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Sequenz 04

Buch des Lebens

Unser Genom: Ein Buch des Lebens

Die Menschen sind verschieden. Braune Haare, blaue Augen, wie groß wir sind und wie viel Schlaf wir brauchen – vieles wird von unseren Genen beeinflusst. Das Genom des Menschen – auch Erbgut genannt – besteht aus vielen tausend Genen und drei Milliarden einzelnen „Buchstaben“, die zusammen einmalig wie ein Fingerabdruck sind. Vieles wird von unserem Genom vorbestimmt, aber bei weitem nicht alles. Äußere Einflussfaktoren wie z.B. Ernährung oder Bewegung spielen eine wichtige Rolle. Was wir aus unseren Anlagen machen, bleibt uns selbst überlassen. Ein großgewachsener Mensch ist nicht automatisch auch ein guter Basketball-Spieler. Dazu braucht es Motivation, Training, Förderung und auch ein bisschen Glück.

Genome verstehen

Das menschliche Genom ist auf DNA-Molekülen als eine Reihe von etwa drei Milliarden biochemischen „Buchstaben“ geschrieben. Dieser Bauplan wird gelesen und steuert damit die Funktion und das Zusammenspiel von Billionen Zellen im menschlichen Körper. In den Jahren 1990 bis 2003 wurde ein großes internationales Forschungsprojekt durchgeführt, bei dem die Reihenfolge dieser Buchstaben mit technischen Mitteln ausgelesen (sequenziert) und in Computern gespeichert wurde. Diese Sequenzierung des menschlichen Genoms im Rahmen des "Human Genome Projects" hat dazu geführt, dass wir mittlerweile den genetischen Aufbau aller menschlichen Gene kennen, auch wenn wir die genaue Funktion vieler Gene noch nicht verstehen. 

Es gibt allerdings nicht nur ein menschliches Genom, sondern viele unterschiedliche Genome der Menschen. Die Genome von zwei Individuen unterscheiden sich an etwa 3 Millionen Stellen. Das entspricht 0,1% des gesamten Genoms. WissenschaftlerInnen und auch Privatpersonen interessieren sich für diese Unterschiede und ihre Bedeutung. Das Genom ist nämlich nicht nur für die biologische und medizinische Forschung wichtig, sondern es bietet auch interessante Einblicke in die eigene Familiengeschichte, die geographische Herkunft der Urahnen und generell einen Impuls, sich mit der persönlichen Geschichte, Gesundheit und Lebensweise zu beschäftigen.

Wir haben einige interessante Webseiten und Videos zusammengetragen, in denen Sie mehr über die Rolle des Genoms für uns Menschen erfahren können:

Genomsequenzierung

Die Genome der TeilnehmerInnen werden von der gemeinsamen Biomedical Sequencing Facility des CeMM und der MedUni Wien (http://biomedical-sequencing.at) auf modernen Sequenzierungsgeräten (z.B. Illumina HiSeq) analysiert. Dabei wird das Verfahren des Whole Genome Sequencing mit einer Sequenzierungstiefe von ca. 40x verwendet. Die Rohdaten werden bioinformatisch mit einer spezialisierten Software-Pipeline am CeMM prozessiert, die unter anderem die Tools Picard und GATK verwendet. Bei der Interpretation der Daten werden unter anderem die folgenden Bioinformatik-Tools und Datenbanken verwendet: Exomiser, OMIM, HGMD, ClinVar, IGV, UCSC Genome Browser, Ensembl, Interpretome & SNPedia.

Nur zu Forschungszwecken

Alle Ergebnisse von Genom Austria dienen ausschließlich zu Forschungs-, Kultur- und Bildungszwecken und sollten technologiebedingt als vorläufig, unvollständig und potentiell fehlerbehaftet betrachtet werden. Unter keinen Umständen dürfen Daten von Genom Austria ohne Validierung durch einen behandelnden Arzt für die Diagnose von Krankheiten oder für andere medizinische Zwecke eingesetzt werden. Sollte sich aus den Daten oder aus der Kommunikation rund um Genom Austria das Bedürfnis oder die Notwendigkeit einer medizinischen Entscheidung, Behandlung oder Betreuung ergeben, dann muss dies über einen behandelnden Arzt geschehen. Genom Austria kann hier gern entsprechende Kontakte vermitteln, nimmt aber selbst keine ärztlichen oder diagnostischen Aufgaben wahr.

 

Genome der PionierInnen

Abbildung: plot of two principal components. Genetische Herkunft: Die Darstellung ordnet allen TeilnehmerInnen eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

 

Die persönlichen Genome der PionierInnen sind ein zentraler Bestandteil von Genom Austria, denn sie machen unser Genom greifbar und für alle Interessierten einsehbar. Auf dieser Seite werden die Genome der freiwilligen TeilnehmerInnen veröffentlicht, nachdem sie sequenziert, analysiert und von der Teilnehmerin bzw. dem Teilnehmer für die Veröffentlichung freigegeben wurden. Alle Daten sind frei verfügbar und können zum Beispiel für wissenschaftliche und künstlerische Projekte ohne Einschränkungen verwendet werden. Die PionierInnen von Genom Austria wurden darüber aufgeklärt, dass Genomdaten nie komplett anonym sind. Trotzdem fordern wir Sie als Leser und potentieller Nutzer der hier bereitgestellten Daten auf, sie verantwortungsvoll und nicht missbräuchlich zu verwenden.

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden. Unter "Genomdaten" der einzelnen Pioniere finden Sie Links zum Download des jeweiligen Genoms. Einiges kann man recht leicht herauslesen, aber vieles ist kompliziert und auch für die Wissenschaft noch unverständlich.

Gewisse genetische Marker geben zum Beispiel Aufschluss über die Herkunft, was in der Abbildung für alle Pioniere dargestellt wird.

Weiters finden Sie einen Link um das Genom in einem sogenannten Genomebrowser anzusehen (was das genau ist, wird im Anschluss im Rahmen der Genomdaten von PGA1 erklärt). Außerdem können alle detektierten genetischen Varianten (seltene und häufige) angesehen werden.

PGA 1: Männlich, etwa 50 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Auf ausdrücklichen Wunsch von PGA 1, veröffentlichen wir hier den Namen des ersten freiwilligen Teilnehmers von Genom Austria: Giulio Superti-Furga

Genomvisualisierung PGA1: Normale Variabilität

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Die obige Darstellung zeigt alle Positionen, in denen sich das jeweilige persönliche Genom vom menschlichen Referenzgenom unterscheidet, und sie zoomt anschließend beispielhaft auf eine dieser genetischen Variationen.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report)

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.


Potenziell medizinisch nützliche Informationen
(Achtung: Verwendung für medizinischen Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

Erhöhte Wirkung von Coumadin/Warfarin-Medikamenten zur Blutverdünnung (daher niedriger zu dosieren):

rs9934438(A;A) -> Coumadin (warfarin) resistance. Patients with the AA genotype who are treated with warfarin may require a lower dose as compared to patients with the AG or GG genotype. Other genetic and clinical factors may also influence a patient's required dose of warfarin.
www.snpedia.com/index.php/Rs9934438
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/37344/
https://www.pharmgkb.org/rsid/rs9934438

Reduzierte Verstoffwechslung von bestimmten Medikamenten (Mephenytoin, Plavix, etc., daher weniger Wirkung und mehr Nebenwirkungen):

rs4244285(G;A) -> rs4244285 is a SNP in the CYP2C19 gene, potentially encoding the CYP2C19*2 variant. This variant is the most common reason for poor metabolism of compounds like mephenytoin (an anti-convulsant), some antidepressants, the anti-platelet drug Plavix, and some drugs used for ulcer conditions of various types.
www.snpedia.com/index.php/Rs4244285
https://www.pharmgkb.org/rsid/rs4244285

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden)

Erhöhtes Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen:

rs1333049(C;C) & rs10757278(G;G) & rs2383206(G;G) -> Increased risk for CAD. rs1333049 has been reported in a large study to be associated with heart disease, in particular, coronary artery disease. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is most likely (C); the odds ratio associated with heterozygotes is 1.47 (CI 1.27-1.70), and for homozygotes, 1.9 (CI 1.61-2.24). This SNP has also been reported to have the highest association of any SNP studied in a subsequent experiment conducted with the resources of the German MI [Myocardial Infarction] Family Study. It has been shown that regularly eating raw vegetables and fruit can reduce the risk to the same level as people without any copies of this SNP.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs1333049
http://www.snpedia.com/index.php/rs10757278
http://www.snpedia.com/index.php/Rs2383206

rs2200733(T;T) -> 1.5x increased risk of Atrial Fibrillation and ischemic stroke. Two defective copies. This affects the formation of the heart and gives a higher risk of Atrial Fibrillation (quivering of the top part of the heart), and Cardioembolic and Ischemic strokes (blocked blood flow to the brain). Based on several quality studies, and confirmed for Europeans and Asians.
www.snpedia.com/index.php/Rs2200733

rs2943634(C;C) -> higher risk of ischemic stroke. rs2943634 is a SNP found to be reproducibly associated with heart disease
www.snpedia.com/index.php/Rs2943634

rs6318(C;C) -> 1.4x increased risk for cardiac events in patients; apparently stress (cortisol) related. Likely stronger emotional response to stress, and apparently (slightly?) higher risk for affective disorders (major depressive and bipolar disorders). Poorer lipid profiles have also been reported.
www.snpedia.com/index.php/Rs6318

Erhöhtes Risiko für Bluthochdruck:

rs891512(A;G) -> rs891512 is an intronic variant in the NOS3 gene significantly associated with blood pressure. GG homozygotes had significantly lower levels of diastolic blood pressure (DBP) (-2.8 mm Hg; P = 0.016) and systolic blood pressure (SBP) (-1.9 mm Hg; P = 0.018) than A-allele carriers.
www.snpedia.com/index.php/Rs891512

Erhöhten Risiko für Fettleibigkeit und Diabetes:

rs10830963(G;G) -> www.snpedia.com/index.php/rs10830963
rs13266634(C;T) -> www.snpedia.com/index.php/rs13266634
rs1801282(C;G) -> www.snpedia.com/index.php/Rs1801282
rs17817449(T;G) -> www.snpedia.com/index.php/Rs17817449

Leicht erhöhtes Risiko für verschiedene Krebsarten:

Schilddrüsenkrebs: rs944289(T;T) -> slightly increased risk for thyroid cancer. Each T at rs944289 increased the odds of thyroid cancer by 1.37 times.
www.snpedia.com/index.php/Rs944289
blog.23andme.com/23andme-research/snpwatch/snpwatch-two-gene-variations-linked-to-thyroid-cancer/

Prostatakrebs & Darmkrebs:
1.3x risk of prostate cancer; aspirin reduces risk of colorectal cancer www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa075819
www.snpedia.com/index.php/Rs6983267

Melanom & Plattenepithelkarzinom
rs910873(A;G) increased risk of melanoma; increased risk of squamous cell carcinoma
www.snpedia.com/index.php/Rs910873

Erhöhtes Risiko für myeloproliferative Neoplasien (chronischen Bluterkrankungen):

rs10974944(C;G) & rs12340895(C;G) -> Increased odds of developing V617F-positive MPN; www.snpedia.com/index.php/rs12340895

Erhöhtes Risiko für Altersblindheit:

rs5888(C;T) -> rs5888 is a SNP in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two Caucasian populations totaling 2,498 patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration;

http://www.snpedia.com/index.php/Rs5888

Genetische Varianten, die oft bei Leistungssportler (insbesondere Sprintern) angetroffen werden:

rs2070744(T;T) -> Cardiovascular differences. This is found in high frequency male athletes from power sports such as jumpers, throwers, and sprinters. There may be negative health consequences with increased risk of cardiovascular disorders https://www.snpedia.com/index.php/Rs2070744

Reduziertes Risiko für männliche Glatzenbildung:

rs6152(A;A) -> www.snpedia.com/index.php/Gs122 www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.255.html

Möglicherweise erhöhtes Risiko für Alkohol/Heroin-Abhängigkeit:

rs1799971(A;G) -> www.snpedia.com/index.php/Rs1799971

Charaktereigenschaften:

rs4680(A;A) -> Worrier rather than warrior. More exploratory, lower COMT enzymatic activity, therefore higher dopamine levels; lower pain threshold, enhanced vulnerability to stress, yet also more efficient at processing information under most conditions
http://www.snpedia.com/index.php/Rs4680   

rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well
http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

Genetisch bedingt höhere Gedächtnisleistung:

rs17070145(C;T) -> Increased memory performance
www.snpedia.com/index.php/Rs17070145
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/1213/


Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist)

Überträger-Status für Beta-Thalassämie (es können zusätzlich schwache Symptome auftreten: Anämie/Blutarmut, leicht vergrößerte Milz):

HBB:uc001mae.1:exon2:c.118C>T:p.(Gln40*), rs11549407 -> Beta Thalassemia carrier
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/15402/
www.snpedia.com/index.php/Rs11549407

(Hintergrund: Hämoglobin und Malaria. Der Teilnehmer hat eine Mutation im Hämoglobin-Gen HBB, welches für den Sauerstofftransport in roten Blutkörperchen wichtig ist. Zum Glück ist nur eine der beiden Kopien dieses Gens betroffen, so dass dieser Gendefekt außer gewissen Einschränkungen beim Ausdauersport keine negativen Auswirkungen hat. Außerdem schützt diese Mutation teilweise gegen Malaria, weswegen sie bei Personen aus heutigen oder historischen Malariagebieten (in diesem Fall: die Po-Ebene in Norditalien) weit verbreitet ist.)

Möglicher Überträger-Status für einen schweren Immundefekt:

DCLRE1C:uc001inl.3:exon7:c.97G>A:p.(Gly33Arg), rs41297018 -> Omenn syndrome & Severe combined immunodeficiency, Athabascan type
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/35998/
www.omim.org/entry/605988


Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Möglicherweise erhöhtes Risiko für verschiedene Krebsarten:

CDKN2A:uc003zpl.3:exon2:c.382G>A:p.(Ala128Thr), rs575031539 -> Hereditary cancer-predisposing syndrome (uncertain significance)
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/142725/
www.omim.org/entry/600160

Möglicherweise erhöhtes Risiko für Nierenschäden:

FN1:uc002vfa.3:exon29:c.4631A>T:p.(Asp1544Val) -> Glomerulopathy with fibronectin deposits
www.omim.org/entry/135600

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA1_sequences.bam  Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA1_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA1_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA1_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für genetische Varianten

PGPC1_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA2: Weiblich, etwa 70 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten.

Link zum Report

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

 

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinischen Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

Mögliche Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten:

Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

www.snpedia.com/index.php/Gs191

Mögliche Nebenwirkungen bei Azathioprin (einem Medikament, das die Immunabwehr unterdrückt):

rs1800460(A;G), rs1800462(C;G) -> (TPMT*3B) impaired drug metabolism. Individual differences in TPMT activity associated with this SNP are now used to determine appropriate dosage range and interval for treatment.
www.snpedia.com/index.php/Rs1800460
www.snpedia.com/index.php/Rs1800462
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/37126/
www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK100661/


Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden)

Genetisch verringerte Werte für LDL-Cholesterin und geringeres Risiko von Herz-Kreislauf-Erkrankungen:

rs11591147(G;T) -> associated with lower LDL cholesterol levels & two to three fold reduced risk for both early- and late-onset cardiovascular disease.
www.snpedia.com/index.php/Rs11591147
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/2878/

Möglicherweise erhöhtes Risiko für HIV-Infektion und AIDS:

rs3732379(T;T) -> increased susceptibility increased susceptibility to HIV infection and rapid progression to full-blown AIDS has been reported
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/8152/
science.sciencemag.org/content/287/5461/2274.long

Verringerte Aktivität des MTHFR-Enzyms, dadurch erhöhtes Risiko von Neuralrohrdefekt-Fehlbildungen des Kinders während der Schwangerschaft:

rs1801133(T;T) -> Homozygous rs1801133(T;T) individuals have ~30% of the expected MTHFR enzyme activity, resulting in high homocysteine, low B12 and folate levels. Moderately increased odds of having a child with a neural tube defect. Slightly increased risk for several other diseases.
www.snpedia.com/index.php/Rs1801133(T;T)
www.snpedia.com/index.php/Rs1801133
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/3520/

Leicht erhöhtes Risiko für Schwerhörigkeit im Alter:

rs1799930(A;A) -> Increased risk of Age Related Hearing Impairment(ARHI), also known as presbycusis.
www.snpedia.com/index.php/Rs1799930
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17513527
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16369173

Veränderteres Risiko für Altersblindheit (altersbedingte Makuladegeneration):

rs5888(C;T) -> www.snpedia.com/index.php/Rs5888 (increased risk)
rs1061170(C;T) -> www.snpedia.com/index.php/Rs1061170 (increased risk)
rs3775291(A;G) -> www.snpedia.com/index.php/Rs3775291 (decreased risk)

Genetisch bedingt höhere Gedächtnisleistung:

rs17070145(T;T) -> improved memory performance
www.snpedia.com/index.php/Rs17070145
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/1213/

Genetische Varianten, die oft bei Leistungssportler (insbesondere Sprintern) angetroffen werden:

rs1815739(C;C) -> This genotype indicates better performing muscles, particularly for sprinting and power sports. Fast-twitch muscle fibers are able to produce alpha-actinin-3. Professional sprinters usually have this, although it is less common for endurance athletes.
www.snpedia.com/index.php/Rs1815739
rs2070744(T;T) -> Cardiovascular differences. This is found in high frequency male athletes from power sports such as jumpers, throwers, and sprinters. There may be negative health consequences with increased risk of cardiovascular disorders.
www.snpedia.com/index.php/Rs2070744(T;T)

Genetische Variante, die mit trockenem Ohrenschmalz und reduziertem Körpergeruch einhergeht (besonders verbreitet bei Personen aus Ostasien):

rs17822931(T;T) -> Dry earwax. No body odour. Likely Asian ancestry. Reduced colostrum. This is what causes most Asians to have dry flaky earwax instead of wet earwax. It is also what causes Asians to not have body odour and not need to use deodorant. It suggests Asian ancestry, although it can also occur in white people.
www.snpedia.com/index.php/Rs17822931

(Background: The history of the migration of humans can be traced back using the ABCC11 gene alleles. The variation between ear wax and body odor in ethnicities around the world are specifically due to the ABCC11 gene alleles. It is hypothesized that 40,000 years ago, an ancient northern Mongoloid tribe evolved the dry ear wax phenotype that followed a spread of the dry ear wax allele to other regions of Asia via migration of the ancient tribe. The gene spread as a result of it being a beneficial adaption or through an evolutionary neutral mutation mechanism that went through genetic drift events.
https://en.wikipedia.org/wiki/ABCC11#Demographics)

Wahrnehmung von bitterem Geschmack:

You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good.
www.snpedia.com/index.php/Gs227


Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Träger von einer seltenen genetischen Ursache von Mikrophthalmie (einer Störung der Augenentwicklung):

PRSS56:uc021vyh.1:exon8:c.904G>T:p.(Val302Phe) -> Carrier status for autosomal recessive microphthalmia (Microphthalmia, isolated 6).
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/183171/
www.omim.org/entry/613858
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21850159


Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Genetische Variante führt möglicherweise zu einem erhöhten Risiko für eine schwere Narkose-bedingte Komplikation (allerdings ist die Variante in der Bevölkerung häufiger als die Erkrankung, daher es eine Kausalität recht unwahrscheinlich):

RYR1:uc002oit.3:exon86:c.11798A>G:p.(Tyr3933Cys), rs147136339 -> Malignant hyperthermia susceptibility (MHS), a skeletal muscle disorder most often inherited as an autosomal dominant trait, is one of the main causes of death due to anesthesia. Except for this susceptibility to triggering agents, MHS patients are not clinically distinguishable from the general population (summary by Monnier et al., 1997). Anaesthesia for known MH susceptible patients requires avoidance of triggering agents (all volatile anaesthetic agents and succinylcholine). All other drugs are safe (including nitrous oxide), as are regional anaesthetic techniques.
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/133021/
www.omim.org/entry/145600

Genetische Variante führt möglicherweise zu einem erhöhten Risiko für Magenkrebs (unklare Datenlage, eher unwahrscheinlich):

www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/140840/

CDH1:uc002ewg.1:exon15:c.2336G>A:p.(Arg779Gln), rs587781311 -> Hereditary diffuse gastric cancer is an autosomal dominant cancer predisposition syndrome. Heterozygous CDH1 mutation carriers have a 70 to 80% lifetime risk of developing diffuse gastric cancer. In addition to gastric cancer, up to 60% of female mutation carriers develop lobular carcinoma of the breast, and some carriers may develop colorectal cancer. Identification of mutation carriers is important, because the characteristic microscopic foci of signet ring cell adenocarcinoma in HDGC usually involves the submucosa and is often not readily detectable by routine upper endoscopy screening (summary by Fitzgerald et al., 2010).
www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/140840/
www.omim.org/entry/192090

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA2_sequences.bam  Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA2_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA2_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA2_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für genetische Varianten

PGPC24_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA4: Männlich, etwa 60 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten.

Link zum Report

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinischen Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Mögliche Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten:

  • Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.
    http://www.snpedia.com/index.php/Gs191
  • CYP2C19 Intermediate Metabolizer. Your body breaks down some medicines at a slightly slower than normal rate: *anti-epileptics (such as diazepam, phenytoin, and phenobarbitone) *anti-depressants (such as amitriptyline and clomipramine) *anti-platelet drug clopidogrel (Plavix) *anti-ulcer proton pump inhibitors like omeprazole (trade names Losec and Prilosec), esomeprazole (trade name Nexium), and lansoprazole (Prevacid) *hormones (estrogen, progesterone).
    http://www.snpedia.com/index.php/Gs151

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Erhöhtes Risiko für Prostatakrebs und Darmkrebs:

Erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung:

http://www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.255.html

http://www.snpedia.com/index.php/Gs122

Erhöhtes Risiko für Nikotin-Abhängigkeit:

rs16969968(A;A) -> Associated with smoking phenotype (p=0.007) based on association study of 2,000+ individuals, and functional studies demonstrated that the risk allele decreased response to a nicotine agonist, therefore the rs16969968(A) allele is likely to be involved in nicotine dependence.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs16969968

Erhöhtes Risiko für Altersblindheit (altersbedingte Makuladegeneration):

rs5888(C;T) -> http://www.snpedia.com/index.php/Rs5888

rs10490924(G;T) -> http://www.snpedia.com/index.php/Rs10490924

rs1061170(C;T) -> http://www.snpedia.com/index.php/Rs1061170

Erhöhtes Risiko für eine Vorform von Leukämie (V617F-assoziierte myeloproliferative Neoplasie):

rs10974944(C;G) -> http://www.snpedia.com/index.php/Rs10974944

Resistenz gegen Norovirus-Infektionen:

rs601338(A;A) -> Resistance to Norovirus infection This genotype confers genetic immunity to infection by the Norwalk norovirus, a major (and contagious) cause of acute gastroenteritis worldwide.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs601338

Wahrnehmung von bitterem Geschmack:

You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs227

Charaktereigenschaften:

rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well

http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

Laktose-Toleranz:

Probably able to digest milk 77% of Europeans with this are able to digest lactose and dairy products. People without this are more likely to experience lactose intolerance.

http://www.snpedia.com/index.php/gs101

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Hämochromatose (erhöhte Aufnahme von Eisen, eine der häufigsten genetischen Erkrankungen) :

  • rs1799945(C;G) -> One copy of H63D, carrier of hemochromatosis, likely unaffected unless also C282Y carrier

    Roughly one in 200 individuals with European ancestry has two copies of C282Y and roughly one in 10 carries one copy of this mutation. Although more than 70% of people with two copies of C282Y will exhibit evidence of iron overload in blood tests, only a small percentage of people with this genotype will actually develop clinical symptoms such as liver disease and arthritis.

    A Historical Perspective on Hemochromatosis
    The relatively high frequency of the C282Y mutation in people with European ancestry has prompted scientists to speculate that despite the dangers of high iron levels, there was at some point in the evolutionary past an advantage to having this genetic change. Several theories have been proposed. One is that variation in the HFE gene arose as people began farming and increased their consumption of cereal grains, which are lower in iron content than the red meat that predominated in stone age diets. Another theory is that increased iron levels were advantageous because they protect women against iron deficiency brought on by menstruation and childbirth. Another theory takes into account the fact that HH actually leads to a reduction of iron levels in macrophages, which may have given people an advantage in the past by making them resistant to certain infections. None of these theories has been proven.

Angeborene Erkrankungen der Glykosylierung (eine seltene Stoffwechselerkrankung):

rs397515328 -> DPAGT1:uc001pvi.3:exon1:c.85A>T:p.(Ile29Phe)

Congenital disorder of glycosylation type 1J

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/65470/

http://www.omim.org/entry/191350?search=DPAGT1

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

Genetische Variante führt möglicherweise zu einem erhöhten Risiko für seltene Krebserkrankungen

rs11214077 -> SDHD:uc001pmz.4:exon2:c.149A>G:p.(His50Arg)

Carcinoid tumors, intestinal (AD)

Cowden syndrome 3

Merkel cell carcinoma, somatic

Paraganglioma and gastric stromal sarcoma

Paragangliomas 1, with or without deafness (AD)

Pheochromocytoma (AD)

Conflicting interpretations of pathogenicity, not provided

Benign(1);Pathogenic(4);Uncertain significance(1)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/6909/

Genetische Variante verursacht möglicherweise Veränderungen des Herzmuskels (eher unwahrscheinlich)

rs199865688 -> MYBPC3:uc021qir.1:exon23:c.1453G>A:p.(Glu485Lys)

Cardiomyopathy, dilated, 1MM

Cardiomyopathy, hypertrophic

Left ventricular noncompaction

Conflicting interpretations of pathogenicity

Likely benign(5);Pathogenic(2);Uncertain significance(2)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/42626/

Genetische Variante verursacht möglicherweise epilepsieartige Krampfanfälle (unwahrscheinlich)

rs74582884 -> KCNQ3:uc003yti.3:exon13:c.1360C>T:p.(Pro454Ser)

Seizures, benign neonatal, type 2

Conflicting interpretations of pathogenicity

Benign(1);Pathogenic(1);Uncertain significance(1)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/21411/

Genetische Variante verursacht möglicherweise eine Erkrankung der Gallenblase (unwahrscheinlich)

rs45575636 -> ABCB4:uc003uiv.1:exon15:c.1769G>A:p.(Arg590Gln)

Cholestasis, intrahepatic, of pregnancy, 3 (AD, AR)

Gallbladder disease 1 (AD, AR)

Conflicting interpretations of pathogenicity

Pathogenic(2);Uncertain significance(1)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/13697/

Genetische Variante verursacht möglicherweise Fehlbildungen der Venen in der Haut (unwahrscheinlich)

TEK:uc003zqi.4:exon2:c.67G>A:p.(Ala23Thr)

Venous malformations, multiple cutaneous and mucosal

http://www.omim.org/entry/600221

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA4_sequences.bam  Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA4_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA4_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA4_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für genetische Varianten

PGPC4_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA5: Männlich, kein Alter angegeben

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

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Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

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Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten.

Link zum Report

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten

XLSX-Datei bitte herunterladen

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

 

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinischen Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

Reduziertes Ansprechen und mögliche Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten:

rs4244285(A;A) -> Patients prescribed Plavix get less benefit, and have higher risk for adverse cardiovascular events. This has now (2010) been acknowledged by the FDA, who have added a boxed warning to Plavix, alerting patients and health care professionals that the drug can be less effective in people who have CYP2C19 variants and cannot convert the drug as effectively to its active form.
www.snpedia.com/index.php/Rs4244285

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden)

Erhöhten Risiko für Fettleibigkeit und Diabetes:

rs10830963(G;G) -> http://www.snpedia.com/index.php/rs10830963 
rs1421085(C;C) -> http://www.snpedia.com/index.php/rs1421085 
rs1121980(T;T) -> http://www.snpedia.com/index.php/rs1121980(T;T) 
rs9939609(A;A) -> http://www.snpedia.com/index.php/rs9939609 
rs1801282(C;G) -> http://www.snpedia.com/index.php/rs1801282(C;G) 
rs13266634(C;T) -> http://www.snpedia.com/index.php/rs13266634 

Reduziertes Risiko für männliche Glatzenbildung:

rs6152(A;A) -> http://www.snpedia.com/index.php/Gs122 
www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.255.html&nbsp;

Möglicherweise erhöhtes Risiko für Alkohol/Heroin-Abhängigkeit:

rs1799971(A;G) -> http://www.snpedia.com/index.php/Rs1799971 

Überträger-Status für genetische Erkrankungen 
(diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Hämochromatose (erhöhte Aufnahme von Eisen, eine der häufigsten genetischen Erkrankungen) :

rs1799945(C;G) -> One copy of H63D, carrier of hemochromatosis, likely unaffected unless also C282Y carrier

(Background: Roughly one in 200 individuals with European ancestry has two copies of C282Y and roughly one in 10 carries one copy of this mutation. Although more than 70% of people with two copies of C282Y will exhibit evidence of iron overload in blood tests, only a small percentage of people with this genotype will actually develop clinical symptoms such as liver disease and arthritis.

A Historical Perspective on Hemochromatosis

The relatively high frequency of the C282Y mutation in people with European ancestry has prompted scientists to speculate that despite the dangers of high iron levels, there was at some point in the evolutionary past an advantage to having this genetic change. Several theories have been proposed. One is that variation in the HFE gene arose as people began farming and increased their consumption of cereal grains, which are lower in iron content than the red meat that predominated in stone age diets. Another theory is that increased iron levels were advantageous because they protect women against iron deficiency brought on by menstruation and childbirth. Another theory takes into account the fact that HH actually leads to a reduction of iron levels in macrophages, which may have given people an advantage in the past by making them resistant to certain infections. None of these theories has been proven.)

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Genetische Variante verursacht möglicherweise epilepsieartige Krampfanfälle (eher unwahrscheinlich):

rs267607083 -> SOX17:uc003xsb.4:exon2:c.775T>A:p.(Tyr259Asn)

Mutations in SOX17 are associated with congenital anomalies of the kidney and the urinary tract

Vesicoureteral reflux 3 (VUR3): A disease belonging to the group of congenital anomalies of the kidney and urinary tract. It is characterized by the reflux of urine from the bladder into the ureters and sometimes into the kidneys, and is a risk factor for urinary tract infections. Primary disease results from a developmental defect of the ureterovesical junction. In combination with intrarenal reflux, the resulting inflammatory reaction may result in renal injury or scarring, also called reflux nephropathy. Extensive renal scarring impairs renal function and may predispose patients to hypertension, proteinuria, renal insufficiency and end-stage renal disease. The disease is caused by mutations affecting the gene represented in this entry.

http://www.omim.org/entry/610928 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/18413/ 
https://en.wikipedia.org/wiki/Vesicoureteral_reflux

Genetische Variante verursacht möglicherweise epilepsieartige Krampfanfälle (unwahrscheinlich):

CHRNB2:uc001ffg.3:exon5:c.889G>A:p.(Val297Ile)
Epilepsy, nocturnal frontal lobe, 3
http://www.omim.org/entry/605375

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA5_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA5_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA5_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA5_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGPC5_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA6: Weiblich, etwa 30 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

 

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinischen Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

Mögliche Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten:

• Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs191

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten
(diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Moderat erhöhtes Risiko für Typ-1-Diabetes

rs9272346(A;A) -> Although found in approximately 1/3rd of all people, this variation appears to significantly increase risk of Type-1 diabetes. This increases your relative risk approximately 18x, which changes your lifetime risk from a very small 0.04% to a still very small 0.75% chance. Your odds are not 75%, they are 0.75%, which is less than 1%.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs9272346 

Leicht verringertes Risiko für Herzinfarkt, aber leicht erhöhtes Risiko für Altersblindheit
rs3732379(C;T) -> Coronary artery disease (resistance), age-related macular degeneration (susceptibility)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/8152/ 

Leicht erhöhtes Risiko für Brustkrebs:
rs2981582(C;T) ->  rs2981582 in the FGFR2 gene was one of the four strongest associations found in a genome-wide association study (GWAS) of over 4,000 breast cancer samples. The T allele was more strongly related to ER-positive (per-allele odds ratio 1.31 (CI: 1.27-1.36)) than ER-negative (odds ratio 1.08 (CI:1.03-1.14)) disease (p for heterogeneity = 10(-13)). While on its own still of fairly small effect, this was the most significant of 7 SNPs to help estimate risk of breast cancer. Family history and/or BRCA1 or BRCA2 testing status are more significant factors
http://www.snpedia.com/index.php/Rs2981582 

Höhere Werte für HDL ("gutes Cholesterin")
rs3764261(T;T) -> T allele is associated with 3.47mg/dl increase in HDL cholesterol (good cholesterol). [PharmGKB:Non-Curated Phenotype: In a GWAS, this SNP was significantly associated with plasma concentrations of HDL-C and apolipoprotein A1. Study size: 6382. Study population/ethnicity: Caucasian women.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs3764261 

Erhöhtes Risiko psychologischer Nebenwirkungen bei Konsum von Cannabis
rs2494732(C;C) -> A case-control study of 489 first-episode psychosis patients concluded that while rs2494732 was not associated with an increased risk of a psychotic disorder, with lifetime cannabis use, or with frequency of use, there was a significant association between psychosis and cannabis use. rs2494732(C;C) individuals with a history of cannabis use had an increased likelihood of a psychotic disorder (odds ratio 2.18, CI: 1.1 - 4.3) when compared with users who were (T;T) carriers.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22831980 

Wahrnehmung von bitterem Geschmack:
You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good.
http://www.snpedia.com/index.php/Gs227 

Charaktereigenschaften

• rs4680(A;A) -> Worrier rather than warrior. More exploratory, lower COMT enzymatic activity, therefore higher dopamine levels; lower pain threshold, enhanced vulnerability to stress, yet also more efficient at processing information under most conditions
http://www.snpedia.com/index.php/Rs4680 

• rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well
http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576 

• rs7221412(G;G) -> Late riser. Wakes up 1 hour later than those with AA genotype.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs7221412 

 

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist)

Träger von zwei relativ häufigen genetischen Ursachen von Taubheit:

• rs80338939(-;G) -> carrier of most common deafness-associated variant in Caucasians Unaffected carrier for a single allele associated (only when present in two copies) with deafness.

http://www.snpedia.com/index.php/rs80338939
http://www.omim.org/entry/121011?search=rs80338939&highlight=rs80338939
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/17004/ 

• rs111033205 -> SLC26A4:uc003vep.3:exon2:c.85G>C:p.(Glu29Gln)

www.omim.org/entry/605646;

 

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Träger einer schwer interpretierbaren genetischen Variante im Zusammenhang mit Blut-Erkrankungen und Krebs. Ein substantiell erhöhtes Krebsrisiko durch diese Variante erscheint unwahrscheinlich
rs61754966 -> NBN:uc003yei.1:exon6:c.265A>G:p.(Ile89Val)
Hereditary cancer-predisposing syndrome (uncertain significance)
Acute lymphoblastic leukemia (potential risk factor?)
Aplastic anemia (pathogenic?)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/6946/ 

Genetische Variante führt möglicherweise zu einer genetisch bedingten Veränderung des Herzmuskels
rs45487699(C;T) -> LDB3:uc001kds.3:exon4:c.566C>T:p.(Ser189Leu)
Familial hypertrophic cardiomyopathy
Dilated cardiomyopathy 1C
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/4731/ 
http://www.omim.org/entry/605906#0005

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA6_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA6_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA6_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA6_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGPC6_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

 

 

PGA7: Männlich, etwa 50 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report)

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

 

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinischen Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

Mögliche Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten:

Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs191 

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten
(diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Erhöhtes Risiko für Bluthochdruck: 

• rs5186(C;C) -> The rs5186(C) allele is associated with increased risk for essential hypertension in Caucasian populations. However, rs5186 does not appear to modify risk for developing coronary heart disease (CHD).
http://www.snpedia.com/index.php/rs5186 

• rs891512(A;G) -> GG homozygotes had significantly lower levels of diastolic blood pressure (DBP) (-2.8 mm Hg; P = 0.016) and systolic blood pressure (SBP) (-1.9 mm Hg; P = 0.018) than A-allele carriers.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs891512 

Stark erhöhtes Risiko für Nebenwirkungen bei einem Epilepsie-Medikament (https://en.wikipedia.org/wiki/Carbamazepine):  

rs1061235(A;T) -> The HLA-A*3101 allele, found in about 2 - 5% of Northern Europeans, is significantly associated with carbamazepine hypersensitivity syndrome, with odds ratios above 10. The presence of this HLA allele increases the risk from 5% to 26%
http://www.snpedia.com/index.php/rs1061235 

Erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung:
rs2180439(T;T) -> 2x increased risk of Male Pattern Baldness
http://www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.228.html 

Verringertes Risiko für Herzinfarkt:
Gs296 -> You are in the ~30 % of people (depending on the population studied) who carry two minor alleles at two SNPs, rs1108580 and rs1611115. This genoset is reported as having 0.59x the risk of a heart attack or cardiovascular incident compared to people who carry zero of the minor alleles for these two SNPs, based on a study of 3,000 African-Americans enrolled in the Jackson Heart Study.
http://www.snpedia.com/index.php/Gs296 

Erhöhtes Risiko für Altersblindheit:

• rs1061170(C;T) -> rs1061170 is a SNP in the complement factor H CFH gene. This SNP has been associated primarily with age related macular degeneration, and to a lesser extent, with longevity.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs1061170 

• rs5888(C;T) -> rs5888 is a SNP in the scavenger receptor class B, member 1 SCARB1 gene. In a case-control study of two Caucasian populations totaling 2,498 patients, rs5888(C;T) heterozygotes had an increased odds ratio of 2.9 (CI: 1.6-5.3, p<0.002) for age-related macular degeneration
http://www.snpedia.com/index.php/Rs5888 

• rs34882957 -> MACULAR DEGENERATION, AGE-RELATED, 15
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/92120/ 

Leicht verringertes Risiko für Herzinfarkt, aber leicht erhöhtes Risiko für Altersblindheit:
rs3732379(C;T) -> Coronary artery disease (resistance), age-related macular degeneration (susceptibility)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/8152/ 

Resistenz gegen Norovirus-Infektionen:
rs601338(A;A) -> Resistance to Norovirus infection This genotype confers genetic immunity to infection by the Norwalk norovirus, a major (and contagious) cause of acute gastroenteritis worldwide.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs601338 

Erhöhtes Risiko für Typ-1 und/oder Typ-2 Diabetes:

• rs7754840(C;C) -> 1.3x increased risk for type-2 diabetes
http://www.snpedia.com/index.php/rs7754840 

• rs9272346(A;A) -> rs9272346 has been reported in a large study to be associated with type-1 diabetes.
http://snpedia.com/index.php/Rs9272346

• rs560887(G;G) -> Avg. fasting Plasma Glucose 5.18 mmol/L (93 mg/dl). Slightly higher blood glucose.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs560887

• rs7903146(C;T) -> Higher risk for Type 2 Diabetes and Gestational Diabetes. Reduced insulin secretion in the pancreas.
http://snpedia.com/index.php/Rs7903146 

 

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist)

Hämochromatose (erhöhte Aufnahme von Eisen, eine der häufigsten genetischen Erkrankungen):

rs1799945(C;G) -> One copy of H63D, carrier of hemochromatosis, likely unaffected unless also C282Y carrier. Roughly one in 200 individuals with European ancestry has two copies of C282Y and roughly one in 10 carries one copy of this mutation. Although more than 70% of people with two copies of C282Y will exhibit evidence of iron overload in blood tests, only a small percentage of people with this genotype will actually develop clinical symptoms such as liver disease and arthritis.

A Historical Perspective on Hemochromatosis

The relatively high frequency of the C282Y mutation in people with European ancestry has prompted scientists to speculate that despite the dangers of high iron levels, there was at some point in the evolutionary past an advantage to having this genetic change. Several theories have been proposed. One is that variation in the HFE gene arose as people began farming and increased their consumption of cereal grains, which are lower in iron content than the red meat that predominated in stone age diets. Another theory is that increased iron levels were advantageous because they protect women against iron deficiency brought on by menstruation and childbirth. Another theory takes into account the fact that HH actually leads to a reduction of iron levels in macrophages, which may have given people an advantage in the past by making them resistant to certain infections. None of these theories has been proven.

Smith-Lemli-Opitz Syndrom (eine seltene Stoffwechselstörung der Cholesterin-Biosynthese):

DHCR7:uc001oqk.3:intron8:c.964-1G>C: Carrier status for Smith-Lemli-Opitz syndrome. Smith–Lemli–Opitz syndrome is an inborn error of cholesterol synthesis. It is an autosomal recessive, multiple malformation syndrome caused by a mutation in the enzyme 7-Dehydrocholesterol reductase, or DHCR7. It causes a broad spectrum of effects, ranging from mild intellectual disability and behavioural problems to lethal malformations.
http://www.omim.org/entry/270400 

Immundefekt als Folge einer Ficolin 3 Defizienz (eine sehr seltene Erkrankung des Immunsystems):

FCN3:uc001boa.3:exon5:c.349del:p.(Leu117Serfs*65) -> Carrier status for a rare immune defect. In a man with immunodeficiency and recurrent infections associated with ficolin-3 deficiency, Munthe-Fog et al. (2009) identified homozygosity for a 1-bp deletion (1637delC; 604973.0001) in exon 5 of the FCN3 gene. The patient was born of Macedonian and Albanian parents, each of whom was unaffected and heterozygous for the variant. The allele frequency of the variant was 0.01 among a total of 1,282 patients with various immunodeficiencies; all were heterozygous for the variant except the index patient.
http://www.omim.org/entry/613860 
http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa0900381 

 

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Eventuell ein genetischer Risikofaktor für eine gefährliche Herzkrankheit (eher unwahrscheinlich):
KCNE1:uc002ytz.4:exon3:c.253G>A:p.(Asp85Asn) / rs1805128 -> potential risk factor for Long QT syndrome 
Conflicting interpretations of pathogenicity, risk factor
Benign(3);Likely benign(1);Likely pathogenic(1);Pathogenic(1);Uncertain significance(1)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/13479/

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA7_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA7_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA7_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA7_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGPC7_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

 

 

PGA8: Männlich, etwa 30 Jahre alt

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

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Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Besonderheiten und Kommentare

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

 

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinischen Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

<keine>

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten
(diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Moderat erhöhtes Risiko für Herzkrankheiten und Arteriosklerose:

·         rs1333049(C;C) -> 1.9x increased risk for CAD. rs1333049 has been reported in a large study to be associated with heart disease, in particular, coronary artery disease. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is most likely (C); the odds ratio associated with heterozygotes is 1.47 (CI 1.27-1.70), and for homozygotes, 1.9 (CI 1.61-2.24). This SNP has also been reported to have the highest association of any SNP studied in a subsequent experiment conducted with the resources of the German MI [Myocardial Infarction] Family Study. The initial studies were conducted on Caucasian populations. A subsequent study of Japanese and Korean patients has also found rs1333049 to be associated with increased coronary artery disease risk, with roughly similar odds ratios.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs1333049

·         rs10757278(G;G) -> 1.6x risk for Heart Attack; 1.3x risk for Abdominal Aortic Aneurysm and Brain Aneurysm. Two copies of an SNP that increases risk of Myocardial Infarction (Heart Attack) and other Coronary Heart Disease. It has been shown that regularly eating raw vegetables and fruit can reduce the risk to the same level as people without any copies of this SNP. This SNP also increases risk of abdominal aortic aneurysm (weakened artery to the abdomen and legs), and brain aneurysm (weakened artery to the brain).
http://www.snpedia.com/index.php/rs10757278

Leicht erhöhtes Risiko für Schilddrüsenkrebs:
rs944289(T;T) -> Each A at rs965513 increased the odds of thyroid cancer by 1.75 times. Each T at rs944289 increased the odds of thyroid cancer by 1.37 times. http://www.snpedia.com/index.php/Rs944289

Langsamerer Effekt von Alkohol und leicht erhöhtes Risiko für Alkoholismus:
rs279858(G;G) -> Carriers of at least one rs279858(G) allele respond slower to the effects of alcohol and are thereby apparently more prone to alcoholism than carriers of two rs279858(A) alleles.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs279858

Erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung:
http://www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.255.html
http://www.snpedia.com/index.php/Gs122

Leicht erhöhtes Risiko für Altersblindheit (altersbedingte Makuladegeneration):rs10490924(G;T) ->
http://www.snpedia.com/index.php/Rs10490924 

rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well
http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

Überträger-Status für genetische Erkrankungen
(diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

rs45562031 -> SLC4A1:uc002igf.4:exon4:c.118G>A:p.(Glu40Lys)
.0004 SPHEROCYTOSIS, TYPE 4, DUE TO BAND 3 MONTEFIORE
SLC4A1, GLU40LYS [dbSNP:rs45562031] [ClinVar]

In a 33-year-old female with episodes of clinically apparent hemolytic anemia coincident with pregnancies and associated with splenomegaly and spherocytosis (SPH4; 612653), Rybicki et al. (1993) found a glu40-to-lys mutation in the cytoplasmic domain of the EPB3 gene. The mutation was homozygous; the proposita was the offspring of first-cousin parents born in the Dominican Republic, largely of Spanish origin with some black admixture. A striking feature was decreased RBC membrane content of protein 4.2 (177070) which was thought to be a secondary phenomenon resulting from defective interactions with band 3.  Click this to see references in PubMed related to the ones listed in the paragraph above.
https://en.wikipedia.org/wiki/Hereditary_spherocytosis

rs77775126 -> RP1:uc003xsd.1:exon4:c.1118C>T:p.(Thr373Ile)
.0006 RETINITIS PIGMENTOSA 1
RP1, THR373ILE [dbSNP:rs77775126] [ClinVar]

In affected members of 2 consanguineous Pakistani families with retinitis pigmentosa (180100), Khaliq et al. (2005) identified homozygosity for a 1118C-T transition in exon 4 of the RP1 gene, resulting in a thr373-to-ile (T373I) substitution predicted to abolish the glycogen synthase (see 606784) phosphorylation recognition site and to cause a conformational change in the protein. The parents and sibs of the patients who were heterozygous for the mutation had normal vision with no signs of RP on examination.  Click this to see references in PubMed related to the ones listed in the paragraph above.
http://www.omim.org/entry/180100 

MC2R:uc002ksp.1:exon2:c.808G>A:p.(Val270Ile)
Glucocorticoid deficiency, due to ACTH unresponsiveness
Familial glucocorticoid deficiency is a condition that occurs when the adrenal glands, which are hormone-producing glands located on top of each kidney, do not produce certain hormones called glucocorticoids. These hormones, which include cortisol and corticosterone, aid in immune system function, play a role in maintaining normal blood sugar levels, help trigger nerve cell signaling in the brain, and serve many other purposes in the body.
http://ghr.nlm.nih.gov/condition/familial-glucocorticoid-deficiency

 

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist)

Genetische Variante führt möglicherweise zu einem erhöhten Risiko für seltene Krebserkrankungen
rs11214077 -> SDHD:uc001pmz.4:exon2:c.149A>G:p.(His50Arg)
Carcinoid tumors, intestinal (AD)
Cowden syndrome 3
Merkel cell carcinoma, somatic
Paraganglioma and gastric stromal sarcoma
Paragangliomas 1, with or without deafness (AD)
Pheochromocytoma (AD)
Conflicting interpretations of pathogenicity, not provided
Benign(1);Pathogenic(4);Uncertain significance(1)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/6909/

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA8_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA8_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA8_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA8_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGPC8_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA9: Weiblich, kein Alter angegeben

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

UCSC Genome Browser Hub laden.

Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

 

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinischen Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!)

<keine>

 

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden)

Leicht erhöhtes Risiko für chronisch-entzündliche Darmerkrankungen:
rs2066847(-;C) -> 3x higher risk of Crohn's disease / Inflammatory bowel disease.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs2066847

Erhöhtes Risiko für zwei Arten von  Augenerkrankungen:

·         rs613872(G;T) -> ~5 fold higher risk for Fuchs' dystrophy, a corneal disorder. Fuchs's corneal dystrophy (FCD) is a leading cause of corneal transplantation and affects 5% of persons in the United States who are over the age of 40 years.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs613872

·         rs1061170(C;T) -> This SNP has been associated primarily with age related macular degeneration, and to a lesser extent, with longevity.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs1061170


Im Durchschnitt erhöhte Schlafdauer:
rs11046205(A;A) -> Rare genotype associated with longer sleep duration. A K(ATP) channel gene effect on sleep duration: from genome-wide association studies to function in Drosophila. rs11046205 explains ~5% of the variation in sleep duration.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs11046205
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22105623?dopt=Abstract

Langsamer Koffein-Stoffwechsel führt zu einer leicht erhöhten Stimulation durch Kaffee:
gs157 -> More stimulated by coffee. Common genotype in the gene CYP1A2 which metabolizes coffee more slowly than some other forms. The same amount of caffeine will tend to have more stimulating effect on slow metabolizers than on fast metabolizers.
http://www.snpedia.com/index.php/Gs157

Leicht erhöhtes Risiko für Schilddrüsenkrebs:
rs944289(T;T) -> slightly increased risk for thyroid cancer. Each T at rs944289 increased the odds of thyroid cancer by 1.37 times.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs944289
http://blog.23andme.com/23andme-research/snpwatch/snpwatch-two-gene-variations-linked-to-thyroid-cancer/

Leicht erhöhtes Risiko für Gicht und für Nebenwirkungen eines Krebsmedikaments:
rs2231142(A;C) -> increased serum uric acid levels; increased gout risk; gefinitib/Iressa takers more susceptible to diarrhea. rs2231142 is a SNP in the ABCG2 gene, indicating a missense variant.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs2231142

Leicht erhöhtes Risiko für rheumatoide Arthritis:
rs6457617(T;T) -> increased risk of rheumatoid arthritis. This SNP is reported to be the most statistically significant of many SNPs similarly located in the MHC region. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is (T); the odds ratio associated with heterozygotes is 2.36 (CI 1.97-2.84)
http://www.snpedia.com/index.php/Rs6457617

Genetische Varianten, die oft bei Leistungssportler (insbesondere Sprintern) angetroffen werden:

·         rs1815739(C;C) -> This genotype indicates better performing muscles, particularly for sprinting and power sports. Fast-twitch muscle fibers are able to produce alpha-actinin-3. Professional sprinters usually have this, although it is less common for endurance athletes.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs1815739

·         rs2070744(T;T) -> Cardiovascular differences. This is found in high frequency male athletes from power sports such as jumpers, throwers, and sprinters. There may be negative health consequences with increased risk of cardiovascular disorders.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs2070744(T;T)

 

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist)

Überträger-Status für eine seltene und schwere Stoffwechselerkrankung:
CLPB:uc001osi.3:exon3:c.46A>G:p.(Arg16Gly) -> carrier status for 3-methylglutaconic aciduria with cataracts, neurologic involvement, and neutropenia
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/187785/
http://www.omim.org/entry/616254

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation
(diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

Genetische Variante, die möglicherweise zu einem erhöhten Risiko für Herzmuskel-Erkrankungen führt (Kardiomyopathie):
MYBPC3:uc021qir.1:exon23:c.1468G>C:p.(Ala490Pro). Potential genetic cause of cardiomyopathy, but inconclusive evidence.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/179456/ 
http://www.omim.org/entry/600958

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA9_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA9_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA9_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA9_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGPC9_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA10: Männlich, ca. 71 Jahre alt, schwere diffuse Koronarsklerose

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

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Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

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Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Leicht erhöhtes Risiko für Morbus Crohn:
rs2241880(C;C) -> This SNP in the ATG16L1 gene encoding a threonine to alanine substitution ("T300A") in a protein known to be involved in the function of the epithelial cells lining the intestine, has been associated with Crohn's disease in several recent studies.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs2241880
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/1130/

Leicht verringertes Risiko für Herzinfarkt, aber leicht erhöhtes Risiko für Altersblindheit:
rs3732379(C;T) -> Coronary artery disease (resistance), age-related macular degeneration (susceptibility)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/8152/

Leicht erhöhtes Risiko für Demenz (die Datenlage ist allerdings nicht ganz eindeutig):
rs5848(A;A) -> Increased risk of Fronto-Temportal Dementia (FTLD) and Alzheimer's disease. Meta-analysis of rs5848 association with Alzheimer's disease combining previous five studies for a total of 2502 Alzheimer's disease cases and 2162 controls found association in homozygous model (TT vs. CC: OR, 1.36; 95% CI, 1.11-1.66; P=0.003) as well as recessive model. FTLD is characterized by behavioral and/or language dysfunction, but usually without the amnesic syndrome involved in Alzheimer's disease at early stage.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs5848
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/29742/ 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18723524 (initial report: significant association found)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19446372 (replication: no association found)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24680777 (meta-analysis 1: significant association found)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25578179 (meta-analysis 2: significant association found)

Reduzierter Von-Willebrand-Faktor und Faktor-VIII Spiegel mit erhöhtem Risiko für Willebrand-Jürgens-Syndrom:
rs33978901(C;T) -> The rarer rs33978901(T) allele (in dbSNP and SNPedia orientation) leads to reductions in VWF and FVIII levels particularly in combination with blood group O. Its inheritance alone may be insufficient for the diagnosis of Von Willebrand disease, but it does appear to be associated with a further VWF level reduction in individuals with a second VWF mutation and it also contributes to population variance in VWF and FVIII levels.
http://www.snpedia.com/index.php/Rs33978901

Erhöhtes Risiko für männliche Glatzenbildung:
rs2180439(T;T) -> 2x increased risk of Male Pattern Baldness
http://www.nature.com/ng/journal/v40/n11/full/ng.228.html

Möglicherweise erhöhtes Risiko für Alkohol/Heroin-Abhängigkeit:
rs1799971(A;G) -> http://www.snpedia.com/index.php/Rs1799971

Wahrnehmung von bitterem Geschmack:
You are heterozygous at all 3 of the SNPs which are known to influence the ability to taste bitterness. This means you are better than average at detecting bitter tastes while young, but that this ability will decrease to less than average during adulthood. As a child you will probably hate brussel sprouts, and by early adulthood will discover that olives and brussel sprouts now taste good.
http://www.snpedia.com/index.php/Gs227

Sonstiges:

·         Charaktereigenschaften: rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well
http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

·         Gedächtnis: rs17070145(C;T) -> Increased memory performance
http://www.snpedia.com/index.php/rs17070145

·         Sport: rs2070744(T;T) -> Cardiovascular differences. This is found in high frequency male athletes from power sports such as jumpers, throwers, and sprinters. There may be negative health consequences with increased risk of cardiovascular disorders
https://www.snpedia.com/index.php/Rs2070744

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

Wahrscheinlicher Überträger-Status für einen seltenen Immundefekt (MPO-Defizienz):
rs28730837 -> MPO:uc002ivu.1:exon7:c.995C>T:p.(Ala332Val)

Myeloperoxidase deficiency
http://www.omim.org/entry/606989?search=rs28730837&highlight=rs28730837
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/3630/

Seltene genetische Varianten mit unklarer Interpretation (diese genetischen Varianten sind so selten, dass es zwar Hinweise auf ihre mögliche Auswirkungen gibt, aber keine sichere Aussage möglich ist):

Genetische Variante wurde als Ursache von Taubheit beschrieben (unwahrscheinlich)
rs121909305 -> MYO1A:uc001smw.5:exon5:c.277C>T:p.(Arg93*)
Deafness, autosomal dominant 48 (uncertain significance)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/8146/
http://www.omim.org/entry/607841

Genetische Variante verursacht möglicherweise epilepsieartige Krampfanfälle (unwahrscheinlich)
rs41307846 -> GABRD:uc001aip.2:exon6:c.659G>A:p.(Arg220His)
Epilepsy, generalized, with febrile seizures plus, type 5 (susceptibility)
http://www.omim.org/entry/137163?search=rs41307846&highlight=rs41307846
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/16213/

Genetische Variante führt möglicherweise zu einem erhöhten Krebsrisiko (eher unwahrscheinlich, unklare Datenlage)
rs1801166 -> APC:uc003kpy.4:exon16:c.3949G>C:p.(Glu1317Gln)
Familial adenomatous polyposis 1 & hereditary cancer-predisposing syndrome
http://www.omim.org/entry/611731?search=APC

Conflicting interpretations of pathogenicity
Benign(4);Likely benign(1);Pathogenic(2);Uncertain significance(2)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/829/

 

 

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

Genom herunterladen - alle Details

PGA10_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA10_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA10_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA10_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGPC10_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

PGA11: Weiblich

Diese Seite enthält die Ergebnisse der persönlichen Genomsequenzierung. Außerdem können die TeilnehmerInnen freiwillig weitere Informationen zu ihrer Person veröffentlichen, zum Beispiel zu körperlichen Eigenschaften, Röntgenbilder oder Auszüge aus ihrer Krankenakte.

Genetische Herkunft: Europäisch

Die folgende Darstellung ordnet jedem Teilnehmer und jeder Teilnehmerin eine genetische Herkunft zu, basierend auf dem Vergleich mit anderen Personen mit bekannter Herkunft.

Karte der genographischen Herkunft als PDF anschauen

Genom online anschauen

Genom-Browser dienen dazu, einzelne Bereiche im Genom mit den dazugehörigen Annotationen wie zum Beispiel Genen anzuschauen. Ein verbreitetes Werkzeug ist der UCSC Genom-Browser, der von der University of California Santa Cruz (UCSC) entwickelt wurde. Um die Genom-Daten direkt im UCSC Genom-Browser aufzurufen, verwenden sie bitte diesen Link:

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Annotation: Häufige genetische Varianten

Für häufige genetische Varianten besteht die Möglichkeit, sie im Kontext anderer Personen mit denselben Varianten auf ihre Assoziation mit klinisch und körperlich relevanten Eigenschaften dieser Personen zu analysieren, wobei die beobachteten Zusammenhänge meist eher schwach sind. Die folgende Webseite enthält eine computerbasierte Annotation von häufigen genetischen Varianten. (Link zum Report).

Annotation: Seltene genetische Varianten

Seltene genetische Varianten sind oft schwierig zu interpretieren, wenn zum Beispiel ein Gen mit einer bekannten Funktion an einer vorher unbekannten Stelle verändert ist. Die folgende Liste enthält eine computerbasierte Annotation von seltenen Varianten (XLSX-Datei bitte herunterladen und in Excel oder einem anderen geeigneten Programm öffnen).

Ausgewählte Ergebnisse

Im Folgenden werden einige konkrete Ergebnisse vorgestellt, die bei der Analyse des persönlichen Genoms besonders interessant erschienen. Aufgrund der Vielzahl an genetischen Varianten in jedem persönlichen Genom ist diese Auswahl ein Stück weit willkürlich. Außerdem ist es wichtig, diese Ergebnisse nicht als „in Stein gemeißelte Wahrheiten“ zu interpretieren, und zwar aus mehreren Gründen: (1) Der Mensch ist sehr komplex, und die meisten Eigenschaften (z.B. Körpergewicht), Verhaltensweisen (z.B. Rauchen) und Krankheiten (z.B. Krebs) ergeben sich aus dem Zusammenspiel von Genen, Umwelteinflüssen und dem Zufall. (2) Die Wissenschaft weiß noch recht wenig darüber, wie man persönliche Genome von gesunden Menschen interpretiert. (3) Die Methoden zur Genomsequenzierung sind relativ neu, und es kann vereinzelt zu technischen Fehlern kommen. Um die Interpretation möglichst transparent zu machen, verweisen wir jeweils auf Quellen mit weiteren Hintergrund-Informationen, aus denen auch die englischsprachigen Zitate entnommen sind.

Potenziell medizinisch nützliche Informationen (Achtung: Verwendung für medizinischen Zwecke erst nach Validierung durch ein medizinisch-diagnostisches Labor!):

Mögliche Nebenwirkungen bei einigen weit verbreiteten Medikamenten:

Impaired NSAID drug metabolism, which is a risk factor for gastrointestinal bleeding when taking any of these medications: aceclofenac, celecoxib, diclofenac, ibuprofen, indomethazine, lornoxicam, meloxicam, naproxen, piroxicam, tenoxicam and valdecoxib.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs191

Häufige genetische Varianten mit geringen statistischen Effekten (diese genetischen Varianten sind in der Bevölkerung weit verbreitet und meist mit geringen Abweichungen vom Durchschnitt verbunden):

Erhöhtes Risiko für Altersblindheit:

Aber auch eine genetische Variante, die mit einem geringeren Risiko assoziiert ist:

rs2511989(A;G) -> http://www.snpedia.com/index.php/rs2511989  

Leicht erhöhtes Risiko für rheumatoide Arthritis:

rs6457617(T;T) -> increased risk of rheumatoid arthritis. This SNP is reported to be the most statistically significant of many SNPs similarly located in the MHC region. The risk allele (oriented to the dbSNP entry) is (T); the odds ratio associated with heterozygotes is 2.36 (CI 1.97-2.84)

http://www.snpedia.com/index.php/Rs6457617 

Leicht erhöhtes Risiko für Typ-1 und/oder Typ-2 Diabetes:

  • rs9272346(A;A) -> rs9272346 has been reported in a large study to be associated with type-1 diabetes.

http://snpedia.com/index.php/Rs9272346

  • rs7903146(C;T) -> Higher risk for Type 2 Diabetes and Gestational Diabetes. Reduced insulin secretion in the pancreas.

http://snpedia.com/index.php/Rs7903146

  • rs358806(C;C) -> rs358806 has been reported in a large study to be associated with type-2 diabetes.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs358806

  • rs12255372(G;T) -> Numerous papers report an increase in risk for type-2 diabetes, on the order of 1.5 - 2x for the risk genotypes compared to the non-risk genotype

http://www.snpedia.com/index.php/Rs12255372    

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/7414/ 

  • rs1799884(A;G) -> 1.3x increased risk for Type 2 Diabetes. Mothers have babies 27g heavier.

http://www.snpedia.com/index.php/rs1799884 

Genetisch bedingt höheres Körpergewicht, wahrscheinlich aufgrund genetischer Einflüsse auf das Essverhalten:

rs17782313(C;C) -> Adults likely to be 0.44 BMI units higher. A study of 60,000 adults indicates that rs17782313(C) alleles are associated with higher body mass index (BMI), with even greater effect in children.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs17782313 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18454148
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23147118

Leicht erhöhtes Risiko für Bluthochdruck:

rs5186(A;C) -> The rs5186(C) allele is associated with increased risk for essential hypertension.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs5186
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/18065/

Verringertes Risiko für Herzinfarkt:

Gs296 -> You are in the ~30 % of people (depending on the population studied) who carry two minor alleles at two SNPs, rs1108580 and rs1611115. This genoset is reported as having 0.59x the risk of a heart attack or cardiovascular incident compared to people who carry zero of the minor alleles for these two SNPs, based on a study of 3,000 African-Americans enrolled in the Jackson Heart Study.

http://www.snpedia.com/index.php/Gs296

Resistenz gegen Norovirus-Infektionen:

rs601338(A;A) -> Resistance to Norovirus infection This genotype confers genetic immunity to infection by the Norwalk norovirus, a major (and contagious) cause of acute gastroenteritis worldwide.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs601338 

Genetische Varianten, die oft bei Leistungssportler (insbesondere Sprintern) angetroffen werden:

rs2070744(T;T) -> Cardiovascular differences. This is found in high frequency male athletes from power sports such as jumpers, throwers, and sprinters. There may be negative health consequences with increased risk of cardiovascular disorders.

http://www.snpedia.com/index.php/Rs2070744(T;T) 

Charaktereigenschaften:

  • rs4680(A;A) -> Worrier rather than warrior. More exploratory, lower COMT enzymatic activity, therefore higher dopamine levels; lower pain threshold, enhanced vulnerability to stress, yet also more efficient at processing information under most conditions

http://www.snpedia.com/index.php/Rs4680

  • rs53576(G;G) -> Optimistic and empathetic; handle stress well

http://www.snpedia.com/index.php/Rs53576

  • rs1800955(C;C) -> Positively associated with novelty seeking

http://www.snpedia.com/index.php/Rs1800955
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17574217

Überträger-Status für genetische Erkrankungen (diese Varianten verursachen genetische Krankheiten, wobei die Person selbst nicht erkrankt, aber eine Vererbung an Nachkommen möglich ist):

<keine> 

Genomdaten

Alle Daten der Genomsequenzierung sind öffentlich verfügbar und können in verschiedenen Formaten angeschaut und heruntergeladen werden.

Die untenstehenden Links stellen das Genom zum Download zur Verfügung. Die ersten beiden Links enthalten die Sequenzierungsdaten geordnet nach ihrem Auftreten in den Chromosomen des menschlichen Referenz-Genoms. Die drei folgenden Links enthalten die Positionen, in denen sich das Genom vom Referenz-Genom unterscheidet. Alle Daten beziehen sich auf die hg19/GRCh37 Version des menschlichen Referenz-Genoms.

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PGA11_sequences.bam Sequenzierungsdaten (Achtung: diese Datei ist sehr groß, BAM-Format, Dateigröße ca. 150 GB)
PGA11_sequences.bai Indexdatei für die Sequenzierungsdaten

PGA11_variants.vcf.gz Genetische Varianten
PGA11_variants.vcf.gz.tbi Indexdatei für die genetischen Varianten

PGPC11_variants.tsv Genetische Varianten in einem vereinfachten Textformat, das mit einigen web-basierten Analyse-Werkzeugen kompatibel ist

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