282 patients with various immunodeficiencies; all were heterozygous for the variant except the index patient.
http://www.omim.org/entry/613860 
http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa0900381 

 

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Eventuell ein genetischer Risikofaktor für eine gefährliche Herzkrankheit (eher unwahrscheinlich):
KCNE1:uc002ytz.4:exon3:c.253G>A:p.(Asp85Asn) / rs1805128 -> potential risk factor for Long QT syndrome 
Conflicting interpretations of pathogenicity, risk factor
Benign(3);Likely benign(1);Likely pathogenic(1);Pathogenic(1);Uncertain significance(1)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/13479/

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA7_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA7_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA7_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA7_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA7_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

 

 

PGA8: Männlich, etwa 30 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Besonderheiten und Kommentare

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

 

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

<keine>

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten
(diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Moderat erhöhtes Risiko für Herzkrankheiten und Arteriosklerose:

·         rs1333049(C;C) -> 1.9x increased risk for CAD. rs1333049 has been reported in a large study to be associated with heart disease, in particular, coronary artery disease. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is most likely (C); the odds ratio associated with heterozygotes is 1.47 (CI 1.27-1.70), and for homozygotes, 1.9 (CI 1.61-2.24). This SNP has also been reported to have the highest association of any SNP studied in a subsequent experiment conducted with the resources of the German MI [Myocardial Infarction] Family Study. The initial studies were conducted on Caucasian populations. A subsequent study of Japanese and Korean patients has also found rs1333049 to be associated with increased coronary artery disease risk, with roughly similar odds ratios.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs1333049

·         rs10757278(G;G) -> 1.6x risk for Heart Attack; 1.3x risk for Abdominal Aortic Aneurysm and Brain Aneurysm. Two copies of an SNP that increases risk of Myocardial Infarction (Heart Attack) and other Coronary Heart Disease. It has been shown that regularly eating raw vegetables and fruit can reduce the risk to the same level as people without any copies of this SNP. This SNP also increases risk of abdominal aortic aneurysm (weakened artery to the abdomen and legs), and brain aneurysm (weakened artery to the brain).
http://www.snpedia.com/index.php/rs10757278

Leicht erhöhtes Risiko für Schilddrüsenkrebs:
rs944289(T;T) -> Each A at rs965513 increased the odds of thyroid cancer by 1.75 times. Each T at rs944289 increased the odds of thyroid cancer by 1.37 times. http://www.snpedia.com/index.php/Rs944289

Langsamerer Effekt von Alkohol und leicht erhöhtes Risiko für Alkoholismus:
rs279858(G;G) -> Carriers of at least one rs279858(G) allele respond slower to the effects of alcohol and are thereby apparently more prone to alcoholism than carriers of two rs279858(A) alleles.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs279858

Erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung:
http://www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.255.html
http://www.snpedia.com/index.php/Gs122

Leicht erhöhtes Risiko für Altersblindheit (altersbedingte Makuladegeneration):rs10490924(G;T) ->
http://www.snpedia.com/index.php/Rs10490924 

rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well
http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

Überträger-Status für genetische Erkrankungen
(diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

rs45562031 -> SLC4A1:uc002igf.4:exon4:c.118G>A:p.(Glu40Lys)
.0004 SPHEROCYTOSIS, TYPE 4, DUE TO BAND 3 MONTEFIORE
SLC4A1, GLU40LYS [dbSNP:rs45562031] [ClinVar]

In a 33-year-old female with episodes of clinically apparent hemolytic anemia coincident with pregnancies and associated with splenomegaly and spherocytosis (SPH4; 612653), Rybicki et al. (1993) found a glu40-to-lys mutation in the cytoplasmic domain of the EPB3 gene. The mutation was homozygous; the proposita was the offspring of first-cousin parents born in the Dominican Republic, largely of Spanish origin with some black admixture. A striking feature was decreased RBC membrane content of protein 4.2 (177070) which was thought to be a secondary phenomenon resulting from defective interactions with band 3.  Click this to see references in PubMed related to the ones listed in the paragraph above.
https://en.wikipedia.org/wiki/Hereditary_spherocytosis

rs77775126 -> RP1:uc003xsd.1:exon4:c.1118C>T:p.(Thr373Ile)
.0006 RETINITIS PIGMENTOSA 1
RP1, THR373ILE [dbSNP:rs77775126] [ClinVar]

In affected members of 2 consanguineous Pakistani families with retinitis pigmentosa (180100), Khaliq et al. (2005) identified homozygosity for a 1118C-T transition in exon 4 of the RP1 gene, resulting in a thr373-to-ile (T373I) substitution predicted to abolish the glycogen synthase (see 606784) phosphorylation recognition site and to cause a conformational change in the protein. The parents and sibs of the patients who were heterozygous for the mutation had normal vision with no signs of RP on examination.  Click this to see references in PubMed related to the ones listed in the paragraph above.
http://www.omim.org/entry/180100 

MC2R:uc002ksp.1:exon2:c.808G>A:p.(Val270Ile)
Glucocorticoid deficiency, due to ACTH unresponsiveness
Familial glucocorticoid deficiency is a condition that occurs when the adrenal glands, which are hormone-producing glands located on top of each kidney, do not produce certain hormones called glucocorticoids. These hormones, which include cortisol and corticosterone, aid in immune system function, play a role in maintaining normal blood sugar levels, help trigger nerve cell signaling in the brain, and serve many other purposes in the body.
http://ghr.nlm.nih.gov/condition/familial-glucocorticoid-deficiency

 

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Genetische Variante führt möglicherweise zu einem erhöhten Risiko für seltene Krebserkrankungen
rs11214077 -> SDHD:uc001pmz.4:exon2:c.149A>G:p.(His50Arg)
Carcinoid tumors, intestinal (AD)
Cowden syndrome 3
Merkel cell carcinoma, somatic
Paraganglioma and gastric stromal sarcoma
Paragangliomas 1, with or without deafness (AD)
Pheochromocytoma (AD)
Conflicting interpretations of pathogenicity, not provided
Benign(1);Pathogenic(4);Uncertain significance(1)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/6909/

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA8_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA8_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA8_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA8_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA8_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA9: Weiblich, kein Alter angegeben

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

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Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

 

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

<keine>

 

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden)

Leicht erhöhtes Risiko für chronisch-entzündliche Darmerkrankungen:
rs2066847(-;C) -> 3x higher risk of Crohn's disease / Inflammatory bowel disease.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs2066847

Erhöhtes Risiko für zwei Arten von  Augenerkrankungen:

·         rs613872(G;T) -> ~5 fold higher risk for Fuchs' dystrophy, a corneal disorder. Fuchs's corneal dystrophy (FCD) is a leading cause of corneal transplantation and affects 5% of persons in the United States who are over the age of 40 years.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs613872

·         rs1061170(C;T) -> This SNP has been associated primarily with age related macular degeneration, and to a lesser extent, with longevity.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs1061170


Im Durchschnitt erhöhte Schlafdauer:
rs11046205(A;A) -> Rare genotype associated with longer sleep duration. A K(ATP) channel gene effect on sleep duration: from genome-wide association studies to function in Drosophila. rs11046205 explains ~5% of the variation in sleep duration.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs11046205
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22105623?dopt=Abstract

Langsamer Koffein-Stoffwechsel führt zu einer leicht erhöhten Stimulation durch Kaffee:
gs157 -> More stimulated by coffee. Common genotype in the gene CYP1A2 which metabolizes coffee more slowly than some other forms. The same amount of caffeine will tend to have more stimulating effect on slow metabolizers than on fast metabolizers.
http://www.snpedia.com/index.php/Gs157

Leicht erhöhtes Risiko für Schilddrüsenkrebs:
rs944289(T;T) -> slightly increased risk for thyroid cancer. Each T at rs944289 increased the odds of thyroid cancer by 1.37 times.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs944289
http://blog.23andme.com/23andme-research/snpwatch/snpwatch-two-gene-variations-linked-to-thyroid-cancer/

Leicht erhöhtes Risiko für Gicht und für Nebenwirkungen eines Krebsmedikaments:
rs2231142(A;C) -> increased serum uric acid levels; increased gout risk; gefinitib/Iressa takers more susceptible to diarrhea. rs2231142 is a SNP in the ABCG2 gene, indicating a missense variant.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs2231142

Leicht erhöhtes Risiko für rheumatoide Arthritis:
rs6457617(T;T) -> increased risk of rheumatoid arthritis. This SNP is reported to be the most statistically significant of many SNPs similarly located in the MHC region. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is (T); the odds ratio associated with heterozygotes is 2.36 (CI 1.97-2.84)
http://www.snpedia.com/index.php/Rs6457617

Genetische Varianten, die oft bei Leistungssportler (insbesondere Sprintern) angetroffen werden:

·         rs1815739(C;C) -> This genotype indicates better performing muscles, particularly for sprinting and power sports. Fast-twitch muscle fibers are able to produce alpha-actinin-3. Professional sprinters usually have this, although it is less common for endurance athletes.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs1815739

·         rs2070744(T;T) -> Cardiovascular differences. This is found in high frequency male athletes from power sports such as jumpers, throwers, and sprinters. There may be negative health consequences with increased risk of cardiovascular disorders.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs2070744(T;T)

 

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist)

Überträger-Status für eine seltene und schwere Stoffwechselerkrankung:
CLPB:uc001osi.3:exon3:c.46A>G:p.(Arg16Gly) -> carrier status for 3-methylglutaconic aciduria with cataracts, neurologic involvement, and neutropenia
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/187785/
http://www.omim.org/entry/616254

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation
(diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

Genetische Variante, die möglicherweise zu einem erhöhten Risiko für Herzmuskel-Erkrankungen führt (Kardiomyopathie):
MYBPC3:uc021qir.1:exon23:c.1468G>C:p.(Ala490Pro). Potential genetic cause of cardiomyopathy, but inconclusive evidence.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/179456/ 
http://www.omim.org/entry/600958

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA9_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA9_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA9_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA9_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA9_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA10: Männlich, 28 Jahre

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

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Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

<keine>

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Moderat erhöhtes Risiko für Herzkrankheiten und Arteriosklerose:

·         rs1333049(C;C) -> 1.9x increased risk for CAD. rs1333049 has been reported in a large study to be associated with heart disease, in particular, coronary artery disease. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is most likely (C); the odds ratio associated with heterozygotes is 1.47 (CI 1.27-1.70), and for homozygotes, 1.9 (CI 1.61-2.24). This SNP has also been reported to have the highest association of any SNP studied in a subsequent experiment conducted with the resources of the German MI [Myocardial Infarction] Family Study. The initial studies were conducted on Caucasian populations. A subsequent study of Japanese and Korean patients has also found rs1333049 to be associated with increased coronary artery disease risk, with roughly similar odds ratios.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs1333049

·         rs10757278(G;G) -> 1.6x risk for Heart Attack; 1.3x risk for Abdominal Aortic Aneurysm and Brain Aneurysm. Two copies of an SNP that increases risk of Myocardial Infarction (Heart Attack) and other Coronary Heart Disease. It has been shown that regularly eating raw vegetables and fruit can reduce the risk to the same level as people without any copies of this SNP. This SNP also increases risk of abdominal aortic aneurysm (weakened artery to the abdomen and legs), and brain aneurysm (weakened artery to the brain).
http://www.snpedia.com/index.php/rs10757278

Leicht erhöhtes Risiko für Schilddrüsenkrebs:

·         rs944289(T;T) -> Each A at rs965513 increased the odds of thyroid cancer by 1.75 times. Each T at rs944289 increased the odds of thyroid cancer by 1.37 times. http://www.snpedia.com/index.php/Rs944289

Langsamerer Effekt von Alkohol und leicht erhöhtes Risiko für Alkoholismus:

·         rs279858(G;G) -> Carriers of at least one rs279858(G) allele respond slower to the effects of alcohol and are thereby apparently more prone to alcoholism than carriers of two rs279858(A) alleles.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs279858

Erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung:

http://www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.255.html
http://www.snpedia.com/index.php/Gs122

Leicht erhöhtes Risiko für Altersblindheit (altersbedingte Makuladegeneration):

·         rs10490924(G;T) -> http://www.snpedia.com/index.php/Rs10490924 
·         rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

·         rs45562031 -> SLC4A1:uc002igf.4:exon4:c.118G>A:p.(Glu40Lys) .0004 SPHEROCYTOSIS, TYPE 4, DUE TO BAND 3 MONTEFIORE SLC4A1, GLU40LYS [dbSNP:rs45562031] [ClinVar]

In a 33-year-old female with episodes of clinically apparent hemolytic anemia coincident with pregnancies and associated with splenomegaly and spherocytosis (SPH4; 612653), Rybicki et al. (1993) found a glu40-to-lys mutation in the cytoplasmic domain of the EPB3 gene. The mutation was homozygous; the proposita was the offspring of first-cousin parents born in the Dominican Republic, largely of Spanish origin with some black admixture. A striking feature was decreased RBC membrane content of protein 4.2 (177070) which was thought to be a secondary phenomenon resulting from defective interactions with band 3.  Click this to see references in PubMed related to the ones listed in the paragraph above.

https://en.wikipedia.org/wiki/Hereditary_spherocytosis

·         rs77775126 -> RP1:uc003xsd.1:exon4:c.1118C>T:p.(Thr373Ile)
.0006 RETINITIS PIGMENTOSA 1 RP1, THR373ILE [dbSNP:rs77775126] [ClinVar]

In affected members of 2 consanguineous Pakistani families with retinitis pigmentosa (180100), Khaliq et al. (2005) identified homozygosity for a 1118C-T transition in exon 4 of the RP1 gene, resulting in a thr373-to-ile (T373I) substitution predicted to abolish the glycogen synthase (see 606784) phosphorylation recognition site and to cause a conformational change in the protein. The parents and sibs of the patients who were heterozygous for the mutation had normal vision with no signs of RP on examination.  Click this to see references in PubMed related to the ones listed in the paragraph above.

http://www.omim.org/entry/180100 

MC2R:uc002ksp.1:exon2:c.808G>A:p.(Val270Ile)

Glucocorticoid deficiency, due to ACTH unresponsiveness

Familial glucocorticoid deficiency is a condition that occurs when the adrenal glands, which are hormone-producing glands located on top of each kidney, do not produce certain hormones called glucocorticoids. These hormones, which include cortisol and corticosterone, aid in immune system function, play a role in maintaining normal blood sugar levels, help trigger nerve cell signaling in the brain, and serve many other purposes in the body.

http://ghr.nlm.nih.gov/condition/familial-glucocorticoid-deficiency

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

Genetische Variante führt möglicherweise zu einem erhöhten Risiko für seltene Krebserkrankungen

·         rs11214077 -> SDHD:uc001pmz.4:exon2:c.149A>G:p.(His50Arg)

Carcinoid tumors, intestinal (AD)
Cowden syndrome 3
Merkel cell carcinoma, somatic
Paraganglioma and gastric stromal sarcoma
Paragangliomas 1, with or without deafness (AD)
Pheochromocytoma (AD)
Conflicting interpretations of pathogenicity, not provided
Benign(1);Pathogenic(4);Uncertain significance(1)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/6909/

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA10_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA10_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA10_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA10_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA10_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA11: Weiblich

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Mögliche Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten:

Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs191

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Erhöhtes Risiko für Altersblindheit:

Aber auch eine genetische Variante, die mit einem geringeren Risiko assoziiert ist:

rs2511989(A;G) -> http://www.snpedia.com/index.php/rs2511989  

Leicht erhöhtes Risiko für rheumatoide Arthritis:

rs6457617(T;T) -> increased risk of rheumatoid arthritis. This SNP is reported to be the most statistically significant of many SNPs similarly located in the MHC region. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is (T); the odds ratio associated with heterozygotes is 2.36 (CI 1.97-2.84)

http://www.snpedia.com/index.php/Rs6457617 

Leicht erhöhtes Risiko für Typ-1 und/oder Typ-2 Diabetes:

  • rs9272346(A;A) -> rs9272346 has been reported in a large study to be associated with type-1 diabetes.

http://snpedia.com/index.php/Rs9272346

  • rs7903146(C;T) -> Higher risk for Type 2 Diabetes and Gestational Diabetes. Reduced insulin secretion in the pancreas.

http://snpedia.com/index.php/Rs7903146

  • rs358806(C;C) -> rs358806 has been reported in a large study to be associated with type-2 diabetes.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs358806

  • rs12255372(G;T) -> Numerous papers report an increase in risk for type-2 diabetes, on the order of 1.5 - 2x for the risk genotypes compared to the non-risk genotype

http://www.snpedia.com/index.php/Rs12255372    

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/7414/ 

  • rs1799884(A;G) -> 1.3x increased risk for Type 2 Diabetes. Mothers have babies 27g heavier.

http://www.snpedia.com/index.php/rs1799884 

Genetisch bedingt höheres Körpergewicht, wahrscheinlich aufgrund genetischer Einflüsse auf das Essverhalten:

rs17782313(C;C) -> Adults likely to be 0.44 BMI units higher. A study of 60,000 adults indicates that rs17782313(C) alleles are associated with higher body mass index (BMI), with even greater effect in children.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs17782313 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18454148
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23147118

Leicht erhöhtes Risiko für Bluthochdruck:

rs5186(A;C) -> The rs5186(C) allele is associated with increased risk for essential hypertension.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs5186
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/18065/

Verringertes Risiko für Herzinfarkt:

Gs296 -> You are in the ~30 % of people (depending on the population studied) who carry two minor alleles at two SNPs, rs1108580 and rs1611115. This genoset is reported as having 0.59x the risk of a heart attack or cardiovascular incident compared to people who carry zero of the minor alleles for these two SNPs, based on a study of 3,000 African-Americans enrolled in the Jackson Heart Study.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs296

Resistenz gegen Norovirus-Infektionen:

rs601338(A;A) -> Resistance to Norovirus infection This genotype confers genetic immunity to infection by the Norwalk norovirus, a major (and contagious) cause of acute gastroenteritis worldwide.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs601338 

Genetische Varianten, die oft bei Leistungssportler (insbesondere Sprintern) angetroffen werden:

rs2070744(T;T) -> Cardiovascular differences. This is found in high frequency male athletes from power sports such as jumpers, throwers, and sprinters. There may be negative health consequences with increased risk of cardiovascular disorders.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs2070744(T;T) 

Charaktereigenschaften:

  • rs4680(A;A) -> Worrier rather than warrior. More exploratory, lower COMT enzymatic activity, therefore higher dopamine levels; lower pain threshold, enhanced vulnerability to stress, yet also more efficient at processing information under most conditions

http://www.snpedia.com/index.php/Rs4680

  • rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well

http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

  • rs1800955(C;C) -> Positively associated with novelty seeking

http://www.snpedia.com/index.php/Rs1800955
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17574217

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

<keine> 

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA11_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA11_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA11_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA11_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA11_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA12: Weiblich, etwa 70 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

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Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Moderat erhöhtes Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen, insbesondere Herzinfarkt (20% der EuropäerInnen tragen diese Variante und haben ein vergleichbar erhöhtes Risiko):

·   rs1333049(C;C) -> Recent genetic studies identified the rs1333049 variant on chromosome 9p21 as a major susceptibility locus for coronary artery disease and myocardial infarction (MI)

https://www.snpedia.com/index.php/rs1333049  
https://www.nature.com/nature/journal/v447/n7145/full/nature05911.html
http://journals.lww.com/jcardiovascularmedicine/Abstract/2016/08000/9p21_3_risk_locus_is_associated_with_first_ever.7.aspx

Reduzierte Verstoffwechslung von bestimmten Medikamenten (Mephenytoin, Plavix, etc., daher weniger Wirkung und mehr Nebenwirkungen):

·   rs4244285(A;G) -> rs4244285 is a SNP in the CYP2C19 gene, potentially encoding the CYP2C19*2 variant. This variant is the most common reason for poor metabolism of compounds like mephenytoin (an anti-convulsant), some antidepressants, the anti-platelet drug Plavix, and some drugs used for ulcer conditions of various types.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs4244285
https://www.pharmgkb.org/rsid/rs4244285

Moderat erhöhtes Risiko für Hirntumore eines bestimmten Subtypes (IDH-mutierte Gliome) mit einer – im Vergleich zum Glioblastom – eher günstigen Prognose:

·   rs55705857(A;G) -> A study over 1,600 glioblastoma patients concluded that carriers of a rs55705857(G) allele are at higher risk for developing a glioma disease subtype categorized by harboring IDH1 or IDH2 (somatic) mutations.

https://www.nature.com/articles/ng.2388  
https://www.snpedia.com/index.php/rs55705857  

Resistenz gegen Norovirus-Infektionen:

·   rs601338(A;A) -> Resistance to Norovirus infection This genotype confers genetic immunity to infection by the Norwalk norovirus, a major (and contagious) cause of acute gastroenteritis worldwide.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs601338

Genetisch bedingt erhöhtes Gehirn (Hippocampus) Volumen:

·   rs7294919(C;T) -> Aging is associated with reductions in hippocampal volume that are accelerated by Alzheimer's disease and vascular risk factors. The rs7294919 was associated with hippocampal volume with a combined P value of 1.99 x 10-7. The authors also examined the association of the SNP with IQ. While no association was found with full-scale IQ, a small association was found between having the C (minor) allele and an increase in verbal IQ.

https://www.snpedia.com/index.php/rs7294919
https://www.nature.com/articles/ng.2237
https://www.nature.com/articles/ng.2250

Hohe Wahrscheinlichkeit von blauen Augen (diese genetische Variante erklärt etwa die Hälfte der Unterschiede zwischen blauen und braunen Augen bei Europäern):

·   rs12913832(G;G)

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0002929707000407  
http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1000993

Möglicherweise erhöhtes Risiko für Alkohol/Heroin-Abhängigkeit:

·   rs1799971(A;G) -> http://www.snpedia.com/index.php/Rs1799971

Sonstiges:

·   rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well

http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

·   rs1815739(C;C) -> This genotype indicates better performing muscles, particularly for sprinting and power sports.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs1815739

·   gs159 -> More stimulated by coffee

https://www.snpedia.com/index.php/gs159

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person normalerweise selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Wahrscheinlicher Überträger-Status für das Struwwelpeter-Syndrom:

·   rs144080386(C;T) -> Uncombable hair syndrome is a rare anomaly of the hair shaft that occurs in children and improves with age. All of these individuals carry homozygous or compound heterozygous mutations in one of these three genes, indicating an autosomal-recessive inheritance pattern in the majority of UHS case subjects.

http://www.omim.org/entry/606755?search=rs144080386&highlight=rs144080386  
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/374867/
https://de.wikipedia.org/wiki/Syndrom_der_unk%C3%A4mmbaren_Haare  

Wahrscheinlicher Überträger-Status für einen schweren Immundefekt:

·   rs273585651(GGT/G) -> Chronic granulomatous disease due to deficiency of NCF-1 is a rare type of immunodeficiency. The core defect is a failure of phagocytic cells to kill organisms that they have engulfed because of defects in a system of enzymes that produce free radicals and other toxic small molecules.

http://www.omim.org/entry/608512?search=rs273585651&highlight=rs273585651
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/2249/ 

 

 

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA12_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA12_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA12_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA12_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA12_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA13: Weiblich, etwa 45 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Schlechtere Verstoffwechselung von bzw. reduzierteres Ansprechen auf bestimmte Medikamente, wie z.B. Clopidogrel/Plavix (ein Thrombozytenaggregationshemmer), was zu einem erhöhten Risiko bei der Behandlung von kardiovaskulären Erkrankungen führen kann

·   rs4244285(G;A) -> this SNP is in the CYP2C19 gene, potentially encoding the CYP2C19*2 variant. This variant is the most common reason for poor metabolism of compounds like mephenytoin (an anti-convulsant), some antidepressants, the anti-platelet drug Plavix, and some drugs used for ulcer conditions of various types.

www.snpedia.com/index.php/Rs4244285
https://www.pharmgkb.org/rsid/rs4244285
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/16897/

·   rs12777823(A;G) -> Avoid Plavix, higher risk for adverse cardiovascular events.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs12777823

·   gs151 -> CYP2C19 Intermediate Metabolizer. Your body breaks down some medicines at a slightly slower than normal rate: *anti-epileptics (such as diazepam, phenytoin, and phenobarbitone) *anti-depressants (such as amitriptyline and clomipramine) *anti-platelet drug clopidogrel (Plavix) *anti-ulcer proton pump inhibitors like omeprazole (trade names Losec and Prilosec), esomeprazole (trade name Nexium), and lansoprazole (Prevacid) *hormones (estrogen, progesterone).

http://www.snpedia.com/index.php/Gs151

Erhöhte Wirkung von Coumadin/Warfarin-Medikamenten zur Blutverdünnung (daher niedriger zu dosieren)

·   rs9934438(A;A) -> Coumadin (warfarin) resistance. Patients with the AA genotype who are treated with warfarin may require a lower dose as compared to patients with the AG or GG genotype. Other genetic and clinical factors may also influence a patient's required dose of warfarin.
www.snpedia.com/index.php/Rs9934438
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/37344/
https://www.pharmgkb.org/rsid/rs9934438

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Leicht erhöhtes Risiko für Herzerkrankungen

·   rs1333049(C;G) -> 1.5x increased risk for CAD. rs1333049 has been reported in a large study to be associated with heart disease, in particular, coronary artery disease. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is most likely (C); the odds ratio associated with heterozygotes is 1.47 (CI 1.27-1.70), and for homozygotes, 1.9 (CI 1.61-2.24). This SNP has also been reported to have the highest association of any SNP studied in a subsequent experiment conducted with the resources of the German MI [Myocardial Infarction] Family Study. The initial studies were conducted on Caucasian populations. A subsequent study of Japanese and Korean patients has also found rs1333049 to be associated with increased coronary artery disease risk, with roughly similar odds ratios.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs1333049
https://www.nature.com/articles/nature05911

Geringeres Risiko für verschiedene psychiatrische Erkrankungen

·   rs6323(T;T) -> The G allele encodes for the higher activity form of the MAOA enzyme (monoamine oxidase A), which is involved in the degradation of certain neurotransmitter amines: serotonin and norepinephrine. The T allele is the low activity haplotype and was associated with low frequency in borderline personality disorder people. Further, people of the T allele low activity haplotype respond better to placebos in major depressive disorders.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs6323
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/92664/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20691428?dopt=Abstract
https://insights.ovid.com/pubmed?pmid=19593178

Erhöhtes Risiko für Übergewicht und/oder Diabetes:

·   rs1801282(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs1801282
·   rs9272346(A;A) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs9272346
·   rs10830963(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs10830963
·   rs13266634(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs13266634
·   rs1421085(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs1421085
·   rs1121980(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs1121980
·   rs9939609(A;T) ->  https://www.snpedia.com/index.php/Rs9939609

Reduziertes Risiko für Brustkrebs

·   rs3750817(T;T) -> is a SNP in the fibroblast growth factor receptor 2 FGFR2 gene.

A study of 2,166 invasive breast cancer cases concluded that carriers of a rs3750817(T) allele had lower risk for cancer

https://www.snpedia.com/index.php/Rs3750817
http://cebp.aacrjournals.org/content/18/11/3079.long

Möglicherweise erhöhtes Risiko für eine chronisch-entzündliche Darmkrankheit (Morbus Crohn)

·   rs2066845(C;G) -> 3x higher risk for Crohn's disease. The minor allele (C) is strongly linked to the Crohn’s disease.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs2066845
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/4692/
https://www.nature.com/articles/35079114

Erhöhtes Risiko für Altersblindheit

·   rs5888(C;T) -> this SNP is in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two Caucasian populations totaling 2,498 patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration

https://www.snpedia.com/index.php/Rs5888

·   rs1061170(C;T) -> is a SNP in the complement factor H CFH gene. The (C;T) genotype leads to a 2.5x risk for AMD (age-related macular degeneration). More than 50% of Europeans have the (C;T) genotype.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs1061170

Erhöhtes Risiko für Nikotin-Abhängigkeit und für Lungenkrebs als Folge des Rauchens

·   rs16969968(A;A) -> Associated with smoking phenotype (p=0.007) based on association study of 2,000+ individuals, and functional studies demonstrated that the risk allele decreased response to a nicotine agonist, therefore the rs16969968(A) allele is likely to be involved in nicotine dependence.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs16969968
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/17497/

·   rs17487223(T;T) -> increases susceptibility to lung cancer 1.28 times for carriers of the T allele and Risk Factors for Age-Dependent Nicotine Addiction
https://www.snpedia.com/index.php/Rs17487223

·   rs4986782(A;G) -> slow acetylator = higher risk of smoking-induced lung cancer associated with higher frequency of smoking-induced lung cancer and is the most common "slow acetylator" arylamine N-acetyltransferase 1 genetic variant
https://www.snpedia.com/index.php/rs4986782

·   rs1051730(T;T) -> increased number of cigarettes if smokers, included risk of lung cancer; reduced response to alcohol, therefore possibly increased risk of alcohol abuse.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs1051730
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/17503/
https://www.nature.com/articles/ng.109

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person normalerweise selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

<keine>

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

<keine>

 

 

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA13_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA13_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA13_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA13_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA13_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA14: Männlich, etwa 30 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

(XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Schlechtere Verstoffwechselung bzw. ein reduzierteres Ansprechen auf bestimmten Medikamente, wie z.B. Nichtsteroidalen Antirheumatika (NSAID, z.B. Aspirin, Ibuprofen und Naproxen), Thrombozytenaggregationshemmer (z.B. Plavix), Antikoagulanzien (z.B. Warfarin), Antidepressiva, und andere.

·   rs28399504(A;G)-> poor metabolism of mephenytoin (anticonvulsant or antiepileptic drug) and clopidogrel (Plavix, antiplatelet drug)  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/16900/ https://www.pharmgkb.org/variant/PA166154177/clinicalAnnotation

·   Gs151 -> CYP2C19 Intermediate Metabolizer. Your body breaks down some medicines at a slightly slower than normal rate: *anti-epileptics (such as diazepam, phenytoin, and phenobarbitone) *anti-depressants (such as amitriptyline and clomipramine) *anti- platelet drug clopidogrel (Plavix) *anti-ulcer proton pump inhibitors like omeprazole (trade names Losec and Prilosec), esomeprazole (trade name Nexium), and lansoprazole (Prevacid) *hormones (estrogen, progesterone).  http://www.snpedia.com/index.php/Gs151

·   Gs191 -> Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

www.snpedia.com/index.php/Gs191

·   Gs161 -> CYP2C9 intermediate metabolizer. 30% der Bevölkerung haben einen „Gs161 Genotyp“ (eine Kombination von bestimmten Varianten), die zu einem veränderten Stoffwechsel von den oben genannten Medikamenten führt. Diese Personen benötigen eine andere Dosis dieser Medikamente um die gewünschte Wirkung zu erzielen. https://www.snpedia.com/index.php/Gs161

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden): 

Erhöhtes Risiko für Typ-1-Diabetes

·   rs9272346(A;A) -> this SNP is associated with a 18.5x risk for type-1 diabetes. In a genome-wide association study of 14,000 cases of 7 common diseases and 3000 shared controls, the rs9272346 SNP has been reported to be associated with type-1 diabetes. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is (A); the odds ratio associated with heterozygotes is 5.49 (CI 4.83-6.24), and for homozygotes (AA), the risk is 18.52 (CI 12.69-27.03). The P value is extremely significant at 5.47 × 10-134, considering the threshold for genome-wide significance. It has been noted that the (A) allele is common in various human populations, and one could consider the (G) allele as a protective allele.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs9272346
https://www.nature.com/articles/nature05911.pdf

Geringeres Risiko für eine chronische Entzündung des Darms (Colitis ulcerosa) und möglicherweise erhöhtes Risiko für Typ-1-Diabetes durch dieselbe genetische Variante:

·   rs2395185(T;T) -> this SNP was associated with a 0.58x lower risk of Ulcerative Colitis in European.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs2395185 https://www.nature.com/articles/ng.275

·   rs2395185(T;T) -> this SNP was associated with a 9.5x increased risk of developing type-1 diabetes in a Japanese population. There is so far no evidence for this correlation in European populations.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs2395185 http://care.diabetesjournals.org/content/33/1/162.long

Verändertes Risiko für Fettleibigkeit und/oder Diabetes (Typ 2): Leicht erhöhtes Risiko für Fettleibigkeit und/oder Diabetes (Typ 2):

·   rs1801282(C;G)  ->  https://www.snpedia.com/index.php/Rs1801282
·   rs10830963(C;G)  ->  https://www.snpedia.com/index.php/Rs10830963

Leicht verringertes Risiko für Fettleibigkeit und/oder Diabetes (Typ 2):

·   rs3816873(C;C) -> This SNP may be protective against impaired glucose tolerance, type-2  diabetes.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs3816873 https://www.nature.com/articles/jhg200686.pdf

Verändertes Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen

·   rs2200733(C;T) -> 1.4x increased risk of Atrial Fibrillation and ischemic stroke. The odds ratio associated with one or more copies of either risk allele (T) was ~1.4x. This affects the formation of the heart and gives a higher risk of Atrial Fibrillation (quivering of the top part of the heart), and Cardioembolic and Ischemic strokes (blocked blood flow to the brain). Based on several quality studies, and confirmed for Europeans and Asians.  www.snpedia.com/index.php/Rs2200733 https://www.nature.com/articles/nature06007

·   rs16847548(C;C) -> 2.6x increased risk for sudden cardiac death in Caucasians. This SNP strongly associates with QT interval. The relative hazard of sudden cardiac death (SCD) associated with each rs16847548(C) allele is 1.31 (CI: 1.10 - 1.56, p=0.002).  https://www.snpedia.com/index.php/Rs16847548 http://journals.plos.org/plosone/article/file? id=10.1371/journal.pone.0004333&type=printable http://circ.ahajournals.org/content/119/7/940.long

Leicht erhöhtes Risiko für Schilddrüsenkrebs rs944289(T;T) -> 1.69x increased thyroid cancer risk  https://www.snpedia.com/index.php/Rs944289 https://www.nature.com/articles/ng.339

Erhöhtes Risiko für Rheuma (rheumatoide Arthritis), die häufigste entzündliche Erkrankung der Gelenke

·   rs660895(G;G) -> is a tag SNP for the HLA-DRB1*0401 allele, which has been associated with higher risk for rheumatoid arthritis. The association is seen particularly for individuals carrying two copies of, i.e. homozygous for, the allele. The reported odds ratio for rs660895(G;G) homozygotes is 6.2 (CI: 1.01 - 37.9), meaning a 6x higher risk of rheumatoid arthritis.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs660895 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/art.20588/pdf

·   rs7574865(G;T) -> 1.3x risk of rheumatoid arthritis  https://www.snpedia.com/index.php/rs7574865

·   rs6457617(T;T) -> 5.2x risk of rheumatoid arthritis. This SNP has been reported in a large study to be associated with rheumatoid arthritis. This SNP is reported to be the most statistically significant of many SNPs similarly located in the MHC region. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is (T); the odds ratio associated with heterozygotes is 2.36 (CI 1.97-2.84), and for homozygotes, 5.21 (CI 4.31-6.30). https://www.snpedia.com/index.php/Rs6457617 https://www.nature.com/articles/nature05911.pdf

Verändertes Risiko für Altersblindheit:

·   rs2511989(A;G) -> 0.63x decreased age-related macular degeneration risk.  https://www.snpedia.com/index.php/Rs2511989

·   rs3775291(A;G) -> 0.71x decreased age-related macular degeneration risk.  https://www.snpedia.com/index.php/Rs3775291

·   rs5888(C;T) -> 3x higher risk for age-related macular degeneration  https://www.snpedia.com/index.php/Rs5888 http://journals.plos.org/plosone/article/file? id=10.1371/journal.pone.0007341&type=printable

·   rs1061170(C;T) -> 2.5x higher risk for age-related macular degeneration. This SNP is a mutation in the factor H CFH gene and is also known as Tyr402His.  https://www.snpedia.com/index.php/Rs1061170 https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/211103

Erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung rs2180439(T;T) -> 2x increased risk of Male Pattern Baldness  https://www.snpedia.com/index.php/Rs2180439

http://www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.228.html

Resistenz gegen Norovirus-Infektionen, die Hauptursache für Margen-Darm-Grippe (Gastroenteritis) rs601338(A;A) -> this SMP is found on chromosome 19 in the alpha(1,2)- fucosyltransferase FUT2 gene. The wild-type rs601338(G) encodes the "secretor" (Se) allele, while rs601338(A) encodes the "non-secretor" (se) allele. A study of 115 Swedish adults concluded that rs601338(A;A) homozygotes have genetic immunity to infection by the Norwalk norovirus, a major (and contagious) cause of acute gastroenteritis worldwide among adults.  https://www.snpedia.com/index.php/Rs601338

http://jvi.asm.org/content/79/24/15351.long

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person normalerweise selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

<keine>

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

Möglicherweise erhöhtes Risiko für “grünen Star” (Glaukom)

·   rs61735130 -> This SNP leads to an Arg289Cys substitution in the ASB10 protein and might be associated with Glaucoma 1, open angle, F.

Open angle glaucoma-1F (GLC1F) is caused by heterozygous mutation (leading to Thr255Thr substation) in the ASB10 gene. It is thus autosomal dominant inherited. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/99966/ https://www.omim.org/entry/603383

 

 

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA14_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA14_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA14_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA14_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA14_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA15: Männlich, kein Alter angegeben

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten.
(Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

(XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Erhöhte Wirkung von Coumadin/Warfarin-Medikamenten zur Blutverdünnung (daher niedriger zu dosieren):

·   rs9934438(A;A) -> Coumadin (warfarin) resistance. Patients with the AA genotype who are treated with warfarin may require a lower dose as compared to patients with the AG or GG genotype. Other genetic and clinical factors may also influence a patient's required dose of warfarin.
www.snpedia.com/index.php/Rs9934438
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/37344/
https://www.pharmgkb.org/rsid/rs9934438

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Haplogruppe I2 (Y-DNA)

·   Gs112 -> This indicates a paternal blood line which originated approximately 22.000 years ago along the Eastern Adriatic Sea coast. This is typical of people of Southeastern Europe origins such as Bosnians, Croats, Sardinians, Ukrainians and Serbs.

https://www.snpedia.com/index.php/Gs112
https://de.wikipedia.org/wiki/Haplogruppe_I_(Y-DNA)

Träger eines Genotyps typisch für rote Haare

·   rs1805008(C;T) -> known as Arg160Trp or R160W, is one of several SNPs in the MC1R gene associated with red hair color (reported in Irish, Icelandic and Dutch populations). The risk allele is rs1805008(T), compared with the wild-type rs1805008(C) allele. Red hair carrier have a higher risk of melanoma.

https://www.snpedia.com/index.php/rs1805008
https://www.nature.com/articles/ng.160
http://www.jidonline.org/article/S0022-202X(15)40141-1/pdf 

Erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung:

·   Gs122

http://www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.255.html
http://www.snpedia.com/index.php/Gs122

·   rs2180439(C;T)

https://www.snpedia.com/index.php/Rs2180439

Hohe Wahrscheinlichkeit für blaue Augen

·   rs12913832 -> https://www.snpedia.com/index.php/rs12913832

·   Gs259 -> https://www.snpedia.com/index.php/Gs259

Charaktereigenschaften: optimistisch und empathisch

·   rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well
http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

Wahrnehmung von bitterem Geschmack:

·   Gs227 -> You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs227

Langsamer Koffein-Stoffwechsel führt zu einer leicht erhöhten Stimulation durch Kaffee:

·   Gs157 -> More stimulated by coffee. Common genotype in the gene CYP1A2 which metabolizes coffee more slowly than some other forms. The same amount of caffeine will tend to have more stimulating effect on slow metabolizers than on fast metabolizers.
http://www.snpedia.com/index.php/Gs157

Möglicherweise erhöhtes Risiko für Alkohol-/Heroin-Abhängigkeit

·   rs1799971(A;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs1799971

·   rs324420(A;A) -> 4,5x increased risk for problem drug or alcohol abuse, https://www.snpedia.com/index.php/rs324420

http://www.pnas.org/content/99/12/8394.full.pdf

·   rs1800497 -> a SNP also known as the TaqIA (or Taq1A) polymorphism of the dopamine D2 receptor DRD2 gene (even though it is actually located over 10,000bp downstream of the gene), gives rise to the DRD2*A1 allele. This allele (rs1800497(T)) is associated with a reduced number of dopamine binding sites in the brain, reduced response to errors and increased addictive behavior.

https://www.snpedia.com/index.php/rs1800497
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/2105/

Erhöhtes Risiko für Morbus Behçet (maligne Aphtose), eine systemische, autoimmune Entzündung der Blutgefäße. Als typisch gelten die Kombination von Aphten im Mund und im Intimbereich sowie Entzündungen von Strukturen des Auges. Die Ursache ist nicht bekannt. Man geht davon aus, dass bestimmte genetische Voraussetzungen (Vorliegen des HLA-Typ B51) und der Kontakt mit äußeren Faktoren (Viren) zu einer Überreaktion des Immunsystems und zu einer unkontrollierten Entzündung führen können.

·    rs76546355(A;G) -> this SNP is associated with a 5,5x increased risk of Behçet's disease (study in an Iranian population)

https://www.snpedia.com/index.php/rs76546355
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4415285/pdf/13075_2015_Article_585.pdf

·    rs79556279(G;T) -> this SNP is associated with a 4.1x increased risk of Behçet's disease

https://www.snpedia.com/index.php/Rs79556279
http://www.pnas.org/content/111/24/8867.full.pdf

Erhöhtes Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen

·   rs2200733(C;T) -> 1.4x increased risk of Atrial Fibrillation and ischemic stroke. This affects the formation of the heart and gives a higher risk of Atrial Fibrillation (quivering of the top part of the heart), and Cardioembolic and Ischemic strokes (blocked blood flow to the brain). Based on several quality studies, and confirmed for Europeans and Asians.
www.snpedia.com/index.php/Rs2200733

·   rs1333049(C;G) -> 1.5x increased risk for CAD (coronary artery disease)

https://www.snpedia.com/index.php/rs1333049
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2719290/pdf/ukmss-4594.pdf

·   rs891512(A;G) -> slightly higher blood pressure

https://www.snpedia.com/index.php/Rs891512

Erhöhtes Risiko für Fettleibigkeit und Diabetes

·   rs10830963(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs10830963

·   rs1421082(C;T) -> 1.3x increased obesity risk, https://www.snpedia.com/index.php/Rs1421085

·   rs1121980(C;T) -> 1.7x increased obesity risk, https://www.snpedia.com/index.php/Rs1121980

·   rs9939609(A;T) -> 1.3x increased T2D risk, https://www.snpedia.com/index.php/rs9939609

·   rs12255372(T;T) -> 1.5x increased T2D risk, https://www.snpedia.com/index.php/rs12255372

Erhöhtes Risiko für Altersblindheit:

·   rs5888(C;T) -> rs5888 is a SNP in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two Caucasian populations totaling 2,498 patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration

http://www.snpedia.com/index.php/Rs5888

·   rs10490924(G;T) -> 2,7x increased risk for age related macular degeneration

https://www.snpedia.com/index.php/Rs10490924

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

< keine >

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

< keine >

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA15_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA15_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA15_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA15_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA15_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA16: Weiblich, etwa 65 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

(XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Mögliche Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten:

Schlechtere Verstoffwechselung von bzw. reduzierteres Ansprechen auf bestimmten Medikamenten, wie z.B. Tamoxifen, Warfarin, Fluvastin und viele Nichtsteroidalen Antirheumatika (NSAID) wie z.B. Aspirin, Ibuprofen und Naproxen

·   Gs191 -> Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

www.snpedia.com/index.php/Gs191

·   Gs161 -> 30% der Bevölkerung haben einen „Gs161 Genotyp“ (eine Kombination von bestimmten Varianten), die zu einem veränderten Stoffwechsel von den oben genannten Medikamenten führt. Diese Personen benötigen eine andere Dosis dieser Medikamente um die gewünschte Wirkung zu erzielen.

https://www.snpedia.com/index.php/Gs161

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Erhöhtes Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen

·   rs1333049(C;C) -> This SNP has been reported in a large study to be associated with heart disease, in particular, coronary artery disease. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is most likely (C); the odds ratio associated with heterozygotes is 1.47 (CI 1.27-1.70), and for homozygotes, 1.9 (CI 1.61-2.24). This SNP has also been reported to have the highest association of any SNP studied in a subsequent experiment conducted with the resources of the German MI [Myocardial Infarction] Family Study. It has been shown that regularly eating raw vegetables and fruit can reduce the risk to the same level as people without any copies of this SNP.

https://www.snpedia.com/index.php/rs1333049
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2719290/pdf/ukmss-4594.pdf

·   rs2383206(G;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs2383206

·   rs10757278(G;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs10757278

Erhöhtes Risiko für Fettleibigkeit und Diabetes

·   rs7754840(C;C) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs7754840
·   rs10830963(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs10830963
·   rs1421085(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs1421085
·   rs1121980(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs1121980
·   rs9939609(A;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs9939609
·   rs6679677(A;C) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs6679677

Erhöhtes Risiko für eine Art von Augenerkrankung (Fuchs-Endotheldystrophie)

·   rs613872(G;T) -> ~5 fold higher risk for Fuchs' dystrophy, a corneal disorder. Fuchs's corneal dystrophy (FCD) is a leading cause of corneal transplantation and affects 5% of persons in the United States who are over the age of 40 years.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs613872
https://de.wikipedia.org/wiki/Fuchs-Endotheldystrophie

Verändertes Risiko für Altersblindheit (altersbedingte Makuladegeneration)

·   rs1061170(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs1061170 (increased risk)
·   rs10491924(G;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs10490924 (increased risk)
·   rs3775291(A;A) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs3775291 (decreased risk)

Hohe Wahrscheinlichkeit für blaue Augen

·   rs129113832 -> https://www.snpedia.com/index.php/rs12913832
·   Gs259 -> https://www.snpedia.com/index.php/Gs259

Charaktereigenschaften: optimistisch und empathisch

·   rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well
http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

Wahrnehmung von bitterem Geschmack:

·   Gs227 -> You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs227 

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Träger einer seltenen Stoffwechselkrankheit (Porphyria variegata PV), die autosomal-rezessiv vererbt wird. PV ist eine angeborene Bildungsstörung des roten Blutfarbstoffs, hervorgerufen durch den Ausfall eines der beiden Gene für das Enzym Protoporphyrinogen-Oxidase (PPO). Im vorliegenden Fall handelt es sich um eine relativ selten vorkommende (6% in Europa) „missense“ Variante 767C>G im Gen PPOX (rs12735723). Durch die Akkumulation von Vorläuferstoffen in der Leber, kann es zu plötzlichen akuten Krisen mit heftigen Bauchschmerzen und zum Teil Lichtunverträglichkeitreaktionen kommen. Auslösende Faktoren für eine Attacke sind insbesondere Medikamente, aber auch Stress, Alkoholkonsum, Hormone und Hungerzustände.

·   rs12735723(C;G) -> Die Kandidatin ist Trägerin, d.h. sie ist heteroyzgot und hat ein (G) allele. Die Krankheit bricht aus, wenn die Person homozygot ist, also zwei (G) allele hat.

https://www.snpedia.com/index.php/rs12735723
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/8704/
https://www.omim.org/entry/600923#0013
http://www.jidonline.org/article/S0022-202X(15)41212-6/pdf
https://de.wikipedia.org/wiki/Porphyria_variegata

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

< keine >

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA16_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA16_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA16_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA16_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA16_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA17: Weiblich, etwa 45 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

(XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Erhöhte Wirkung von Coumadin/Warfarin-Medikamenten zur Blutverdünnung (daher niedriger dosieren)

·   rs9934438(A;A) -> Coumadin (warfarin) resistance. Patients with the AA genotype who are treated with warfarin may require a lower dose as compared to patients with the AG or GG genotype. Other genetic and clinical factors may also influence a patient's required dose of warfarin.
www.snpedia.com/index.php/Rs9934438
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/37344/
https://www.pharmgkb.org/rsid/rs9934438

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Hohes Risiko für eine Erkrankung der Hornhaut des Auges (Hornhaut Dystrophie, Fuchs-Endotheldystrophie), die autosomal-dominant vererbt wird. Verursacht wird die Krankheit durch übermäßigen Eintritt von Wasser aus dem Augeninneren in die Hornhaut, wodurch diese aufquillt und sich trübt (Verlust an Sehschärfe).

·   rs185919705(C;T) -> The single nucleotide variant 3220C>T in the gene coding for ATP/GTP Binding Protein Like 1 (AGBL1) leads to an amino acid substitution Arg1074Ter. This mutation (heterozygous) leads to Fuchs endothelial corneal dystrophy (FECD), which is the most common genetic disorder of the corneal endothelium.

https://www.snpedia.com/index.php/rs185919705
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/88757/
https://www.omim.org/entry/615496#0001
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/medgen/C3809798
http://www.cell.com/ajhg/pdf/S0002-9297(13)00385-6.pdf
https://de.wikipedia.org/wiki/Fuchs-Endotheldystrophie

Erhöhtes Risiko für Von Willebrand-Jürgens-Syndrom, die häufigste angeborene Krankheit mit erhöhter Blutungsneigung.

·   rs1800386(A;G) -> this SNP (4751A>G) is within the VWF gene leads to an amino acid substitution Tyr1584Cys. The rarer (G) allele is considered a risk factor for Von Willebrand disease, type 1. This mutation is one of the most common VWF mutations in Caucasians, but it is not (fully) causative and has quite variable expressivity and penetrance.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs1800386
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/310/
https://www.omim.org/entry/613160#0029
https://de.wikipedia.org/wiki/Willebrand-J%C3%BCrgens-Syndrom

Moderat erhöhtes Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen

·   rs1333049(C;C) -> 1.9x increased risk for CAD. This SNP has been reported in a large study to be associated with heart disease, in particular, coronary artery disease. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is most likely (C); the odds ratio associated with heterozygotes is 1.47 (CI 1.27-1.70), and for homozygotes, 1.9 (CI 1.61-2.24). This SNP has also been reported to have the highest association of any SNP studied in a subsequent experiment conducted with the resources of the German MI [Myocardial Infarction] Family Study. The initial studies were conducted on Caucasian populations. A subsequent study of Japanese and Korean patients has also found rs1333049 to be associated with increased coronary artery disease risk, with roughly similar odds ratios.

https://www.snpedia.com/index.php/rs1333049

Erhöhtes Risiko für Fettleibigkeit und Typ-2 Diabetes

·   rs1421085(C;C) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs1421085
·   rs7754840(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs9272346
·   rs1121980(T;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs1121980
·   rs9939609(A;A) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs9939609

 Erhöhtes Risiko für Typ-1 Diabetes

·   rs9272346(A;A) -> Although found in approximately 1/3rd of all people, this variation appears to significantly increase risk of Type-1 diabetes. This increases your relative risk approximately 18x, which changes your lifetime risk from a very small 0.04% to a still very small 0.75% chance. Your odds are not 75%, they are 0.75%, which is less than 1%.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs9272346
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2719288/pdf/ukmss-4894.pdf

·   rs2395185(T;T) -> 9.49x risk of Type 1 Diabetes, but 0.58x lower risk of Ulcerative Colitis

https://www.snpedia.com/index.php/rs2395185

Erhöhtes Risiko für Lungenkrebs

·   Rs8034191 and rs1051730 -> 1.8x lung cancer risk. Both SNPs lie within the same locus that encodes nicotinic acetylcholine receptor genes. The rs1051730 SNP was found to account for 14% (attributable risk) of lung cancer cases. 

https://www.snpedia.com/index.php/rs8034191
https://www.snpedia.com/index.php/rs1051730
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2713680/pdf/nihms115953.pdf
https://www.nature.com/articles/nature06885

Resistenz gegen Norovirus-Infektionen (Magen-Darm-Grippe):

·   rs601338(A;A) -> Resistance to Norovirus infection This genotype confers genetic immunity to infection by the Norwalk norovirus, a major (and contagious) cause of acute gastroenteritis worldwide.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs601338

Erhöhtes Risiko für eine chronisch-entzündliche Darmkrankheit (Morbus Crohn)

·   rs2241880(C;C) -> This SNP in the ATG16L1 gene encoding a threonine to alanine substitution ("T300A") in a protein known to be involved in the function of the epithelial cells lining the intestine, has been associated with Crohn's disease in several recent studies.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs2241880
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/1130/

Hohe Wahrscheinlichkeit für blaue Augen

·   rs12913832 -> https://www.snpedia.com/index.php/rs12913832
·   Gs259 -> https://www.snpedia.com/index.php/Gs259

Wahrnehmung von bitterem Geschmack:

·   Gs227 -> You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child, you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs227 

Erhöhtes Risiko für Suchtverhalten (Nikotin-/Alkohol-/Heroin-Abhängigkeit):

·   rs16969968(A;A) -> Associated with smoking phenotype (p=0.007) based on association study of 2,000+ individuals, and functional studies demonstrated that the risk allele decreased response to a nicotine agonist, therefore the rs16969968(A) allele is likely to be involved in nicotine dependence.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs16969968

·   rs1800497(C;T) -> a SNP also known as the TaqIA (or Taq1A) polymorphism of the dopamine D2 receptor DRD2 gene (even though it is actually located over 10,000bp downstream of the gene), gives rise to the DRD2*A1 allele. This allele (rs1800497(T)) is associated with a reduced number of dopamine binding sites in the brain, reduced response to errors and increased addictive behavior.

https://www.snpedia.com/index.php/rs1800497
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/2105/

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Träger für eine Augenerkrankung (Hornhaut Dystrophie, Fuchs-Endotheldystrophie), die autosomal-dominant vererbt wird (50% Wahrscheinlichkeit, dass direkte Nachkommen die Krankheit bekommen).

·   rs185919705(C;T) -> siehe oben

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

< keine >

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA17_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA17_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA17_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA17_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA17_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA18: Männlich, Mitte 20, Mitteleuropäer, Student, keine chronischen Krankheiten bekannt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

(XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

< keine >

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Genetisch verringerte Werte für LDL-Cholesterin und geringeres Risiko von Herz-Kreislauf-Erkrankungen

·   rs11591147(G;T) -> associated with lower LDL cholesterol levels & two to three fold reduced risk for both early- and late-onset cardiovascular disease.
www.snpedia.com/index.php/Rs11591147
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/2878/

 

Erhöhtes Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen und Schlaganfall

·   rs2200733(C;T) -> 1.4x increased risk of Atrial Fibrillation and ischemic stroke. This affects the formation of the heart and gives a higher risk of Atrial Fibrillation (quivering of the top part of the heart), and Cardioembolic and Ischemic strokes (blocked blood flow to the brain). Based on several quality studies, and confirmed for Europeans and Asians.
www.snpedia.com/index.php/Rs2200733

·   rs2943634(C;C) -> higher risk of ischemic stroke. rs2943634 is a SNP found to be reproducibly associated with heart disease
www.snpedia.com/index.php/Rs2943634

Erhöhtes Risiko für Fettleibigkeit und Diabetes

·   rs1421085(C;C) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs1421085
·   rs1121980(T;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs1121980
·   rs7754840(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs7754840
·   rs10830963(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs10830963
·   rs13266634(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs13266634
·   rs9939609(A;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs9939609
·   rs7903146(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs7903146

Erhöhtes Risiko für chronische Bluterkrankungen (JAK2 V617F-assoziierte myeloproliferative Neoplasie)

·   rs12343867(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs12343867
·   rs12340895(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs12340895

Verändertes Risiko für Altersblindheit

Erhöhtes Risiko:

·   rs5888(C;T) -> rs5888 is a SNP in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two Caucasian populations totaling 2,498 patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration;

http://www.snpedia.com/index.php/Rs5888

·   rs10490924(G;T) -> 2.7x risk for age related macular degeneration

https://www.snpedia.com/index.php/rs10490924

Verringertes Risiko:

·   rs1061147(C;C) -> Reduced 0.34x risk of age related macular degeneration.

https://www.snpedia.com/index.php/rs1061147

Hohe Wahrscheinlichkeit für blaue Augen

·   rs12913832(G;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs12913832
·   Gs259 -> https://www.snpedia.com/index.php/Gs259

 

Erhöhtes Risiko für Lungenkrebs

·   Rs8034191(C;C) and rs1051730 -> 1.8x lung cancer risk. Both SNPs lie within the same locus that encodes nicotinic acetylcholine receptor genes. The rs1051730 SNP was found to account for 14% (attributable risk) of lung cancer cases. 

https://www.snpedia.com/index.php/rs8034191
https://www.snpedia.com/index.php/rs1051730
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2713680/pdf/nihms115953.pdf
https://www.nature.com/articles/nature06885

·   rs17487223 -> 1.28x lung cancer risk

https://www.snpedia.com/index.php/rs17487223

Leicht erhöhtes Risiko für Darmkrebs in Zusammenhang mit Ernährungsgewohnheiten

·   rs4143094(G;T) -> this SNP identified by a genome-wide diet-gene interaction analysis (GxE), and was found to be associated with increased risk (17% for the (G;T) genotype) of colon cancer correlated to the dietary variable of processed meat consumption.

https://www.snpedia.com/index.php/rs4143094
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3990510/pdf/pgen.1004228.pdf

Erhöhtes Risiko für eine chronisch-entzündliche Darmkrankheit (Morbus Crohn)

·   rs6908425(C;C) -> 1.95x increased risk of developing Crohn's disease

https://www.snpedia.com/index.php/rs6908425
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2719288/pdf/ukmss-4894.pdf

Erhöhtes Risiko für eine Art von Blutkrebs (Hodgkin Lymphoma), der selten und gut behandelbar ist

·   rs1585215(G;G) -> 3.5x increased risk for Hodgkin lymphoma

https://www.snpedia.com/index.php/Rs1585215
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2720066/pdf/nihms97295.pdf

Wahrnehmung von bitterem Geschmack:

·   Gs227 -> You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs227 

Schneller Koffein-Stoffwechsel führt zu einer leicht verringerten Stimulation durch Kaffee:

·   Gs159 -> Less stimulated by caffeine.
https://www.snpedia.com/index.php/gs159

Erhöhtes Risiko für Suchtverhalten (Nikotin-/Alkohol-/Heroin-Abhängigkeit):

·   rs16969968(A;A) -> Associated with smoking phenotype (p=0.007) based on association study of 2,000+ individuals, and functional studies demonstrated that the risk allele decreased response to a nicotine agonist, therefore the rs16969968(A) allele is likely to be involved in nicotine dependence.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs16969968

·   rs1799971(A;G) -> Carriers of at least one rs1799971(G) allele appear to have stronger cravings for alcohol than carriers of two rs1799971(A) alleles, and are thus hypothesized to be more at higher risk for alcoholism.

https://www.snpedia.com/index.php/rs1799971
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1530-0277.2006.00258.x/epdf

·   rs279585(G;G) -> Carriers of at least one rs279858(G) allele respond slower to the effects of alcohol and are thereby apparently more prone to alcoholism than carriers of two rs279858(A) alleles.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs279858

Genetisch bedingt erhöhtes Gehirn (Hippocampus) Volumen:

·   rs7294919(C;T) -> Aging is associated with reductions in hippocampal volume that are accelerated by Alzheimer's disease and vascular risk factors. The rs7294919 was associated with hippocampal volume with a combined P value of 1.99 x 10-7. The authors also examined the association of the SNP with IQ. While no association was found with full-scale IQ, a small association was found between having the C (minor) allele and an increase in verbal IQ.

https://www.snpedia.com/index.php/rs7294919
https://www.nature.com/articles/ng.2237
https://www.nature.com/articles/ng.2250

Charaktereigenschaften: optimistisch und empathisch

·   rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well
http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

Genetische Varianten, die oft bei Leistungssportler (insbesondere Sprintern) angetroffen werden:

·   rs1815739(C;C) -> This genotype indicates better performing muscles, particularly for sprinting and power sports. Fast-twitch muscle fibers are able to produce alpha-actinin-3. Professional sprinters usually have this, although it is less common for endurance athletes.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs1815739

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Träger für eine seltene (1:2000 bis 1:5000) Stoffwechselerkrankung (α1-Antitrypsin-Mangel), die autosomal-rezessiv vererbt wird. Durch eine Mutation im SERPINA1 Gen kommt es zu einem Mangel an Proteaseinhibitoren (α1-Antitrypsin), die zu Leberzirrhose und Lungenemphysem führen kann.

·   rs28929474(A;G) -> also known as Glu342Lys as well as E366K (and Glu366Lys), is a SNP in the serpin peptidase inhibitor, clade A (alpha-1 antiproteinase, antitrypsin), member 1 SERPINA1 gene.

This SNP is the one most frequently leading, when homozygous, to the complications of alpha-1 antitrypsin deficiency and the associated high risk of emphysema and liver disease. Between 1 - 2% of US Caucasians are thought to be (heterozygous) carriers for this SNP.

https://www.snpedia.com/index.php/rs28929474
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/17967/
https://www.omim.org/entry/613490
https://de.wikipedia.org/wiki/Alpha-1-Antitrypsin-Mangel

Träger für eine seltene (Schätzwert: 1:2500 in der deutschen Bevölkerung) autosomal-rezessive Erbkrankheit des Eisenstoffwechsels – Hämochromatose – bei der der Körper überschüssiges Eisen ansammelt. Bei Früherkennung kann die Krankheit erfolgreich behandelt werden. Bei fortgeschrittener Erkrankung kann es zu irreversiblen Organschäden (Leber, Bauchspeicheldrüse, Herz, Gelenken, Milz, Hirnanhangdrüse, Schilddrüse und Haut) kommen.

·   rs1799945(C;G) -> also known as H63D or His63Asp within the HFE gene, represents a SNP that accounts for a mild form of hereditary hemochromatosis (HH). The three most common HH-causing mutations in the HFE gene are C282Y (A at rs1800562 instead of G), H63D (G at rs1799945 instead of C), and S65C (T at i3002468 instead of A).

https://www.snpedia.com/index.php/rs1799945
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/10/
https://www.omim.org/entry/235200
https://de.wikipedia.org/wiki/H%C3%A4mochromatose

Träger für eine sehr seltene (1:20000) Stoffwechselerkrankung (Glykogenspeichererkrankung), die autosomal rezessiv vererbt wird. Es kann zu einer Akkumulation von normal oder pathologisch strukturiertem Glykogen in LeberHerzSkelettmuskulatur und Zentralnervensystemkommen.

·   rs80356491(CAG;C) -> This SNP leads to a frameshift due to a 2-bp deletion (1211-1212delCT) in the G6PT1 gene, resulting in a change in reading frame after ala347. In one study, patients in 2 families with glycogen storage disease Ib were homozygous for this SNP. 2 further studies associated this common frameshift mutation with glycogen storage disease Ib.

Glycogen storage disease type I (GSDI) is characterized by accumulation of glycogen and fat in the liver and kidneys, resulting in hepatomegaly and renomegaly. The two subtypes (GSDIa and GSDIb) are clinically indistinguishable. 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/6926/
https://www.omim.org/entry/602671#0006
https://de.wikipedia.org/wiki/Glykogenspeicherkrankheit

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

< keine >

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA18_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA18_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA18_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA18_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA18_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA19: Weiblich, etwa 30 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

(XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Milde Form der Hämochromatose oder Eisenspeicherkrankheit, der häufigsten Erbkrankheit in der westlichen Welt. In Folge einer genetischen Variante im HFE-Gen („H63D homozygot”) kann es zu einer Ansammlung von überschüssigem Eisen im Körper kommen. Allerdings haben längst nicht alle Träger dieser genetischen Variante auch entsprechende Symptome, und gerade bei dieser Variante („H63D homozygot”) ist das Risiko besonders niedrig. Bei einer frühzeitigen Diagnose kann die Hämochromatose gut behandelt und damit irreversiblen Organschäden vorgebeugt werden.

·   rs1799945(G;G) -> also known as H63D or His63Asp within the HFE gene, represents a SNP that accounts for a mild form of hereditary hemochromatosis (HH). The three most common HH-causing mutations in the HFE gene are C282Y (A at rs1800562 instead of G), H63D (G at rs1799945 instead of C), and S65C (T at i3002468 instead of A). The H63D mutation is quite common - about 20% of people carry a copy of the mutation, and about 3% have two copies. This mutation is not as severe as the C282Y mutation, and only a minority of carriers of the H63D mutation suffer from an iron overload.

https://www.snpedia.com/index.php/rs1799945
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/10/
https://www.omim.org/entry/235200
https://de.wikipedia.org/wiki/H%C3%A4mochromatose
http://www.haemochromatose.ch/diagnose.php

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Erhöhtes Risiko für Übergewicht und Diabetes

·   rs7903146(T;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs7903146
·   rs1421085(C;C) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs1421085
·   rs1121980(T;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs1121980
·   rs7754840(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs7754840
·   rs9939609(A;A) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs9939609
·   rs10830963(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs10830963

Erhöhtes Risiko für Thrombose und Schlaganfall

·   rs1799963(A;G) -> This SNP far more commonly known as the G20210A mutation of the prothrombin F2 gene. The (A;G) variant average risk for Venous Thromboembolism is 2.8, and risk was higher for younger subjects (< 45 years old, OR: 3.19; ≥ 45 years old, OR: 2.57) and for women taking oral contraceptives (women not using OCs, OR: 2.73; women using OCs, OR: 5.58). In addition, the SNP is associated with a significantly (2 - 20 fold) increased risk for ischemic stroke (aka cerebral ischemia) in individuals with patent foramen ovale (PFO), or hole in the heart. It is estimated that PFO is present in ~25% of the (normal/healthy) population.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs1799963
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/13310/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3935237/pdf/nihms-547506.pdf
http://www.strokejournal.org/article/S1052-3057(12)00148-6/pdf

Geringeres Risiko für Herzkrankheiten und Arteriosklerose

·   rs4888378(A;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs4888378
·   Gs297 -> https://www.snpedia.com/index.php/Gs297

Leicht erhöhtes Risiko für Hautkrebs (Melanom & Plattenepithelkarzinom)

·   rs910873(A;G) -> increased risk of melanoma; increased risk of squamous cell carcinoma

https://www.snpedia.com/index.php/Rs910873
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2755512/pdf/nihms-130202.pdf

Leicht erhöhtes Risiko für einen Blutkrebs im Kindesalter (Akute Lymphatische Leukämie), die häufigste Krebserkrankung im Kindesalter mit guten Heilungschancen

·   rs7089424(G;G) -> moderately (~4x) increased risk for acute lymphoblastic leukemia

https://www.snpedia.com/index.php/Rs7089424
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2930966/pdf/0951608.pdf

Genetisch bedingt größeres Gehirn (Hippocampus) Volumen:

·   rs7294919(C;T) -> Aging is associated with reductions in hippocampal volume that are accelerated by Alzheimer's disease and vascular risk factors. The rs7294919 was associated with hippocampal volume with a combined P value of 1.99 x 10-7. The authors also examined the association of the SNP with IQ. While no association was found with full-scale IQ, a small association was found between having the C (minor) allele and an increase in verbal IQ.

https://www.snpedia.com/index.php/rs7294919
https://www.nature.com/articles/ng.2237
https://www.nature.com/articles/ng.2250

Leicht erhöhtes Risiko für Altersblindheit (altersbedingte Makuladegeneration)

·   rs5888(C;T) -> rs5888 is a SNP in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two Caucasian populations totaling 2,498 patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration
http://www.snpedia.com/index.php/Rs5888 

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person normalerweise selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Überträger-Status für eine Milde Form der Hämochromatose oder Eisenspeicherkrankheit (siehe oben). Ein Risiko einer Hämochromatose-Erkrankung der Nachkommen besteht vor allem, wenn der Partner eine bestimmte genetische Variante im HFE-Gen besitzt („C282Y”)

·   rs1799945(G;G) -> homozygous, absent or mild disease phenotype expected

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

Möglicherweise erhöhtes Risiko für Blutarmut (Anämie, Xerocytosis oder dehydrated hereditary stomatocytosis (DHS))

·   rs200970763(C;T) & rs202103485(C;T)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/55813/

Möglicherweise erhöhtes Risiko für Gallenblasenentzündung (Cholecystitis) und/oder Gallenstauung (Cholestase)

·   rs45575636(C;T)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/13697/

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA19_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA19_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA19_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA19_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA19_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA20: Weiblich

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

(XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Schlechtere Verstoffwechselung von bzw. reduzierteres Ansprechen auf bestimmten Medikamenten

·   Gs151 -> CYP2C19 intermediate metabolizer. Your body breaks down some medicines at a slightly slower than normal rate. These medications include anti-epileptics (such as diazepam, phenytoin, and phenobarbitone), anti-depressants (such as amitriptyline and clomipramine), anti-platelet drug clopidogrel (Plavix), anti-ulcer proton pump inhibitors like omeprazole (trade names Losec and Prilosec), esomeprazole (trade name Nexium), and lansoprazole (Prevacid), and hormones (estrogen, progesterone).

https://www.snpedia.com/index.php/gs151

·   rs4244285(A;G) -> this SNP is in the CYP2C19 gene, potentially encoding the CYP2C19*2 variant. This variant is the most common reason for poor metabolism of compounds like mephenytoin (an anti-convulsant), some antidepressants, the anti-platelet drug Plavix, and some drugs used for ulcer conditions of various types.

https://www.snpedia.com/index.php/rs4244285
https://www.pharmgkb.org/variant/PA166154053/clinicalAnnotation

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Erhöhtes Risiko für Fettleibigkeit und Diabetes

·   rs7754840(C;C) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs7754840
·   rs1121980(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs1121980

Erhöhtes Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen und Schlaganfall

·   rs1333049(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/Rs1333049
·   rs2943634(C;C) -> higher risk of ischemic stroke. rs2943634 is a SNP found to be reproducibly associated with heart disease

www.snpedia.com/index.php/Rs2943634

Erhöhtes Risiko für einen Blutkrebs im Kindesalter (Akute Lymphatische Leukämie), die häufigste Krebserkrankung im Kindesalter mit guten Heilungschancen

·   rs7089424(G;G) -> moderately (~4x) increased risk for acute lymphoblastic leukemia

https://www.snpedia.com/index.php/Rs7089424
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2930966/pdf/0951608.pdf

Erhöhtes Risiko für chronische Bluterkrankungen (JAK2 V617F-assoziierte myeloproliferative Neoplasie)

·   rs12343867(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs12343867
·   rs12340895(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs12340895

Erhöhtes Risiko für Endometriose, eine häufige, gutartige, oft schmerzhafte chronische Erkrankung, bei der der Gebärmutterschleimhaut ähnliches Gewebe außerhalb der Gebärmutterhöhle, meist im unteren Bauch- und Beckenraum, vorkommt. Es kann zu mit dem Menstruationszyklus verbundene krampfartige Schmerzen sowie zu chronischen Bauch- und Rückenschmerzen kommen.

·   rs9340799(G;G) -> is a SNP in the estrogen alpha receptor ESR1 gene, and it is also known as the -351A>G variant. Women have 10x risk of Endometriosis, but half the risk of Endometrial Cancer and 0.76x less cognitive impairment.

https://www.snpedia.com/index.php/rs9340799
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2613912/pdf/1471-2407-8-322.pdf
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3880708/pdf/DM35-06-796290.pdf

Genetisch bedingt erhöhtes Gehirn (Hippocampus) Volumen:

·   rs7294919(C;T) -> Aging is associated with reductions in hippocampal volume that are accelerated by Alzheimer's disease and vascular risk factors. The rs7294919 was associated with hippocampal volume with a combined P value of 1.99 x 10-7. The authors also examined the association of the SNP with IQ. While no association was found with full-scale IQ, a small association was found between having the C (minor) allele and an increase in verbal IQ.

https://www.snpedia.com/index.php/rs7294919
https://www.nature.com/articles/ng.2237
https://www.nature.com/articles/ng.2250

Wahrnehmung von bitterem Geschmack:

·   Gs227 -> You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs227 

Charaktereigenschaften

·   rs4680(A;A) -> Worrier rather than warrior. More exploratory, lower COMT enzymatic activity, therefore higher dopamine levels; lower pain threshold, enhanced vulnerability to stress, yet also more efficient at processing information under most conditions
http://www.snpedia.com/index.php/Rs4680 

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Träger eines Allels, das, wenn es homozygot auftritt, mit MASP2 Mangel assoziiert wurde. Dieser Mangel kann zu leicht erhöhtem Risiko für Infektionen führen.

·   rs72550870(A;G) -> MASP2 (Mannan-binding lectin serine protease 2) deficiency, classically defined as MASP2 protein level of less than 100 ng/ml, occurs in about 4% of Caucasians and up to 18% of some African populations. Some MASP2-deficient individuals have increased risk of infection or autoimmune disease, but most are asymptomatic. 

https://www.snpedia.com/index.php/Rs72550870
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/5210/
https://www.omim.org/entry/613791

Träger einer seltenen (1:20000) Erkrankung der Niere (Zystenniere, polyzystische Niere, polycystic kidney disease, PKD), die autosomal-rezessiv vererbt wird. Genetisch bedingte Zystennieren sind eine der Hauptursachen für chronisches Nierenversagen. Eine Heilung ist nur durch eine Nierentransplantation möglich.

·   rs137852944(C;T) -> This SNP leads to a Thr36Met substitution in the Fibrocystin/Polyductin protein. Autosomal recessive polycystic kidney disease (PKD) belongs to a group of congenital hepatorenal fibrocystic syndromes and is a cause of significant renal and liver-related morbidity and mortality in children.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs137852944
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/4108/
https://www.omim.org/entry/263200
https://de.wikipedia.org/wiki/Zystenniere

Träger für eine seltene (Schätzwert: 1:8 in der Bevölkerung in Österreich) autosomal-rezessive Erbkrankheit des Eisenstoffwechsels – Hämochromatose – bei der der Körper überschüssiges Eisen ansammelt. Bei Früherkennung kann die Krankheit erfolgreich behandelt werden. Bei fortgeschrittener Erkrankung kann es zu irreversiblen Organschäden (Leber, Bauchspeicheldrüse, Herz, Gelenken, Milz, Hirnanhangdrüse, Schilddrüse und Haut) kommen.

·   rs1799945(C;G) -> also known as H63D or His63Asp within the HFE gene, represents a SNP that accounts for a mild form of hereditary hemochromatosis (HH). The three most common HH-causing mutations in the HFE gene are C282Y (A at rs1800562 instead of G), H63D (G at rs1799945 instead of C), and S65C (T at i3002468 instead of A).

https://www.snpedia.com/index.php/rs1799945
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/10/
https://www.omim.org/entry/235200
https://de.wikipedia.org/wiki/H%C3%A4mochromatose

Träger für Galaktosämie, eine seltene (1:40000) angeborene Stoffwechselerkrankung, bei der sich zu viel Galaktose im Blut befindet, und die autosomal-rezessiv vererbt wird. Die Untersuchung auf Galaktosämie wird in Österreich im Rahmen des Neugeborenen-Screening durchgeführt. Eine Therapie besteht in lebenslanger laktosefreier und galaktosearmer Diät.

·   rs111033682 -> This SNP leads to a Lys127Glu substitution of the galactose-1-phosphate uridylyltransferase (GALT) enzyme and consequently to a deficiency of GALT. Galactosemia is caused by homozygous or compound heterozygous mutation in the GALT gene.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/25167/
https://www.omim.org/entry/230400
https://de.wikipedia.org/wiki/Galaktos%C3%A4mie

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

< keine >

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA20_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA20_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA20_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA20_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA20_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA21: Männlich, etwa 25 Jahre alt, braune Haare

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

(XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Schlechtere Verstoffwechselung von bzw. reduzierteres Ansprechen auf bestimmten Medikamenten, wie z.b. Nichtsteroidalen Antirheumatika (NSAID, z.B. Aspirin, Ibuprofen und Naproxen) und Antikoagulanzien (z.B. Warfarin)

·   Gs191 -> Der Kandidat hat folgende Varianten: rs1057910(C), rs11572080(A) and rs10509681(C)

Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

www.snpedia.com/index.php/Gs191

·   Gs161 -> CYP2C9 intermediate metabolizer. 30% der Bevölkerung haben einen „Gs161 Genotyp“ (eine Kombination von bestimmten Varianten), die zu einem veränderten Stoffwechsel von bestimmten Medikamenten führt (Tamoxifen, Warfarin, Fluvastin und viele Nichtsteroidalen Antirheumatika (NSAID) wie z.B. Aspirin, Ibuprofen und Naproxen). Diese Personen benötigen eine andere Dosis dieser Medikamente um die gewünschte Wirkung zu erzielen.

https://www.snpedia.com/index.php/Gs161

·   rs10509680(G;T), rs1057911(A;T), rs1057910(A;C) -> SNPs in the CYP2C9 gene. Impaired Warfarin metabolism.

https://www.snpedia.com/index.php/rs10509680
https://www.snpedia.com/index.php/rs1057911
https://www.snpedia.com/index.php/rs1057910
https://www.pharmgkb.org/variant/PA166154109/clinicalAnnotation
https://www.pharmgkb.org/variant/PA166153959/clinicalAnnotation

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Erhöhtes Risiko für Typ-1 Diabetes

·   rs17696736(G;G) -> 1.94x risk of type-1 diabetes

https://www.snpedia.com/index.php/Rs17696736
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2719288/pdf/ukmss-4894.pdf

Erhöhtes Risiko für eine Art von Augenerkrankung

·   rs17595731(C;G) -> ~5 fold higher risk for Fuchs' dystrophy, a corneal disorder. Fuchs's corneal dystrophy (FCD) is a leading cause of corneal transplantation and affects 5% of persons in the United States who are over the age of 40 years.

https://www.snpedia.com/index.php/Rs17595731
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3355250/pdf/ejhg2011248a.pdf

Erhöhtes Risiko für Altersblindheit (altersbedingte Makuladegeneration)

·   rs5888(C;T) -> rs5888 is a SNP in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two Caucasian populations totaling 2,498 patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration

https://www.snpedia.com/index.php/rs5888

·   rs1061170(C;T) -> rs1061170 is a SNP in the complement factor H CFH gene. This SNP has been associated primarily with age related macular degeneration, and to a lesser extent, with longevity.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs1061170 

Träger eines Genotyps typisch für rote Haare

·   rs1805008(C;T) -> known as Arg160Trp or R160W, is one of several SNPs in the MC1R gene associated with red hair color (reported in Irish, Icelandic and Dutch populations). The risk allele is rs1805008(T), compared with the wild-type rs1805008(C) allele. Red hair carrier have a higher risk of melanoma.

https://www.snpedia.com/index.php/rs1805008
https://www.nature.com/articles/ng.160
http://www.jidonline.org/article/S0022-202X(15)40141-1/pdf

Erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung

·   Gs122 -> http://www.snpedia.com/index.php/Gs122

http://www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.255.html

·   rs2180439(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs2180439

Veränderter Folsäure-Metabolismus

·   rs1801133(C;T) -> 65% efficiency in processing folic acid

https://www.snpedia.com/index.php/rs1801133

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Träger eines Allels, das mit dem Hyper-IgD-Syndrom assoziiert wurde. Dabei handelt es sich um eine Erkrankung, die mit wiederkehrenden Fieberschüben einhergeht und zu den periodischen Fiebersyndromen zählt. Während der Fieberepisoden bestehen auch meist Bauchschmerzen, Durchfall und Erbrechen. Die Krankheit wird autosomal-rezessiv vererbt und bei mehr als 80 % der Fälle liegt eine missense-Mutation im Bereich des Gens vor, das für das Enzym Mevalonatkinase (MVK) codiert.

·   rs28934897(G;A) -> This SNP is a 1129G>A transition leading to a Val377Ile substitution in the MVK protein.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/11929/
https://www.omim.org/entry/251170#0002
https://www.nature.com/articles/ng0699_175
https://de.wikipedia.org/wiki/Hyper-IgD-Syndrom

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

< keine >

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA21_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA21_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA21_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA21_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA21_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA22: Weiblich, etwa 30 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

(XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinischen Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Schlechtere Verstoffwechselung von bzw. reduzierteres Ansprechen auf bestimmten Medikamenten, wie z.B. Nichtsteroidalen Antirheumatika (NSAID, z.B. Aspirin, Ibuprofen und Naproxen), Trombozytenaggregationshemmer (z.B. Plavix), Antikoagulanzien (z.B. Warfarin), Antidepressiva, und andere (siehe Details unten).

·   Gs191 -> Die Kandidatin hat folgende Variante: rs1057910

Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

www.snpedia.com/index.php/Gs191

·   Gs151 -> CYP2C19 intermediate metabolizer. Your body breaks down some medicines at a slightly slower than normal rate. These medications include anti-epileptics (such as diazepam, phenytoin, and phenobarbitone), anti-depressants (such as amitriptyline and clomipramine), anti-platelet drug clopidogrel (Plavix), anti-ulcer proton pump inhibitors like omeprazole (trade names Losec and Prilosec), esomeprazole (trade name Nexium), and lansoprazole (Prevacid), and hormones (estrogen, progesterone).

https://www.snpedia.com/index.php/gs151

·   rs4244285(A;G) -> this SNP is in the CYP2C19 gene, potentially encoding the CYP2C19*2 variant. This variant is the most common reason for poor metabolism of compounds like mephenytoin (an anti-convulsant), some antidepressants, the anti-platelet drug Plavix, and some drugs used for ulcer conditions of various types.

https://www.snpedia.com/index.php/rs4244285
https://www.pharmgkb.org/variant/PA166154053/clinicalAnnotation

·   rs12777823(A;G) -> Association of CYP2C19 genotype with the antiplatelet effect and clinical efficacy of clopidogrel therapy. Avoid Plavix, higher risk for adverse cardiovascular events.

https://www.snpedia.com/index.php/rs12777823
https://www.pharmgkb.org/variant/PA166154157/clinicalAnnotation
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/225947/

·   Gs161 -> CYP2C9 intermediate metabolizer. 30% der Bevölkerung haben einen „Gs161 Genotyp“ (eine Kombination von bestimmten Varianten), die zu einem veränderten Stoffwechsel von bestimmten Medikamenten führt (Tamoxifen, Warfarin, Fluvastin und viele Nichtsteroidalen Antirheumatika (NSAID) wie z.B. Aspirin, Ibuprofen und Naproxen). Diese Personen benötigen eine andere Dosis dieser Medikamente um die gewünschte Wirkung zu erzielen.

https://www.snpedia.com/index.php/Gs161

·   rs10509680(G;T), rs1057911(A;T), rs1057910(A;C) -> SNPs in the CYP2C9 gene. Impaired Warfarin metabolism.

https://www.snpedia.com/index.php/rs10509680
https://www.snpedia.com/index.php/rs1057911
https://www.snpedia.com/index.php/rs1057910
https://www.pharmgkb.org/variant/PA166154109/clinicalAnnotation
https://www.pharmgkb.org/variant/PA166153959/clinicalAnnotation

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Genetisch verringerte Werte für LDL-Cholesterin und geringeres Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen

·   rs11591147(G;T) -> associated with lower LDL cholesterol levels & two to three fold reduced risk for both early- and late-onset cardiovascular disease.

https://www.snpedia.com/index.php/rs11591147
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/2878/

Erhöhtes Risiko für Schlaganfall und Herz-Kreislauf-Erkrankungen

·   rs1333049(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs1333049
·   rs2943634(C;C) -> higher risk of ischemic stroke; https://www.snpedia.com/index.php/rs2943634

Leicht erhöhtes Risiko für Bluthochdruck

·   rs891512(A;G) -> this SNP is an intronic variant in the NOS3 gene significantly associated with blood pressure. GG homozygotes had significantly lower levels of diastolic blood pressure (DBP) (-2.8 mm Hg; P = 0.016) and systolic blood pressure (SBP) (-1.9 mm Hg; P = 0.018) than A-allele carriers.

https://www.snpedia.com/index.php/rs891512
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2714087/pdf/ukmss-4441.pdf

Erhöhtes Risiko für Fettleibigkeit und Diabetes

·   rs7754840(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs7754840
·   rs1121980(T;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs1121980
·   rs1421085(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs1421085 

Erhöhtes Risiko für Endometriose, eine häufige, gutartige, oft schmerzhafte chronische Erkrankung, bei der der Gebärmutterschleimhaut ähnliches Gewebe außerhalb der Gebärmutterhöhle, meist im unteren Bauch- und Beckenraum, vorkommt. Es kann zu mit dem Menstruationszyklus verbundene krampfartige Schmerzen sowie zu chronischen Bauch- und Rückenschmerzen kommen.

·   rs9340799(G;G) -> is a SNP in the estrogen alpha receptor ESR1 gene, and it is also known as the -351A>G variant. Women have 10x risk of Endometriosis, but half the risk of Endometrial Cancer and 0.76x less cognitive impairment.

https://www.snpedia.com/index.php/rs9340799
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2613912/pdf/1471-2407-8-322.pdf
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3880708/pdf/DM35-06-796290.pdf

Erhöhtes Risiko für chronische Bluterkrankungen (JAK2 V617F-assoziierte myeloproliferative Neoplasie)

·   rs10974944(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs10974944
·   rs12343867(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs12343867
·   rs12340895(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs12340895
·   rs3780374(A;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs3780374

these 4 SNPs (out of 5) are associated with the same haplotype (JAK2 46/1) and usually occur together. This haplotype appears to predispose to V617F-positive neoplasms.

Wahrnehmung von bitterem Geschmack:

·   Gs227 -> You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs227 

Erhöhtes Risiko für eine Art von Augenerkrankung (Fuchs-Endotheldystrophie)

·   rs613872(G;T) -> ~5 fold higher risk for Fuchs' dystrophy, a corneal disorder. Fuchs's corneal dystrophy (FCD) is a leading cause of corneal transplantation and affects 5% of persons in the United States who are over the age of 40 years.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs613872

Erhöhtes Risiko für Altersblindheit (altersbedingte Makuladegeneration)

·   rs5888(C;T) -> rs5888 is a SNP in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two Caucasian populations totaling 2,498 patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration

https://www.snpedia.com/index.php/rs5888

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Träger für eine seltene (Schätzwert: 0,25% der Bevölkerung in Deutschland) autosomal-rezessive Erbkrankheit des Eisenstoffwechsels – Hämochromatose – bei der der Körper überschüssiges Eisen ansammelt. Bei Früherkennung kann die Krankheit erfolgreich behandelt werden. Bei fortgeschrittener Erkrankung kann es zu irreversiblen Organschäden (Leber, Bauchspeicheldrüse, Herz, Gelenken, Milz, Hirnanhangdrüse, Schilddrüse und Haut) kommen.

·   rs1800562(A;G) -> this SNP accounts for ~85% of all cases of hemochromostasis (when having 2 (A) alleles). The three most common HH-causing mutations in the HFE gene are C282Y (A at rs1800562 instead of G), H63D (G at rs1799945 instead of C), and S65C (T at i3002468 instead of A).

https://www.snpedia.com/index.php/rs1800562
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/9/
https://www.omim.org/entry/235200
https://de.wikipedia.org/wiki/H%C3%A4mochromatose

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

< keine >

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA22_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA22_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA22_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA22_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA22_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA23: Männlich, ca. 25 Jahre alt, volles braunes Haar, keine bekannten Krankheiten oder Allergien, blaue Augen

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinische Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

< keine >

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Erhöhtes Risiko für Morbus Behçet (maligne Aphtose), eine systemische, autoimmune Entzündung der Blutgefäße. Als typisch gelten die Kombination von Aphten im Mund und im Intimbereich sowie Entzündungen von Strukturen des Auges. Die Ursache ist nicht bekannt. Man geht davon aus, dass bestimmte genetische Voraussetzungen (Vorliegen des HLA-Typ B51) und der Kontakt mit äußeren Faktoren (Viren) zu einer Überreaktion des Immunsystems und zu einer unkontrollierten Entzündung führen können.

·   rs76546355(A;G) -> this SNP is associated with a 5,5x increased risk of Behçet's disease (study in an Iranian population)

https://www.snpedia.com/index.php/rs76546355
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4415285/pdf/13075_2015_Article_585.pdf

·   rs79556279(G;T) -> this SNP is associated with a 4,1x increased risk of Behçet's disease

https://www.snpedia.com/index.php/Rs79556279
http://www.pnas.org/content/111/24/8867.full.pdf

Erhöhtes Risiko für chronische Bluterkrankungen (V617F-assoziierte myeloproliferative Neoplasie)

·   rs12343867(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs12343867
·   rs12340895(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs12340895
·   rs3780374(A;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs3780374
·   rs10974944(C;G) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs10974944
·   rs4495487(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs4495487

these 5 SNPs are associated with the same haplotype (JAK2 46/1) and usually occur together. This haplotype appears to predispose to V617F-positive neoplasms.

Genetisch verringerte Werte für LDL-Cholesterin und geringeres Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen

·   rs11591147(G;T) -> associated with lower LDL cholesterol levels & two to three fold reduced risk for both early- and late-onset cardiovascular disease.

https://www.snpedia.com/index.php/rs11591147
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/2878/

·   Gs297 -> ~40% of people carry one minor allele at either of 2 SNPs, rs1108580 and rs1611115. This genoset is reported to have a 0.77x reduced risk of heart attack or cardiovascular incident. The candidate has the following genoset: rs1108580(A;G) and rs1611115(C;C)

https://www.snpedia.com/index.php/gs297
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4258174/pdf/nihms636581.pdf

Erhöhtes Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen

·   rs1333049(C;G) -> this SNP has been reported in a large study to be associated with heart disease, in particular, coronary artery disease. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is most likely (C); the odds ratio associated with heterozygotes is 1.47 (CI 1.27-1.70), and for homozygotes, 1.9 (CI 1.61-2.24). This SNP has also been reported to have the highest association of any SNP studied in a subsequent experiment conducted with the resources of the German MI [Myocardial Infarction] Family Study. It has been shown that regularly eating raw vegetables and fruit can reduce the risk to the same level as people without any copies of this SNP.

https://www.snpedia.com/index.php/rs1333049

Erhöhtes Risiko für Fettleibigkeit und Diabetes

·   rs1121980(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs1121980(C;T)
·   rs13266634(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs13266634
·   rs1421085(C;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs1421085
·   rs9939609(A;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs9939609

Moderat erhöhtes Risiko für Hirntumore vom Typ Gliom:

·   rs55705857(A;G) -> A study over 1,600 glioblastoma patients concluded that carriers of a ·   rs55705857(G) allele are at higher risk for developing a glioma disease subtype categorized by harboring IDH1 or IDH2 (somatic) mutations.

https://www.nature.com/articles/ng.2388  
https://www.snpedia.com/index.php/rs55705857

Wahrnehmung von bitterem Geschmack:

·   Gs227 -> You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs227 

Langsamer Koffein-Stoffwechsel führt zu einer leicht erhöhten Stimulation durch Kaffee:

·   Gs157 -> More stimulated by coffee. Common genotype in the gene CYP1A2 which metabolizes coffee more slowly than some other forms. The same amount of caffeine will tend to have more stimulating effect on slow metabolizers than on fast metabolizers.
http://www.snpedia.com/index.php/Gs157

Hohe Wahrscheinlichkeit für blaue Augen

·   rs12913832 -> https://www.snpedia.com/index.php/rs12913832
·   Gs259 -> https://www.snpedia.com/index.php/Gs259

Erhöhtes Risiko für eine Art von Augenerkrankung

·   rs613872(G;T) -> ~5 fold higher risk for Fuchs' dystrophy, a corneal disorder. Fuchs's corneal dystrophy (FCD) is a leading cause of corneal transplantation and affects 5% of persons in the United States who are over the age of 40 years.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs613872

Leicht erhöhtes Risiko für Altersblindheit (altersbedingte Makuladegeneration)

·   rs10490924(G;T) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs10490924

Reduziertes Risiko für Glatzenbildung

·   rs6152(A;A) -> https://www.snpedia.com/index.php/rs6152
www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.255.html

Charaktereigenschaften: optimistisch und empathisch

·   rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well
http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Träger für eine seltene (Schätzwert: 0,25% der Bevölkerung in Deutschland) autosomal-rezessive Erbkrankheit des Eisenstoffwechsels – Hämochromatose – bei der der Körper überschüssiges Eisen ansammelt. Bei Früherkennung kann die Krankheit erfolgreich behandelt werden. Bei fortgeschrittener Erkrankung kann es zu irreversiblen Organschäden (Leber, Bauchspeicheldrüse, Herz, Gelenken, Milz, Hirnanhangdrüse, Schilddrüse und Haut) kommen.

·   rs1799945(C;G) -> also known as H63D or His63Asp within the HFE gene, represents a SNP that accounts for a mild form of hereditary hemochromatosis (HH). The three most common HH-causing mutations in the HFE gene are C282Y (A at rs1800562 instead of G), H63D (G at rs1799945 instead of C), and S65C (T at i3002468 instead of A).

https://www.snpedia.com/index.php/rs1799945
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/10/
https://www.omim.org/entry/235200
https://de.wikipedia.org/wiki/H%C3%A4mochromatose

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

Träger einer genetischen Variante, die – in nur einer Studie – mit Taubheit assoziiert wurde. Weitere Studien werden benötigt um diese Assoziation zu bestätigen.

rs201539845(G;A) -> The single nucleotide variant 652G>A in the gene coding for myosin VIIA (MYO7A) leads to an amino acid substitution in the protein (Asp218Asn). This heterozygous 652G>A transition was identified in 1 study on affected members of a Chinese family with autosomal dominant nonsyndromic deafness-11, but not in 100 controls.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/29924/
https://www.omim.org/entry/276903#0019
https://www.nature.com/articles/jhg2010147.pdfe ist allerdings nicht ganz eindeutig):

·   rs5848(A;A) -> Increased risk of Fronto-Temportal Dementia (FTLD) and Alzheimer's disease. Meta-analysis of rs5848 association with Alzheimer's disease combining previous five studies for a total of 2502 Alzheimer's disease cases and 2162 controls found association in homozygous model (TT vs. CC: OR, 1.36; 95% CI, 1.11-1.66; P=0.003) as well as recessive model. FTLD is characterized by behavioral and/or language dysfunction, but usually without the amnesic syndrome involved in Alzheimer's disease at early stage.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs5848
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/29742/ 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18723524 (initial report: significant association found)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19446372 (replication: no association found)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24680777 (meta-analysis 1: significant association found)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25578179 (meta-analysis 2: significant association found)

Reduzierter Von-Willebrand-Faktor und Faktor-VIII Spiegel mit erhöhtem Risiko für Willebrand-Jürgens-Syndrom:
·   rs33978901(C;T) -> The rarer rs33978901(T) allele (in dbSNP and SNPedia orientation) leads to reductions in VWF and FVIII levels particularly in combination with blood group O. Its inheritance alone may be insufficient for the diagnosis of Von Willebrand disease, but it does appear to be associated with a further VWF level reduction in individuals with a second VWF mutation and it also contributes to population variance in VWF and FVIII levels.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs33978901

Erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung:
·   rs2180439(T;T) -> 2x increased risk of Male Pattern Baldness
http://www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.228.html

Möglicherweise erhöhtes Risiko für Alkohol/Heroin-Abhängigkeit:
·   rs1799971(A;G) -> http://www.snpedia.com/index.php/Rs1799971

Wahrnehmung von bitterem Geschmack:
You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good.
http://www.snpedia.com/index.php/Gs227

Sonstiges:

·   Charaktereigenschaften: rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well
http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

·   Gedächtnis: rs17070145(C;T) -> Increased memory performance
http://www.snpedia.com/index.php/rs17070145

·   Sport: rs2070744(T;T) -> Cardiovascular differences. This is found in high frequency male athletes from power sports such as jumpers, throwers, and sprinters. There may be negative health consequences with increased risk of cardiovascular disorders
https://www.snpedia.com/index.php/Rs2070744

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Wahrscheinlicher Überträger-Status für einen seltenen Immundefekt (MPO-Defizienz):
·   rs28730837 -> MPO:uc002ivu.1:exon7:c.995C>T:p.(Ala332Val)

Myeloperoxidase deficiency
http://www.omim.org/entry/606989?search=rs28730837&highlight=rs28730837
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/3630/

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

Genetische Variante wurde als Ursache von Taubheit beschrieben (unwahrscheinlich)
·   rs121909305 -> MYO1A:uc001smw.5:exon5:c.277C>T:p.(Arg93*)
Deafness, autosomal dominant 48 (uncertain significance)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/8146/
http://www.omim.org/entry/607841

Genetische Variante verursacht möglicherweise epilepsieartige Krampfanfälle (unwahrscheinlich)
·   rs41307846 -> GABRD:uc001aip.2:exon6:c.659G>A:p.(Arg220His)
Epilepsy, generalized, with febrile seizures plus, type 5 (susceptibility)
http://www.omim.org/entry/137163?search=rs41307846&highlight=rs41307846
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/16213/

Genetische Variante führt möglicherweise zu einem erhöhten Krebsrisiko (eher unwahrscheinlich, unklare Datenlage)
·   rs1801166 -> APC:uc003kpy.4:exon16:c.3949G>C:p.(Glu1317Gln)
Familial adenomatous polyposis 1 & hereditary cancer-predisposing syndrome
http://www.omim.org/entry/611731?search=APC

Conflicting interpretations of pathogenicity
Benign(4);Likely benign(1);Pathogenic(2);Uncertain significance(2)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/829/

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA23_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA23_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA23_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA23_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGA23_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

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